| 致谢 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-18页 |
| 1 柳树分子生物学研究进展 | 第10-12页 |
| ·柳树简介 | 第10页 |
| ·柳树性别鉴定 | 第10页 |
| ·柳树遗传多样性研究 | 第10-11页 |
| ·柳树连锁图谱构建及 QTL 定位 | 第11页 |
| ·问题及展望 | 第11-12页 |
| 2 高通量测序技术研究进展 | 第12-15页 |
| ·第二代测序技术简介 | 第12页 |
| ·第二代测序技术的优缺点 | 第12-13页 |
| ·第二代测序技术的应用 | 第13-15页 |
| ·问题及展望 | 第15页 |
| 3 微卫星标记研究进展 | 第15-18页 |
| ·SSR 标记简介 | 第15-16页 |
| ·SSR 标记在林木中的应用 | 第16页 |
| ·EST 测序及 SSR 标记开发 | 第16-17页 |
| ·问题及展望 | 第17-18页 |
| 第二章 柳树转录组测序及生物信息学分析 | 第18-36页 |
| 1 引言 | 第18页 |
| 2 材料和方法 | 第18-22页 |
| ·材料及处理 | 第18页 |
| ·总 RNA 的提取及检测 | 第18页 |
| ·测序文库构建 | 第18-21页 |
| ·油包水 PCR(Emulsion PCR) | 第21页 |
| ·454 测序 | 第21页 |
| ·生物信息学分析 | 第21-22页 |
| 3 结果与分析 | 第22-35页 |
| ·RNA 的提取及检测 | 第22-23页 |
| ·454 转录组测序原始数据统计 | 第23-24页 |
| ·转录组数据拼接及统计 | 第24-25页 |
| ·柳树 Unigene 功能注释 | 第25-26页 |
| ·柳树 Unigene GO 分类 | 第26-30页 |
| ·柳树 Unigene KEGG 代谢通路分析 | 第30-33页 |
| ·差异基因表达分析及 GO 注释 | 第33-35页 |
| 4 讨论 | 第35-36页 |
| ·RNA 的提取 | 第35页 |
| ·转录组测序 | 第35-36页 |
| 第三章 柳树 SSR 标记开发 | 第36-47页 |
| 1 引言 | 第36页 |
| 2 材料与方法 | 第36-39页 |
| ·植物材料与 DNA 提取 | 第36-37页 |
| ·SSR 位点查找软件选择 | 第37-38页 |
| ·EST-SSR 位点查找及引物设计 | 第38页 |
| ·PCR 体系优化及引物筛选 | 第38页 |
| ·微卫星在编码区域和非编码区域的分布 | 第38-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-45页 |
| ·DNA 的提取与检测 | 第39页 |
| ·SSR 位点查找软件选择 | 第39-40页 |
| ·EST-SSR 位点统计及引物设计 | 第40-43页 |
| ·PCR 产物检测与引物筛选 | 第43-44页 |
| ·垂柳和簸箕柳微卫星的分布 | 第44-45页 |
| 4 讨论 | 第45-47页 |
| ·微卫星重复基元类型、分布特点及频率 | 第45页 |
| ·EST-SSR 引物筛选 | 第45-46页 |
| ·微卫星的在基因组的分布区域及功能 | 第46-47页 |
| 第四章 不同树种 EST 序列微卫星比对分析 | 第47-52页 |
| 1 引言 | 第47页 |
| 2 材料和方法 | 第47页 |
| ·序列来源及微卫星查找 | 第47页 |
| ·优势重复单元碱基组成及微卫星长度变异分析 | 第47页 |
| 3 结果与分析 | 第47-50页 |
| ·柳树、杨树及桉树经拼接后统计分析 | 第47-48页 |
| ·柳树、杨树及桉树 EST-SSR 表达序列微卫星丰度比对分析 | 第48页 |
| ·柳树、杨树及桉树 EST-SSR 优势重复单元碱基组成 | 第48-49页 |
| ·柳树、杨树及桉树中不同长度重复单元微卫星的长度变异情况 | 第49-50页 |
| 4 讨论 | 第50-52页 |
| ·微卫星含量和主要重复基元 | 第50页 |
| ·优势重复单元碱基组成情况 | 第50-52页 |
| 第五章 柳树 SSR 标记种间通用性检测 | 第52-56页 |
| 1 引言 | 第52页 |
| 2 材料与方法 | 第52-53页 |
| ·试验材料 | 第52页 |
| ·DNA 提取与检测 | 第52页 |
| ·标记选取 | 第52页 |
| ·通用性的检测与分析 | 第52-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-55页 |
| ·DNA 的提取与检测 | 第53页 |
| ·引物的选取 | 第53页 |
| ·通用性检测结果统计及分析 | 第53-55页 |
| 4 讨论 | 第55-56页 |
| 第六章 总结 | 第56-58页 |
| 1 主要结论 | 第56页 |
| 2 问题与不足 | 第56-57页 |
| 3 今后研究方向 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 附录 | 第63-103页 |
