| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-13页 |
| ·疾病相关的SNP 研究 | 第9页 |
| ·生物芯片技术在SNP 研究中的应用 | 第9-10页 |
| ·本课题的任务和主要研究成果 | 第10-12页 |
| 参考文献 | 第12-13页 |
| 第二章 疾病相关的SNP 数据库平台 | 第13-20页 |
| ·DrSNP 介绍 | 第13页 |
| ·DrSNP 系统数据管理 | 第13-17页 |
| ·样本数据 | 第13-14页 |
| ·实验数据 | 第14-15页 |
| ·SNP 数据 | 第15-16页 |
| ·三个数据库之间的关系 | 第16-17页 |
| ·SNP 的筛选 | 第17页 |
| ·芯片结果分析 | 第17页 |
| ·DrSNP 平台的运作流程 | 第17-19页 |
| 参考文献 | 第19-20页 |
| 第三章 SNP 的筛选思路 | 第20-32页 |
| ·按基因功能区对SNP 的分类 | 第20-22页 |
| ·各类SNP 的筛选思路 | 第22-25页 |
| ·启动子区 | 第22-23页 |
| ·编码区的 | 第23-24页 |
| ·内含子区SNP 及剪切位点 | 第24-25页 |
| ·3’非编码区的 | 第25页 |
| ·编码基因以外的SNP 的筛选思路 | 第25-26页 |
| ·物种间的同源比对来筛选 | 第26-27页 |
| ·各种SNP 筛选思路的可行性分析 | 第27-30页 |
| 参考文献 | 第30-32页 |
| 第四章 SNP 筛选相关的数据获取 | 第32-45页 |
| ·基因数据的获取 | 第32-36页 |
| ·从NCBI 获取基因信息 | 第33-34页 |
| ·从UCSC 获取人的基因信息 | 第34页 |
| ·其它基因相关信息的获取 | 第34-36页 |
| ·SNP 数据的获取 | 第36-37页 |
| ·启动子区相关数据的获取 | 第37-41页 |
| ·启动子区序列的提取 | 第37-39页 |
| ·启动子区TFBS 的预测 | 第39页 |
| ·启动子区CpG 岛 | 第39-40页 |
| ·启动子区SNP 相对于TFBS 和CpG 岛的位置 | 第40-41页 |
| ·编码区相关数据的获取 | 第41-42页 |
| ·基因编码区的确定 | 第41页 |
| ·基因编码区SNP 的查询 | 第41页 |
| ·基因编码区非同义SNP 导致的氨基酸变化 | 第41-42页 |
| ·SNP 数据的自动更新 | 第42-44页 |
| 参考文献 | 第44-45页 |
| 第五章 SNP 筛选系统的实现和使用 | 第45-56页 |
| ·SNP 筛选系统的设计 | 第45-50页 |
| ·筛选系统相关技术 | 第45-47页 |
| ·系统各模块的设计 | 第47-50页 |
| ·SNP 筛选系统的用户界面和使用流程 | 第50-53页 |
| ·SNP 筛选系统的数据规模和执行效率 | 第53页 |
| ·我们的SNP 筛选系统和主流SNP 数据库系统得比较 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-56页 |
| 第六章 总结和展望 | 第56-57页 |
| ·论文工作总结 | 第56-57页 |
| ·工作展望 | 第57页 |