基于GPU的分子动力学模拟方法研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第1章 引言 | 第9-17页 |
| ·研究背景及意义 | 第9-13页 |
| ·国内外研究现状及发展趋势 | 第13-15页 |
| ·本文的主要研究内容和组织结构 | 第15-17页 |
| 第2章 分子动力学模拟方法 | 第17-21页 |
| ·概述 | 第17页 |
| ·势函数 | 第17-18页 |
| ·积分求解方法 | 第18-19页 |
| ·截断半径法 | 第19页 |
| ·周期性边界条件 | 第19-20页 |
| ·最近镜像原则 | 第20页 |
| ·本章小结 | 第20-21页 |
| 第3章 GPU内存访问优化策略研究 | 第21-32页 |
| ·GPU架构与CUDA编程方法 | 第21-26页 |
| ·GPU架构 | 第21-24页 |
| ·CUDA编程方法 | 第24-26页 |
| ·内存访问优化策略研究 | 第26-31页 |
| ·全局内存访问优化 | 第27-29页 |
| ·共享内存访问优化 | 第29-31页 |
| ·常量内存访问优化 | 第31页 |
| ·寄存器访问优化 | 第31页 |
| ·本章小结 | 第31-32页 |
| 第4章 基于GPU的并行MD模拟方法研究 | 第32-45页 |
| ·概述 | 第32页 |
| ·两级并行MD模拟的实现 | 第32-40页 |
| ·分子间作用力并行计算的分析 | 第32-33页 |
| ·基于GPU的算法流程 | 第33-37页 |
| ·实验结果 | 第37-40页 |
| ·MD模拟的CUDA优化 | 第40-44页 |
| ·改进的分子间作用力计算方法 | 第40-42页 |
| ·实验结果与分析 | 第42-44页 |
| ·结论与思考 | 第44页 |
| ·本章小结 | 第44-45页 |
| 第5章 GPU加速热力学量与RDF提取的研究 | 第45-57页 |
| ·概述 | 第45页 |
| ·GPU加速热力学量提取的研究 | 第45-51页 |
| ·热力学量 | 第45-46页 |
| ·热力学量提取的CUDA并行实现 | 第46-48页 |
| ·实验结果与分析 | 第48-50页 |
| ·结论与思考 | 第50-51页 |
| ·GPU加速RDF提取的研究 | 第51-56页 |
| ·RDF | 第51页 |
| ·RDF提取的CUDA并行实现 | 第51-53页 |
| ·实验结果与分析 | 第53-56页 |
| ·结论与思考 | 第56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第6章 结论 | 第57-59页 |
| ·本文工作总结 | 第57-58页 |
| ·下一步工作展望 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-63页 |
| 攻读学位期间获得与学位论文相关的科研成果目录 | 第63页 |
