| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-31页 |
| ·引言 | 第13-15页 |
| ·蛋白质-核酸分子相互作用概述 | 第15-22页 |
| ·蛋白质-核酸分子相互作用概念 | 第15-16页 |
| ·蛋白质-核酸分子相互作用形式 | 第16-21页 |
| ·蛋白质-核酸分子相互作用机理 | 第21-22页 |
| ·蛋白质-核酸分子相互作用的功能 | 第22页 |
| ·蛋白质-核酸分子结合位点的定义和性质 | 第22-24页 |
| ·蛋白质-核酸分子结合位点的定义 | 第22-23页 |
| ·蛋白质-核酸分子结合位点的性质 | 第23-24页 |
| ·国内外的研究现状 | 第24-28页 |
| ·本文的组织结构和创新点 | 第28-31页 |
| ·本文的组织结构 | 第28-29页 |
| ·本文的创新点 | 第29-31页 |
| 第二章 数据库的构建及相关理论方法 | 第31-45页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·数据库来源、数据选择准则 | 第31-32页 |
| ·蛋白质结构数据库 | 第31页 |
| ·蛋白质链的选取标准 | 第31-32页 |
| ·蛋白质结合残基的定义 | 第32页 |
| ·特征的提取与构建 | 第32-37页 |
| ·蛋白质的进化保守信息 | 第32-33页 |
| ·蛋白质的溶剂可及性表面积 | 第33-34页 |
| ·蛋白质的骨架结构 | 第34-36页 |
| ·预测模型特征的构建 | 第36-37页 |
| ·构建模型的支持向量机分类算法 | 第37-41页 |
| ·模型的检验与评价指标 | 第41-43页 |
| ·模型的检验 | 第41-42页 |
| ·模型的评价指标 | 第42-43页 |
| ·小结 | 第43-45页 |
| 第三章 注释RNA与蛋白质的相互作用位点 | 第45-63页 |
| ·引言 | 第45页 |
| ·RNA结合蛋白数据集 | 第45-46页 |
| ·方法 | 第46-47页 |
| ·结果 | 第47-53页 |
| ·滑动信息窗口长度对构建SVM输入特征的影响 | 第47-48页 |
| ·我们方法对数据集RBP86中的RNA结合残基的识别 | 第48-49页 |
| ·我们方法对数据集RBP107和RBP109中的RNA结合残基的识别 | 第49-51页 |
| ·我们的方法同其它方法预测能力的比较 | 第51页 |
| ·独立测试结果 | 第51-53页 |
| ·讨论 | 第53-61页 |
| ·RNA结合残基的物理化学性质 | 第53-55页 |
| ·RNA结合残基的亲疏水性 | 第55页 |
| ·我们方法对一些功能蛋白的注释结果 | 第55-58页 |
| ·我们方法比RNAProB注释RNA结合残基有效的原因 | 第58页 |
| ·我们的方法能识别一些实验上没有被注释的弱相互作用 | 第58-59页 |
| ·我们的方法验证了一些很好的结合模体 | 第59-61页 |
| ·小结 | 第61-63页 |
| 第四章 结构连配算法在DNA结合位点预测中的应用 | 第63-69页 |
| ·引言 | 第63页 |
| ·利用结构连配算法来计算蛋白质复合物几何结构的相似性 | 第63-68页 |
| ·如何利用结构连配算法来计算蛋白质复合物几何结构的相似性 | 第68页 |
| ·小结 | 第68-69页 |
| 第五章 DNA结合残基的预测和分析 | 第69-85页 |
| ·引言 | 第69-70页 |
| ·数据集 | 第70页 |
| ·方法 | 第70-73页 |
| ·基于支持向量机的预测器 | 第71-72页 |
| ·基于几何结构的预测器 | 第72-73页 |
| ·整合SVM预测器得到阈值和基于几何结构预测器得到的性阈值 | 第73页 |
| ·结果 | 第73-79页 |
| ·信息窗口长度对构建SVU输入特征的影响 | 第73-74页 |
| ·PDNA-62数据集的预测结果 | 第74-77页 |
| ·PDNA-224数据集的预测结果 | 第77页 |
| ·我们的方法同其他方法预测能力的比较 | 第77-79页 |
| ·讨论 | 第79-82页 |
| ·我们方法预测出来的高置信度的假阳性位点的特点 | 第80-81页 |
| ·我们方法预测出来的低置信度的假阴性位点位于α螺旋或β折叠的开头或者结尾段 | 第81-82页 |
| ·小结 | 第82-85页 |
| 第六章 总结和展望 | 第85-88页 |
| ·本文的主要工作与创新点 | 第85-86页 |
| ·未来工作展望 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-96页 |
| 附录 | 第96-99页 |
| 致谢 | 第99-100页 |
| 攻读博士学位期间发表及完成的学术论文 | 第100页 |
