| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-52页 |
| 1. 分子标记概述 | 第14-33页 |
| ·遗传标记的概念及发展历程 | 第14-15页 |
| ·几种常用的分子标记 | 第15-21页 |
| ·微卫星DNA 分子标记及其应用 | 第21-33页 |
| 2. 遗传连锁图谱的构建与应用 | 第33-41页 |
| ·遗传连锁图谱构建的理论基础和统计学原理 | 第33-34页 |
| ·作图群体的种类 | 第34-36页 |
| ·作图群体的大小的确定 | 第36页 |
| ·构建遗传图谱所用的分子标记的种类 | 第36页 |
| ·遗传连锁图谱软件 | 第36-37页 |
| ·拟杂交策略（pseudo-testcross strategy） | 第37页 |
| ·遗传连锁图谱的应用 | 第37-39页 |
| ·鱼类遗传连锁图谱的研究进展 | 第39-41页 |
| 3. 蛋白感染因子的研究 | 第41-50页 |
| ·蛋白感染因子（prions）的定义 | 第41-42页 |
| ·蛋白感染因子的研究历史 | 第42-44页 |
| ·蛋白感染因子的结构 | 第44-46页 |
| ·蛋白感染因子的复制机理 | 第46-47页 |
| ·蛋白质感染因子样Prion-like 和shadoo prion 蛋白的研究 | 第47-48页 |
| ·正常蛋白质感染因子(PrPC)的功能研究 | 第48-49页 |
| ·鱼类蛋白感染因子的研究进展 | 第49-50页 |
| 4 研究课题的目的及意义 | 第50-52页 |
| 第二章 鲢基因组微卫星DNA 的筛选 | 第52-72页 |
| 前言 | 第52-53页 |
| 1. 材料 | 第53-55页 |
| ·样本来源 | 第53页 |
| ·主要试剂 | 第53-55页 |
| ·主要软件 | 第55页 |
| 2. 实验方法 | 第55-62页 |
| ·DNA 提取及浓度测定 | 第55-56页 |
| ·小片段基因组文库的构建 | 第56-58页 |
| ·鲢微卫星DNA 的杂交筛选 | 第58-60页 |
| ·连接与转化 | 第60-61页 |
| ·含微卫星DNA序列的重组子的筛选 | 第61页 |
| ·测序与分析 | 第61-62页 |
| 3. 实验结果 | 第62-68页 |
| ·鲢基因组DNA 提取结果 | 第62页 |
| ·鲢基因组DNA 的酶切与连接结果 | 第62-63页 |
| ·连接产物的PCR 扩增 | 第63页 |
| ·基因组微卫星DNA 的筛选结果 | 第63-68页 |
| 4. 讨论 | 第68-72页 |
| ·限制性内切酶的选择 | 第68-69页 |
| ·探针的选择 | 第69页 |
| ·杂交条件对筛选结果的影响 | 第69-70页 |
| ·微卫星DNA 重复数的讨论 | 第70-71页 |
| ·其他类型的微卫星DNA | 第71-72页 |
| 第三章 鲢微卫星DNA 标记的多态性检测及在鳙鱼中的跨物种扩增 | 第72-91页 |
| 前言 | 第72-73页 |
| 1. 材料 | 第73-76页 |
| ·样本来源 | 第73-74页 |
| ·主要试剂的配制 | 第74-75页 |
| ·主要软件 | 第75-76页 |
| 2 实验方法 | 第76-80页 |
| ·DNA 的提取及检测 | 第76页 |
| ·微卫星DNA 引物的设计 | 第76-77页 |
| ·微卫星DNA 引物的溶解 | 第77页 |
| ·微卫星DNA 引物扩增条件的摸索 | 第77页 |
| ·微卫星DNA 扩增多态性的检测 | 第77-79页 |
| ·数据统计及分析 | 第79-80页 |
| 3 实验结果 | 第80-84页 |
| ·微卫星DNA 引物设计的结果 | 第80页 |
| ·引物扩增条件摸索的结果 | 第80-82页 |
| ·微卫星DNA 在野生鲢的多态性检测的结果 | 第82页 |
| ·鲢（Hypophthalmichthys molitrix）微卫星 DNA 在鳙鱼(Aristichthys nobilis)中的扩增结果 | 第82-84页 |
| 4 讨论 | 第84-91页 |
| ·关于引物设计的讨论 | 第84-85页 |
| ·Mg~(2+)浓度对PCR 反应的影响 | 第85页 |
| ·部分引物不能得到扩增产物的原因 | 第85页 |
| ·无效等位基因（Null Allele） | 第85-86页 |
| ·微卫星DNA 标记遗传学参数的选取及意义 | 第86-87页 |
| ·微卫星DNA 跨物种扩增 | 第87-91页 |
| 第四章 鲢、鳙鱼遗传图谱的构建 | 第91-113页 |
| 引言 | 第91-92页 |
| 1. 材料 | 第92页 |
| ·样本来源 | 第92页 |
| ·主要试剂 | 第92页 |
| ·主要软件 | 第92页 |
| 2. 实验方法 | 第92-100页 |
| ·DNA 提取及浓度测定 | 第92页 |
| ·AFLP 分析 | 第92-96页 |
| ·SSR 分析 | 第96-99页 |
| ·连锁图谱的构建 | 第99-100页 |
| 3. 实验结果 | 第100-106页 |
| ·AFLP 扩增结果 | 第100-103页 |
| ·SSR 扩增结果 | 第103-104页 |
| ·鲢×鳙鱼遗传图谱的构建 | 第104-105页 |
| ·基因组长度及图谱覆盖率 | 第105-106页 |
| 4 讨论 | 第106-113页 |
| ·拟测交策略 | 第107-108页 |
| ·异常分离位点 | 第108页 |
| ·雌雄图谱及其比较 | 第108-113页 |
| 第五章 鳙鱼蛋白感染因子基因的克隆与分析 | 第113-134页 |
| 前言 | 第113-114页 |
| 1 实验材料 | 第114-115页 |
| ·样本来源 | 第114页 |
| ·主要试剂 | 第114页 |
| ·主要软件 | 第114-115页 |
| 2. 实验方法 | 第115-123页 |
| ·总RNA 的提取及检测 | 第115-116页 |
| ·鳙鱼PrP 基因中间片断的克隆 | 第116-119页 |
| ·PrP cDNA 的3’RACE | 第119-120页 |
| ·PrP cDNA 的5’RACE | 第120-122页 |
| ·序列的拼接 | 第122页 |
| ·数据分析 | 第122-123页 |
| 3. 实验结果 | 第123-130页 |
| ·RNA 提取结果 | 第123-124页 |
| ·鳙鱼PrP 基因的全序列 | 第124-125页 |
| ·鳙鱼PrP 的结构分析 | 第125-127页 |
| ·鳙鱼PrP 的系统学分析 | 第127-130页 |
| 4. 讨论 | 第130-134页 |
| ·PrP 基因的克隆方法 | 第130-131页 |
| ·鱼类PrP 相关分析 | 第131-132页 |
| ·养殖鱼类感染Prion 的风险性分析 | 第132-134页 |
| 结论 | 第134-136页 |
| 参考文献 | 第136-155页 |
| 在读期间发表的文章和提交的论文 | 第155-158页 |
| 致谢 | 第158页 |
