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基于RNA-Seq的兰州百合鳞茎淀粉-蔗糖代谢关键酶SuSy和INV基因的挖掘

摘要第1-12页
Abstract第12-14页
1. 前言第14-34页
   ·淀粉-蔗糖代谢关键酶研究进展第14-21页
     ·蔗糖的作用及其代谢关键酶第14-16页
     ·SuSy研究进展第16-19页
     ·INV研究进展第19-21页
   ·百合总RNA的提取方法及影响因素第21-24页
     ·RNA提取方法概述第22-23页
     ·百合RNA提取第23-24页
   ·RNA-seq技术第24-30页
     ·转录组测序技术概述第24-26页
     ·植物转录组测序研究进展第26-30页
   ·内参基因的筛选第30-32页
     ·内参基因概述第30-31页
     ·内参基因筛选研究动态第31-32页
   ·研究思路与技术路线第32-34页
     ·研究思路第32-33页
     ·技术路线第33-34页
2 百合鳞茎总RNA高效提取体系的建立第34-45页
   ·材料与方法第34-37页
     ·植物材料第34页
     ·主要试剂第34-35页
     ·外源RNase的去除第35页
     ·试验方法第35-37页
   ·结果与分析第37-42页
     ·改良SDS法提取RNA的凝胶电泳分析第37-41页
     ·TRIzol法提取RNA效果第41页
     ·RT-PCR扩增效果第41-42页
     ·CTAB法提取百合鳞茎不同部位RNA效果第42页
   ·讨论第42-45页
     ·防止RNase污染、RNA降解的措施第42-43页
     ·提取方法的选择第43-45页
3 基于Illumina平台的百合小鳞茎形成与发育转录组学研究第45-55页
   ·材料与方法第45-46页
     ·材料第45页
     ·试剂第45页
     ·RNA提取、cDNA文库构建、测序及组装第45-46页
     ·基因功能注释第46页
     ·SSR分析第46页
     ·unigene预测编码蛋白区CDS第46页
   ·结果与分析第46-53页
     ·小鳞茎形成与发育过程分析第46-47页
     ·测序和组装结果第47页
     ·基因注释和功能分类第47-52页
     ·SSR分析结果第52页
     ·编码区预测和蛋白序列翻译第52-53页
   ·讨论第53-55页
4 百合qRT-PCR内参基因的筛选第55-67页
   ·材料与方法第55-57页
     ·材料第55页
     ·试剂第55-56页
     ·RNA提取及cDNA合成第56页
     ·候选内参基因引物设计第56页
     ·内参基因的qRT-PCR分析第56-57页
     ·表达稳定性分析第57页
   ·结果与分析第57-65页
     ·引物特异性分析第57-58页
     ·引物的扩增效率分析第58-59页
     ·内参基因的表达稳定性分析第59-65页
   ·讨论第65-67页
5 百合小鳞茎发育不同阶段表达谱构建及特征分析第67-81页
   ·材料与方法第67-69页
     ·材料第67页
     ·试剂第67页
     ·RNA提取、cDNA文库构建、测序及组装第67-68页
     ·基因差异表达分析第68页
     ·差异表达基因功能分析第68页
     ·淀粉和蔗糖含量测定第68页
     ·淀粉-蔗糖代谢关键酶基因的qRT-PCR分析第68-69页
   ·结果与分析第69-78页
     ·差异表达基因的分布第69-70页
     ·不同样品间的差异表达基因比较第70页
     ·差异表达基因的GO分析第70-72页
     ·差异表达基因的通路分析第72-73页
     ·淀粉-蔗糖代谢相关基因功能富集分析第73-75页
     ·淀粉和蔗糖含量测定结果第75页
     ·淀粉-蔗糖代谢相关酶的qRT-PCR检测第75-78页
   ·讨论第78-81页
     ·百合小鳞茎发育不同阶段表达谱第78-79页
     ·淀粉-蔗糖代谢作用第79页
     ·小鳞茎形成与发育过程中的基因表达第79-81页
6 SuSy与INV基因的载体构建第81-98页
   ·材料与方法第81-92页
     ·主要试剂第81页
     ·试验所用的菌株与载体第81-82页
     ·SuSy3过表达载体的构建第82-84页
     ·SuSy3 RNAi载体的构建第84-86页
     ·S1、S2和SAI过表达载体的构建第86-88页
     ·S1、S2及SAIRNAi载体的构建第88-92页
   ·结果与分析第92-97页
     ·SuSy3过表达载体的构建第92-93页
     ·SuSy3 RNAi载体的构建第93-94页
     ·S1、S2、SAI过表达载体的构建第94-96页
     ·S1、S2及SAIRNAi载体的构建第96-97页
   ·讨论第97-98页
全文总结第98-101页
主要创新点第101-102页
参考文献第102-128页
附录第128-129页
致谢第129-130页
攻读学位期间发表的学术论文第130-131页
附件第131页

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