| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 1 文献综述 | 第10-29页 |
| 1.1 东方蜜蜂与西方蜜蜂 | 第10-11页 |
| 1.1.1 东方蜜蜂（Apis cerana Fabricius）的一般生物学习性 | 第10-11页 |
| 1.1.2 西方蜜蜂（Apis mellifera Linnaeus）的一般生物学习性 | 第11页 |
| 1.2 遗传连锁图谱构建与应用 | 第11-16页 |
| 1.2.1 遗传连锁图谱构建的理论基础 | 第11-13页 |
| 1.2.2 遗传连锁图谱构建的遗传标记 | 第13-15页 |
| 1.2.3 遗传连锁图谱构建的过程 | 第15页 |
| 1.2.4 遗传连锁图谱的实际应用 | 第15-16页 |
| 1.3 蜜蜂的级型分化 | 第16-20页 |
| 1.3.1 蜜蜂的级型分化及其特征 | 第16-17页 |
| 1.3.2 蜜蜂级型分化的相关因子 | 第17-20页 |
| 1.4 表观遗传学 | 第20-24页 |
| 1.4.1 DNA 甲基化 | 第22-23页 |
| 1.4.2 microRNA | 第23-24页 |
| 1.5 MeDIP-sequencing 与 Sequenom MassARRAY 技术 | 第24-25页 |
| 1.6 小 RNA 数字化分析 | 第25-27页 |
| 1.7 Illumina RNA 测序技术 | 第27-28页 |
| 1.8 本论文的研究内容与意义 | 第28-29页 |
| 2 东方蜜蜂遗传图谱的构建与分析 | 第29-45页 |
| 2.1 引言 | 第29-30页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第30-33页 |
| 2.2.1 主要试剂和仪器 | 第30页 |
| 2.2.2 东方蜜蜂遗传家系的建立 | 第30-31页 |
| 2.2.3 DNA 提取 | 第31-32页 |
| 2.2.4 Illumina HiseqTM2000 二代测序 | 第32页 |
| 2.2.5 序列分析和 SNP 标记判型 | 第32页 |
| 2.2.6 连锁性分析和遗传图谱的构建 | 第32-33页 |
| 2.3 结果与分析 | 第33-42页 |
| 2.3.1 测序与 SNP 判型 | 第33页 |
| 2.3.2 连锁群和遗传长度 | 第33-41页 |
| 2.3.3 东方蜜蜂和西方蜜蜂遗传图谱的差异 | 第41-42页 |
| 2.3.4 东方蜜蜂基因组的高重组率 | 第42页 |
| 2.4 讨论 | 第42-45页 |
| 3 蜜蜂级型分化的 DNA 甲基化及 miRNAs 分析 | 第45-70页 |
| 3.1 引言 | 第45-46页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第46-50页 |
| 3.2.1 蜂王幼虫和工蜂幼虫的 DNA 甲基化分析 | 第46-48页 |
| 3.2.1.1 蜂王幼虫和工蜂幼虫取样 | 第46-47页 |
| 3.2.1.2 DNA 制备和 meDIP-sequencing 测序 | 第47页 |
| 3.2.1.3 MeDIP-sequencing 测序标准信息分析 | 第47-48页 |
| 3.2.1.4 基因注释功能分析与代谢通路相关分析 | 第48页 |
| 3.2.1.5 数据分析 | 第48页 |
| 3.2.2 蜂王幼虫和工蜂幼虫的 miRNAs 分析 | 第48-50页 |
| 3.2.2.1 蜂王幼虫和工蜂幼虫取样 | 第48页 |
| 3.2.2.2 RNA 文库的构建和 Illumina HiSeqTM2500 高通量测序 | 第48-49页 |
| 3.2.2.3 miRNA 表达差异分析 | 第49页 |
| 3.2.2.4 数据分析 | 第49-50页 |
| 3.3 结果与分析 | 第50-63页 |
| 3.3.1 蜂王幼虫和工蜂幼虫 DNA 整体甲基化分析 | 第50-51页 |
| 3.3.2 蜂王幼虫和工蜂幼虫的甲基化差异基因 | 第51-57页 |
| 3.3.3 蜂王幼虫和工蜂幼虫的 miRNA 整体分析 | 第57-60页 |
| 3.3.4 蜂王幼虫和工蜂幼虫的 miRNA 差异分析 | 第60-63页 |
| 3.4 讨论 | 第63-70页 |
| 3.4.1 蜂王幼虫和工蜂幼虫的 DNA 甲基化分析 | 第63-64页 |
| 3.4.2 蜂王幼虫和工蜂幼虫的 miRNA 分析 | 第64-65页 |
| 3.4.3 蜂王幼虫和工蜂幼虫的 DNA 甲基化与 miRNA 综合分析 | 第65-70页 |
| 4 饲喂不同王浆对雌性蜜蜂发育影响 | 第70-92页 |
| 4.1 引言 | 第70-71页 |
| 4.2 材料与方法 | 第71-78页 |
| 4.2.1 意蜂浆和中蜂浆中 miRNAs 差异分析 | 第71-72页 |
| 4.2.1.1 意蜂浆和中蜂浆的取样 | 第71页 |
| 4.2.1.2 意蜂浆和中蜂浆中 miRNAs 测序 | 第71-72页 |
| 4.2.2 意蜂浆和中蜂浆对雌性蜜蜂幼虫 dynactin p62 基因甲基化影响 | 第72-76页 |
| 4.2.2.1 蜜蜂的饲养与取样 | 第73页 |
| 4.2.2.2 雌性蜜蜂幼虫 dynactin p62 甲基化水平的测定 | 第73-76页 |
| 4.2.2.3 数据统计与分析 | 第76页 |
| 4.2.3 意蜂浆和中蜂浆对西方蜜蜂转录影响 | 第76-77页 |
| 4.2.3.1 蜜蜂的饲养与取样 | 第76页 |
| 4.2.3.2 转录组分析 | 第76-77页 |
| 4.2.4 意蜂浆和中蜂浆对西方蜜蜂发育可变剪接影响 | 第77-78页 |
| 4.2.4.1 蜜蜂的饲养与取样 | 第77-78页 |
| 4.2.4.2 可变剪切分析 | 第78页 |
| 4.3 结果与分析 | 第78-87页 |
| 4.3.1 意蜂浆和中蜂浆中 miRNAs 差异分析 | 第78-82页 |
| 4.3.2 意蜂浆和中蜂浆对雌性蜜蜂幼虫 dynactin p62 基因甲基化影响 | 第82-83页 |
| 4.3.3 意蜂浆和中蜂浆对西方蜜蜂转录影响 | 第83-86页 |
| 4.3.4 意蜂浆和中蜂浆对西方蜜蜂发育可变剪接影响 | 第86-87页 |
| 4.4 讨论 | 第87-92页 |
| 4.4.1 意蜂浆和中蜂浆的 miRNAs 分析 | 第87页 |
| 4.4.2 意蜂浆和中蜂浆对西方蜜蜂转录影响 | 第87-88页 |
| 4.4.3 意蜂浆和中蜂浆对蜜蜂幼虫 dynactin p62 基因甲基化影响 | 第88-89页 |
| 4.4.4 意蜂浆和中蜂浆对蜜蜂发育基因的可变剪接影响 | 第89-92页 |
| 5 结论与展望 | 第92-94页 |
| 5.1 论文主要结论 | 第92页 |
| 5.2 论文创新点 | 第92-93页 |
| 5.3 论文展望 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-107页 |
| 附录 | 第107-163页 |
| 攻读博士学位期间发表论文及获奖情况 | 第163-164页 |
| 致谢 | 第164页 |
