| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-26页 |
| 1.1 天然无规蛋白质 | 第10-13页 |
| 1.1.1 天然无规蛋白质序列特点 | 第10-11页 |
| 1.1.2 天然无规蛋白质结构特点 | 第11-12页 |
| 1.1.3 天然无规蛋白质的生物学功能 | 第12-13页 |
| 1.2 分子动力学模拟 | 第13-26页 |
| 1.2.1 概述 | 第13-14页 |
| 1.2.2 分子动力学计算原理 | 第14-17页 |
| 1.2.3 分子动力学软件 AMBER | 第17-20页 |
| 1.2.4 分子力场 | 第20-22页 |
| 1.2.5 分子力场经验势函数 | 第22-24页 |
| 1.2.6 分子力场的参数化 | 第24-26页 |
| 第二章 基于格点的能量修正能量项 | 第26-45页 |
| 2.1 背景介绍 | 第26-33页 |
| 2.1.1 ff99SB 力场中二面角项的能量函数参数的拟合 | 第28-30页 |
| 2.1.2 双二次样条插值函数 | 第30-33页 |
| 2.1.3 平均力势（potential of mean force, PMF） | 第33页 |
| 2.2 实验方法 | 第33-37页 |
| 2.2.1 数据收集 | 第33-34页 |
| 2.2.2 将 CMAP 参数与 AMBER 软件整合 | 第34-35页 |
| 2.2.3 分子动力学模拟 | 第35-36页 |
| 2.2.4 基于格点的能量修正项（CMAP）参数拟合 | 第36-37页 |
| 2.3 实验结果 | 第37-45页 |
| 2.3.1 数据库统计结果 | 第37-40页 |
| 2.3.2 CMAP 参数优化结果 | 第40-45页 |
| 第三章 天然无规蛋白质的分子动力学模拟验证 | 第45-68页 |
| 3.1 背景介绍 | 第45-47页 |
| 3.2 实验方法 | 第47-51页 |
| 3.2.1 常温的显式水（explicit water）分子动力学模拟 | 第47-48页 |
| 3.2.2 常温的隐式水（implicit water）分子动力学模拟 | 第48-49页 |
| 3.2.3 数据分析 | 第49-51页 |
| 3.3 实验结果 | 第51-68页 |
| 3.3.1 蛋白质的分子动力学模拟 | 第51-63页 |
| 3.3.2 分子动力学模拟与实验数据比较 | 第63-68页 |
| 第四章 基于量子力学计算和天然无规蛋白质偏电荷的拟合 | 第68-75页 |
| 4.1 背景介绍 | 第68-70页 |
| 4.1.1 限制性静电势模型（RESP model） | 第68-69页 |
| 4.1.2 高斯软件 | 第69-70页 |
| 4.2 实验方法 | 第70-71页 |
| 4.3 实验结果 | 第71-75页 |
| 第五章 结论 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第82页 |
