| 中文摘要 | 第1-6页 |
| 英文摘要 | 第6-10页 |
| 前言 | 第10-13页 |
| 第一章 遗传学数据分析相关软件的开发 | 第13-36页 |
| 目录 | 第13-15页 |
| 前言 | 第15-16页 |
| ·研究背景 | 第15页 |
| ·研究目的 | 第15-16页 |
| 方法 | 第16-29页 |
| ·软件开发、调试工具及开发环境 | 第16页 |
| ·开发环境 | 第16页 |
| ·程序语言 | 第16页 |
| ·开发工具 | 第16页 |
| ·主要统计方法及算法 | 第16-29页 |
| ·Hardy-Weinberg平衡检验(HWE Test) | 第17-18页 |
| ·Chi-square检验 | 第17页 |
| ·Permutation检验 | 第17-18页 |
| ·LD测度及其估计 | 第18-20页 |
| ·LD测度 | 第18-19页 |
| ·EM(Expectation-Maximization)算法 | 第19-20页 |
| ·LD检验 | 第20-21页 |
| ·Chi-square检验 | 第20-21页 |
| ·Likelihood-ratio检验(Likelihood-ratio test) | 第21页 |
| ·LD模式与范围(LD Pattern and extent) | 第21-22页 |
| ·LD测度随物理距离的衰减(decay) | 第22页 |
| ·邻近LD窗口分析(adjacent LD window analysis) | 第22页 |
| ·单倍型块的定义方法 | 第22-25页 |
| ·基于序列多样性的定义(diversity-based definition) | 第23页 |
| ·基于LD的定义(LD-based definition) | 第23-24页 |
| ·基于重组的定义(Recombination-based definition) | 第24-25页 |
| ·htSNPs的选择方法 | 第25-29页 |
| ·htSNPs选择的效能标准 | 第25-27页 |
| ·htSNPs组 | 第26页 |
| ·解释的多样性的比例 | 第26页 |
| ·单倍型r~2 | 第26-27页 |
| ·htSNPs选择算法 | 第27-29页 |
| ·广义分支定界算法 | 第27页 |
| ·分支规则 | 第27-28页 |
| ·Importance的计算 | 第28-29页 |
| ·广义删除规则 | 第29页 |
| 结果 | 第29-34页 |
| ·LDA | 第29-32页 |
| ·LDA的主要特点 | 第29-30页 |
| ·LDA主要实现的功能 | 第30-32页 |
| ·LDA软件下载 | 第32页 |
| ·HtSNPer | 第32-34页 |
| ·htSNPer的主要特点 | 第32-33页 |
| ·htSNPer主要实现的功能 | 第33-34页 |
| ·htSNPer软件下载 | 第34页 |
| 讨论 | 第34-36页 |
| 第二章 不同单倍型块定义在单倍型块结构推断与ht SNPs选择中的效应 | 第36-60页 |
| 目录 | 第36-37页 |
| 前言 | 第37-39页 |
| ·研究背景 | 第37-38页 |
| ·研究目的 | 第38-39页 |
| 方法 | 第39-44页 |
| ·单倍型块的定义 | 第39页 |
| ·比较单倍型块分区的统计量 | 第39-40页 |
| ·htSNPs选择算法 | 第40页 |
| ·模拟单倍型样本中htSNPs选择的评价 | 第40-41页 |
| ·样本模拟 | 第41-43页 |
| ·具有均一的重组率的coalescent模型 | 第41-42页 |
| ·具有重组热点的coalescent模型 | 第42-43页 |
| ·实验数据组 | 第43页 |
| ·数据模拟、分析环境 | 第43-44页 |
| 结果 | 第44-56页 |
| ·具有均一重组率的Coalescent模型 | 第44-51页 |
| ·模拟数据组1 | 第44-48页 |
| ·单倍型块定义的行为与群体遗传学参数间的关系 | 第44-46页 |
| ·不同单倍型块定义对描述性统计量的影响 | 第46页 |
| ·单倍型块的模型对解释基因组LD结构的效能 | 第46-48页 |
| ·模拟数据组2 | 第48-51页 |
| ·具有重组热点的Coalescent模型 | 第51-55页 |
| ·单倍型块的比较 | 第55-56页 |
| 讨论 | 第56-60页 |
| 总结 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-68页 |
| 综述 群体遗传学coalescent模型的理论及应用 | 第68-91页 |
| 中英文对照 | 第91-92页 |
| 个人经历 | 第92-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 附录: 发表文章 | 第96-105页 |
