| 中国农业科学院博士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 图表目录 | 第12-14页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-45页 |
| ·水稻稻瘟病研究概况 | 第15-28页 |
| ·水稻稻瘟病病原 | 第15-16页 |
| ·水稻稻瘟病菌鉴别品种及生理小种 | 第16-18页 |
| ·水稻稻瘟病发病症状 | 第18-19页 |
| ·影响稻瘟病发病因素 | 第19-21页 |
| ·稻瘟病菌侵染途径 | 第21-23页 |
| ·稻瘟病对水稻的危害 | 第23页 |
| ·水稻稻瘟病防治方法 | 第23-25页 |
| ·水稻稻瘟病抗性鉴定技术 | 第25页 |
| ·水稻稻瘟病抗性遗传 | 第25-28页 |
| ·稻瘟病抗性基因的归类分析 | 第28页 |
| ·植物抗病基因研究进展 | 第28-35页 |
| ·植物抗病互作机理假说 | 第28-29页 |
| ·植物抗病基因的特征与分类 | 第29-33页 |
| ·植物抗病基因的克隆 | 第33-35页 |
| ·全基因关联分析研究现状 | 第35-44页 |
| ·全基因关联分析的理论基础-连锁不平衡 | 第36-37页 |
| ·全基因关联分析方法及试验设计 | 第37-38页 |
| ·全基因组关联分析的一般步骤 | 第38-42页 |
| ·全基因组关联分析的应用 | 第42-44页 |
| ·本研究目的和意义 | 第44-45页 |
| 第二章 材料与方法 | 第45-56页 |
| ·试验材料和技术路线 | 第45-46页 |
| ·田间种植 | 第46页 |
| ·病原菌种制备和接种 | 第46-47页 |
| ·制备菌种 | 第46页 |
| ·接种病原菌 | 第46-47页 |
| ·苗期稻瘟病抗性鉴定 | 第47页 |
| ·SNP 基因型的获得 | 第47-48页 |
| ·表型数据分析 | 第48页 |
| ·群体分化（Q 矩阵）研究 | 第48-49页 |
| ·亲缘关系（K 矩阵）评估 | 第49页 |
| ·全基因组关联分析 | 第49页 |
| ·关联 SNPs 候选基因搜索 | 第49-50页 |
| ·候选基因预测和检测 | 第50-52页 |
| ·候选基因 RT-PCR 的预测和检测 | 第50-51页 |
| ·表达谱数据分析 | 第51页 |
| ·单倍型分析 | 第51-52页 |
| ·候选基因 Os12g0438300 的验证 | 第52-56页 |
| ·候选基因 Os12g0438300 的测序分析 | 第52页 |
| ·候选基因 Os12g0438300 互补载体的功能验证 | 第52-56页 |
| 第三章 结果与分析 | 第56-80页 |
| ·苗期稻瘟病抗性性状表型数据分析 | 第56-60页 |
| ·苗瘟抗性描述性统计分析 | 第56-58页 |
| ·苗瘟抗性与经、纬度相关性分析 | 第58-60页 |
| ·自然群体的群体分化与地理分布 | 第60-62页 |
| ·自然群体的群体分化与地理分布 | 第60-61页 |
| ·苗瘟抗性与籼、粳亚种相关性分析 | 第61-62页 |
| ·亲缘关系的评估 | 第62-63页 |
| ·LD 的分布 | 第63页 |
| ·苗期稻瘟病抗性表型-SNP 标记的全基因组关联分析 | 第63-67页 |
| ·籼稻群体中的 GWAS 分析 | 第63-65页 |
| ·粳稻群体中的 GWAS 分析 | 第65页 |
| ·总样本群体中的 GWAS 分析 | 第65-67页 |
| ·关联 SNPs 位点候选基因分析 | 第67-68页 |
| ·候选基因预测和检验 | 第68-77页 |
| ·Chr11_6526998，P=1.7×10~(-17) | 第69-71页 |
| ·Chr12_14696604，P=6.12×10~(-8) | 第71-72页 |
| ·Chr12_13690289，P=7.53×10~(-15) | 第72-75页 |
| ·Chr12_13032951，P= 4.25×10~(-13) | 第75-77页 |
| ·候选基因 Os12g0438300 的验证 | 第77-80页 |
| ·候选基因 Os12g0438300 的序列分析 | 第77-78页 |
| ·构建互补载体的验证 | 第78-80页 |
| 第四章 讨论 | 第80-84页 |
| ·稻瘟病抗性全基因组关联分析的检测 | 第80页 |
| ·遗传结构对 GWAS 分析的影响 | 第80-81页 |
| ·关联 SNP 位点的分布特征 | 第81-82页 |
| ·染色体热点分布 | 第81页 |
| ·不同生理小种关联位点的分布 | 第81-82页 |
| ·全基因组关联分析的不足 | 第82页 |
| ·后基因组关联研究的机遇 | 第82页 |
| ·候选基因的预测及验证 | 第82-84页 |
| 第五章 全文结论 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-101页 |
| 附录 | 第101-149页 |
| 致谢 | 第149-150页 |
| 作者简历 | 第150页 |
