| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-36页 |
| ·生物信息学简述 | 第11-14页 |
| ·生物信息学产生背景 | 第11页 |
| ·生物信息学数据库 | 第11-13页 |
| ·GenBank 数据库 | 第12页 |
| ·Swiss-Prot 数据库 | 第12页 |
| ·PDB 数据库 | 第12-13页 |
| ·生物信息学的研究内容 | 第13-14页 |
| ·生物信息学的研究方法 | 第14页 |
| ·嗜热菌及其耐热机制的研究进展 | 第14-29页 |
| ·嗜热菌简介 | 第14-16页 |
| ·嗜热菌概述 | 第14-15页 |
| ·嗜热菌应用 | 第15-16页 |
| ·嗜热菌耐热性的研究进展 | 第16-29页 |
| ·膜的耐热性研究 | 第16页 |
| ·核酸的耐热性研究 | 第16-17页 |
| ·蛋白质的耐热性研究 | 第17-29页 |
| ·本论文的立题背景及主要研究内容 | 第29-31页 |
| ·立题背景 | 第29-30页 |
| ·主要研究内容 | 第30-31页 |
| 参考文献 | 第31-36页 |
| 第二章 原核生物蛋白质关系数据库的构建及基本特征分析 | 第36-48页 |
| ·引言 | 第36页 |
| ·材料与方法 | 第36-43页 |
| ·数据源 | 第36页 |
| ·方法 | 第36-43页 |
| ·数据库平台 | 第36-37页 |
| ·编程接口 | 第37-38页 |
| ·GenBank 数据的分解 | 第38-39页 |
| ·数据库结构的设计 | 第39-40页 |
| ·数据写入数据库 | 第40-41页 |
| ·蛋白质数据库的构建过程 | 第41-43页 |
| ·结果与讨论 | 第43-46页 |
| ·原核生物蛋白质序列数据集的基本特征 | 第43-44页 |
| ·原核生物蛋白质结构数据集的基本特征 | 第44-46页 |
| ·原核生物蛋白质功能数据集的基本特征 | 第46页 |
| ·本章小结 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-48页 |
| 第三章 嗜热菌耐热性与蛋白质序列关系的研究* | 第48-62页 |
| ·引言 | 第48-49页 |
| ·材料与方法 | 第49-50页 |
| ·数据集 | 第49页 |
| ·方法 | 第49-50页 |
| ·氨基酸残基个数统计 | 第49页 |
| ·氨基酸组成和二肽组成统计 | 第49-50页 |
| ·结果与讨论 | 第50-59页 |
| ·氨基酸残基个数与蛋白质耐热性的关系 | 第50-52页 |
| ·氨基酸组成与蛋白质耐热性的关系 | 第52-55页 |
| ·氨基酸含量归一化 | 第52页 |
| ·20 种氨基酸含量与嗜热菌耐热性的关系 | 第52-54页 |
| ·带电荷氨基酸、不带电荷极性氨基酸和疏水性氨基酸含量与嗜热菌耐热性的关系 | 第54-55页 |
| ·二肽组成与嗜热菌耐热性的关系 | 第55-59页 |
| ·各类蛋白质二肽含量与平均二肽含量的比较 | 第55页 |
| ·特征二肽 | 第55-59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-62页 |
| 第四章 基于氨基酸组成和二肽组成预测蛋白质耐热性的分类方法研究* | 第62-76页 |
| ·引言 | 第62页 |
| ·材料与方法 | 第62-70页 |
| ·数据集 | 第62页 |
| ·方法 | 第62-70页 |
| ·支持向量机理论 | 第62-65页 |
| ·贝叶斯理论 | 第65-67页 |
| ·K-最近邻规则理论 | 第67页 |
| ·特征向量提取 | 第67-68页 |
| ·分类系统检验 | 第68-69页 |
| ·训练和预测过程 | 第69-70页 |
| ·结果与讨论 | 第70-74页 |
| ·三种分类算法最优参数的选取及分类效果的比较 | 第70-72页 |
| ·基于氨基酸组成,二肽组成及氨基酸组成+二肽组成预测蛋白质耐热性 | 第72-74页 |
| ·本章小结 | 第74页 |
| 参考文献 | 第74-76页 |
| 第五章 嗜热菌耐热性与蛋白质结构关系的研究 | 第76-106页 |
| ·引言 | 第76-77页 |
| ·材料与方法 | 第77-80页 |
| ·数据集 | 第77页 |
| ·二级结构特征 | 第77页 |
| ·氢键 | 第77页 |
| ·盐桥 | 第77-78页 |
| ·溶剂接触表面积 | 第78-79页 |
| ·紧密度 | 第79页 |
| ·疏水性 | 第79页 |
| ·空腔数目和体积 | 第79页 |
| ·温度因子 | 第79-80页 |
| ·结果与讨论 | 第80-101页 |
| ·二级结构特征与蛋白质耐热性的关系 | 第80-93页 |
| ·二级结构含量与耐热性的关系 | 第80-81页 |
| ·二级结构长度与耐热性的关系 | 第81-82页 |
| ·二级结构中氨基酸分布及显著性分析 | 第82-93页 |
| ·氢键数目和类型与蛋白质耐热性的关系 | 第93-94页 |
| ·盐桥数目和类型与蛋白质耐热性的关系 | 第94-98页 |
| ·表面积、紧密度和疏水性与蛋白质耐热性的关系 | 第98-99页 |
| ·空腔个数和体积与蛋白质耐热性的关系 | 第99-100页 |
| ·温度因子与蛋白质耐热性的关系 | 第100-101页 |
| ·本章小结 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-106页 |
| 第六章 基于功能的嗜热菌蛋白质耐热性的系统发育研究 | 第106-117页 |
| ·引言 | 第106页 |
| ·材料与方法 | 第106-108页 |
| ·数据集 | 第106页 |
| ·方法 | 第106-108页 |
| ·序列多重比对 | 第106-107页 |
| ·系统发育分析 | 第107-108页 |
| ·结果与讨论 | 第108-114页 |
| ·以氨基酰-tRNA 合成酶研究进化的可行性判断 | 第108-109页 |
| ·古细菌氨基酰-tRNA 合成酶的系统发育分析 | 第109-114页 |
| ·本章小结 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-117页 |
| 第七章 基于同源建模法提高蛋白质耐热性的初步研究 | 第117-126页 |
| ·引言 | 第117页 |
| ·材料与方法 | 第117-119页 |
| ·脂肪酶 | 第117页 |
| ·2 同源建模法提高蛋白质耐热性的过程 | 第117-119页 |
| ·结果与讨论 | 第119-125页 |
| ·常温脂肪酶1CVL 特性分析 | 第119-121页 |
| ·氨基酸组成和二肽组成 | 第119-120页 |
| ·三维结构特性 | 第120-121页 |
| ·常温脂肪酶1CVL 耐热性提高过程 | 第121-122页 |
| ·常温脂肪酶1CVL 与改造后的酶分子比较 | 第122-125页 |
| ·常温脂肪酶1CVL 与改造后的酶分子比对 | 第122-123页 |
| ·常温脂肪酶1CVL 与改造后的酶分子的三维结构比较 | 第123-125页 |
| ·本章小结 | 第125页 |
| 参考文献 | 第125-126页 |
| 主要结论 | 第126-129页 |
| 论文创新点 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
| 攻读博士学位期间取得的学术成果 | 第131-132页 |
| 附录 | 第132页 |
