| 摘要 | 第2-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 符号说明 | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-25页 |
| 1.1 着丝粒DNA序列或遗传学特征 | 第10-17页 |
| 1.1.1 真核生物着丝粒DNA序列或遗传学特征 | 第10页 |
| 1.1.2 植物着丝粒DNA序列或遗传学特征 | 第10-11页 |
| 1.1.3 栽培稻着丝粒DNA序列或遗传学特征 | 第11-17页 |
| 1.2 新着丝粒的研究进展 | 第17-20页 |
| 1.2.1 真核生物新着丝粒的研究进展 | 第17页 |
| 1.2.2 植物新着丝粒的研究进展 | 第17-18页 |
| 1.2.3 水稻新着丝粒的研究进展 | 第18-20页 |
| 1.3 Oligo-FISH的发展与应用 | 第20-22页 |
| 1.3.1 FISH的发展 | 第20页 |
| 1.3.2 Oligo-FISH的简介 | 第20-21页 |
| 1.3.3 Oligo-FISH的应用 | 第21-22页 |
| 1.4 第三代测序的发展与应用简介 | 第22页 |
| 1.5 ChIP-seq和RNA-seq的发展与应用 | 第22-23页 |
| 1.6 着丝粒表观遗传特征研究进展 | 第23-24页 |
| 1.7 本研究的目的与意义 | 第24-25页 |
| 第二章 材料与方法 | 第25-37页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-26页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第25页 |
| 2.1.2 细菌人工染色体(BAC)载体与菌株 | 第25页 |
| 2.1.3 着丝粒特异抗体(CENH3)的制备 | 第25页 |
| 2.1.4 主要的实验设备和工具 | 第25页 |
| 2.1.5 引物合成 | 第25-26页 |
| 2.2 实验方法 | 第26-37页 |
| 2.2.1 荧光原位杂交(FISH) | 第26-30页 |
| 2.2.1.1 寡核苷酸探针的设计和制备 | 第26-28页 |
| 2.2.1.2 BAC探针与CentO探针的制备 | 第28页 |
| 2.2.1.3 Oligo-FISH | 第28-29页 |
| 2.2.1.4 双链探针FISH | 第29-30页 |
| 2.2.1.5 二次FISH杂交 | 第30页 |
| 2.2.1.6 显微镜成像 | 第30页 |
| 2.2.2 BAC文库的构建与筛选 | 第30-34页 |
| 2.2.2.1 高分子量水稻基因组DNA的提取 | 第30页 |
| 2.2.2.2 BAC文库的构建 | 第30-31页 |
| 2.2.2.3 BAC文库单克隆的PCR筛选 | 第31-33页 |
| 2.2.2.4 BAC单克隆DNA的提取(Qiagen Plasmid Midi kit) | 第33-34页 |
| 2.2.3 BAC三代测序与组装 | 第34页 |
| 2.2.4 染色体免疫共沉淀(ChIP)与测序分析 | 第34-36页 |
| 2.2.4.1 染色体免疫共沉淀 | 第34-36页 |
| 2.2.4.2 ChIP-seq与数据可视化分析 | 第36页 |
| 2.2.5 转录组测序(RNA-seq)与数据可视化 | 第36-37页 |
| 第三章 结果与分析 | 第37-54页 |
| 3.1 第8染色体着丝粒卫星序列缺失的细胞学鉴定 | 第37-39页 |
| 3.2 中籼3037 BAC文库的构建 | 第39页 |
| 3.3 中籼3037第8染色体着丝粒区域基因BAC克隆的筛选 | 第39-44页 |
| 3.4 阳性BAC克隆的细胞学验证 | 第44-45页 |
| 3.5 BAC克隆的三代测序分析 | 第45-47页 |
| 3.6 Del 8组蛋白CENH3结合区域定位分析 | 第47-51页 |
| 3.7 新着丝粒区域基因的表观修饰特征分析 | 第51-54页 |
| 第四章 小结与讨论 | 第54-57页 |
| 4.1 水稻双色Oligo-FISH技术为染色体的鉴别提供便利 | 第54页 |
| 4.2 三代测序在重复序列的测定和组装上的应用 | 第54-55页 |
| 4.3 序列缺失导致内源新着丝粒扩张 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 攻读硕士学位期间参与发表的学术论文 | 第69-70页 |
