| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-14页 |
| ·引言 | 第9-10页 |
| ·研究现状 | 第10-11页 |
| ·本文的研究方法 | 第11-12页 |
| ·本文研究的主要内容和意义 | 第12-14页 |
| 第2章 分子动力学的基本原理 | 第14-26页 |
| ·分子动力学简史 | 第14页 |
| ·分子动力学的基本原理 | 第14-15页 |
| ·势函数与力场 | 第15-19页 |
| ·范德华作用能 | 第16-17页 |
| ·静电作用能 | 第17页 |
| ·键伸缩能 | 第17-18页 |
| ·键角弯曲势能 | 第18页 |
| ·二面角扭曲势能 | 第18页 |
| ·不正常二面角扭曲势能 | 第18-19页 |
| ·运动方程的积分 | 第19-20页 |
| ·Verlet算法 | 第19页 |
| ·Leap-Frog算法 | 第19-20页 |
| ·速度Verlet算法 | 第20页 |
| ·初始条件 | 第20-21页 |
| ·周期性边界条件 | 第21-22页 |
| ·分子动力学的系综 | 第22-23页 |
| ·微正则系综NVE | 第22-23页 |
| ·正则系综NVT | 第23页 |
| ·等温等压系综NPT | 第23页 |
| ·分子动力学计算流程 | 第23-24页 |
| ·分子动力学模拟软件GROMACS简介 | 第24-26页 |
| 第3章 非平衡涨落理论 | 第26-31页 |
| ·引言 | 第26页 |
| ·棘轮 | 第26-28页 |
| ·一维布朗粒子的运动 | 第28-31页 |
| 第4章 非平衡扰动驱动的纳米泵 | 第31-44页 |
| ·引言 | 第31-33页 |
| ·模拟方法 | 第33-34页 |
| ·结果和讨论 | 第34-43页 |
| ·产生持续流的条件 | 第34-39页 |
| ·如何控制定向流 | 第39-43页 |
| ·小结 | 第43-44页 |
| 第5章 周期性外力驱动甘油分子通过膜蛋白孔道的机制研究 | 第44-51页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·理论及方法 | 第45-46页 |
| ·结果及讨论 | 第46-50页 |
| ·小结 | 第50-51页 |
| 第六章 总结和展望 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-55页 |
| 硕士期间发表的论文 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-58页 |