基于FPGA的分子动力学计算系统

摘要	第1-5页
Abstract	第5-8页
1 绪论	第8-12页
·研究背景	第8页
·分子动力学的相关知识	第8-9页
·FPGA的发展现状	第9-10页
·本文的主要工作和论文的组织结构	第10-12页
2 分子动力学相关计算	第12-21页
·概述	第12-14页
·时间积分算法	第14-17页
·国内外研究现状	第17-21页
·MD软件包	第17-19页
·硬件加速MD研究现状	第19-21页
3 分子动力学计算系统的总体分析	第21-31页
·总体框架结构	第21-23页
·协处理器 FPGA	第23-24页
·FPGA的设计流程	第24-26页
·PCI通信板卡设计	第26-27页
·邻近粒子搜索算法	第27-30页
·排除共价键	第30-31页
4 系统详细设计及性能评测	第31-52页
·平台描述	第31页
·粒子配对器的设计	第31-37页
·元胞列表设计方案	第31-35页
·粒子配对器	第35-37页
·LJ力计算器	第37-45页
·粒子间距离的计算	第39-41页
·高次幂差值计算	第41-45页
·加速度模块设计	第45页
·片外存储器设计	第45-47页
·粒子模型测试结果	第47-52页
·氩气模型测试	第47-48页
·牛胰胰蛋白酶抑制剂模型测试	第48-52页
结论	第52-53页
参考文献	第53-56页
攻读硕士学位期间发表学术论文情况	第56-57页
致谢	第57-58页