| 中文摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-6页 |
| 第一章 序列比对 | 第6-12页 |
| ·序列比对的背景 | 第6页 |
| ·序列比对的方法 | 第6-9页 |
| ·全局序列比对(Global Alignment) | 第6-7页 |
| ·局部序列比对(Local Alignment ) | 第7页 |
| ·两两序列比对(Pairwise Sequence Alignment ) | 第7-8页 |
| ·多重序列比对(Multiple Alignment) | 第8-9页 |
| ·得分计划与得分值 | 第9-10页 |
| ·序列比对的算法 | 第10-12页 |
| 第二章 BLAST 算法 | 第12-20页 |
| ·BLAST 算法的统计理论基础 | 第12-13页 |
| ·利用极值分布证明 BLAST 算法 | 第13-16页 |
| ·利用启发式证明 KARLIN-ALTSCHUL定理 | 第16-20页 |
| 第三章 基于隐马尔可夫模型(HMM)的多重序列比对 | 第20-31页 |
| ·隐马尔可夫模型 | 第20-23页 |
| ·隐马尔可夫模型的三个基本问题 | 第23-28页 |
| ·基于隐马尔可夫模型的序列比对 | 第28-31页 |
| 第四章 图比对 | 第31-36页 |
| ·基本概念 | 第31-32页 |
| ·与图比对有关的量 | 第32-34页 |
| ·构造得分函数 | 第34页 |
| ·图比对算法 | 第34-36页 |
| 第五章 结论与讨论 | 第36-38页 |
| 参考文献 | 第38-40页 |
| 致谢 | 第40页 |
