| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-15页 |
| ·课题研究背景与意义 | 第9-11页 |
| ·PPI 网络及其功能模块 | 第9-10页 |
| ·功能模块检测的研究意义 | 第10-11页 |
| ·国内外研究现状 | 第11-12页 |
| ·本文主要研究内容 | 第12-13页 |
| ·论文的组织结构 | 第13-15页 |
| 第2章 PPI 网络功能模块检测概述 | 第15-27页 |
| ·PPI 网络数据及其模块检测过程 | 第15-17页 |
| ·PPI 网络数据来源 | 第15-17页 |
| ·PPI 网络功能模块检测过程 | 第17页 |
| ·PPI 网络模块检测的常用聚类方法 | 第17-24页 |
| ·功能模块检测的常用评价指标 | 第24-26页 |
| ·精度、召回率和 F 度量 | 第24页 |
| ·敏感度、正的预测率和准确度 | 第24-25页 |
| ·功能富集 | 第25-26页 |
| ·本章小结 | 第26-27页 |
| 第3章 基于蚁群寻优机制的模块检测算法研究 | 第27-43页 |
| ·蚁群优化 | 第27-31页 |
| ·蚁群优化思想 | 第27-28页 |
| ·蚁群优化求解 TSP | 第28-29页 |
| ·TSP 与功能模块检测 | 第29-31页 |
| ·结合功能注释的蚁群优化策略 | 第31-34页 |
| ·基因本体 | 第31页 |
| ·融合功能注释的启发函数 | 第31-32页 |
| ·基于功能注释的模块合并策略 | 第32页 |
| ·基于蚁群寻优机制的检测算法描述 | 第32-34页 |
| ·实验结果与分析 | 第34-41页 |
| ·实验设计 | 第34-35页 |
| ·参数对算法的影响 | 第35-37页 |
| ·实验结果与分析 | 第37-41页 |
| ·本章小结 | 第41-43页 |
| 第4章 蚁群优化与多 Agent 进化相结合的模块检测算法研究 | 第43-59页 |
| ·多 Agent 系统 | 第43-45页 |
| ·多 Agent 系统结构 | 第44-45页 |
| ·多 Agent 系统进化原理 | 第45页 |
| ·蚁群优化与多 Agent 系统结合 | 第45-50页 |
| ·Agent 编码与解码方式 | 第46-47页 |
| ·Agent 进化机制 | 第47-48页 |
| ·信息素更新策略 | 第48页 |
| ·结合多 Agent 进化的检测算法描述 | 第48-50页 |
| ·实验结果与分析 | 第50-56页 |
| ·实验设计 | 第51页 |
| ·参数对算法的影响 | 第51-52页 |
| ·实验结果与分析 | 第52-56页 |
| ·本章小结 | 第56-59页 |
| 结论 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的学术论文 | 第67-69页 |
| 致谢 | 第69页 |