| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-38页 |
| 1 丹参活性成分生物合成及调控的研究进展 | 第12-19页 |
| 1.1 丹参研究概况 | 第12-14页 |
| 1.2 丹参组学的研究进展 | 第14-15页 |
| 1.3 丹参酮的生物合成及调控 | 第15-17页 |
| 1.4 丹参酚酸类化合物的生物合成及调控 | 第17-18页 |
| 1.5 诱导子对丹参酮和酚酸类化合物积累的影响 | 第18-19页 |
| 2 DNA测序技术的历史沿革 | 第19-22页 |
| 2.1 第一代测序技术 | 第19-20页 |
| 2.2 第二代测序技术 | 第20-21页 |
| 2.3 第三代测序技术 | 第21-22页 |
| 3 三代测序技术应用于转录组测序的研究进展 | 第22-23页 |
| 4 复杂多样的植物基因可变剪接现象 | 第23-27页 |
| 4.1 植物基因可变剪接机制 | 第24-25页 |
| 4.2 可变剪接的分析 | 第25-26页 |
| 4.3 可变剪接的生物学意义 | 第26-27页 |
| 5 植物lncRNA的研究进展 | 第27页 |
| 6 本研究的目的与意义 | 第27-28页 |
| 7 研究路线 | 第28-29页 |
| 8 参考文献 | 第29-38页 |
| 第二章 基于杂合测序技术丹参根全长转录组测序及可变剪接信息挖掘 | 第38-69页 |
| 1 所用试剂与仪器 | 第38-39页 |
| 1.1 常用试剂与酶 | 第38页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第38-39页 |
| 2 实验材料与方法 | 第39-48页 |
| 2.1 丹参材料收集 | 第39页 |
| 2.2 丹参根RNA提取及二代Illumina Hiseq2500测序文库构建 | 第39-40页 |
| 2.3 PacBio RSⅡ cDNA文库构建及上机测序 | 第40-46页 |
| 2.4 生物信息学分析 | 第46-48页 |
| 2.5 数据上传 | 第48页 |
| 3 实验结果 | 第48-66页 |
| 3.1 丹参根RNA提取及二代Illumina Hiseq2500测序文库构建 | 第48-49页 |
| 3.2 Illumina HiSeq 2500测序及差异表达分析 | 第49-50页 |
| 3.3 PacBio RSⅡ测序文库构建及数据产生 | 第50-52页 |
| 3.4 LSC校正低质量PacBio reads | 第52-55页 |
| 3.5 丹参根可变剪接异构体鉴定 | 第55-66页 |
| 4 小结与讨论 | 第66-67页 |
| 5 参考文献 | 第67-69页 |
| 第三章 脂溶性丹参酮生物合成相关基因的鉴定及功能验证 | 第69-107页 |
| 1 所用试剂与仪器 | 第69-70页 |
| 1.1 常用试剂与酶 | 第69页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第69-70页 |
| 2 实验材料与方法 | 第70-83页 |
| 2.1 丹参根石蜡切片染色 | 第70页 |
| 2.2 丹参根不同组织丹参酮ⅡA含量测定 | 第70页 |
| 2.3 丹参根不同组织差异表达基因的筛选及功能注释 | 第70-71页 |
| 2.4 丹参酮合成上游萜类合酶编码基因的筛选及差异表达分析 | 第71页 |
| 2.5 丹参酮合成相关下游基因的筛选及表达分析 | 第71-77页 |
| 2.6 Gateway构建丹参RNAi重组质粒及丹参遗传转化 | 第77-81页 |
| 2.7 Gateway构建过表达重组质粒及丹参遗传转化 | 第81-83页 |
| 2.8 丹参阳性毛状根的筛选及实时定量PCR鉴定 | 第83页 |
| 3 实验结果 | 第83-103页 |
| 3.1 丹参酮在丹参根不同组织中的积累 | 第83-84页 |
| 3.2 丹参根不同组织差异表达基因的筛选及功能注释 | 第84-85页 |
| 3.3 丹参酮合成上游萜类合酶编码基因的筛选及差异表达分析 | 第85-91页 |
| 3.4 丹参酮合成上游萜类合酶编码基因可变剪接分析 | 第91-93页 |
| 3.5 丹参酮合成相关CYP450s的筛选及表达分析 | 第93-98页 |
| 3.6 丹参酮合成相关20DDs的筛选及表达分析 | 第98-99页 |
| 3.7 丹参酮合成相关SDRs的筛选及表达分析 | 第99-100页 |
| 3.8 候选基因的克隆及结构分析 | 第100-101页 |
| 3.9 丹参转基因毛状根 | 第101-102页 |
| 3.10 丹参转基因毛状根RNAi抑制效率 | 第102-103页 |
| 4 小结与讨论 | 第103-105页 |
| 5 参考文献 | 第105-107页 |
| 第四章 水溶性丹酚酸生物合成相关基因的筛选及鉴定 | 第107-130页 |
| 1 所用试剂与仪器 | 第107页 |
| 1.1 常用试剂与酶 | 第107页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第107页 |
| 2 实验材料与方法 | 第107-111页 |
| 2.1 丹参根石蜡切片染色 | 第107-108页 |
| 2.2 丹参根不同组织丹酚酸B含量测定 | 第108页 |
| 2.3 丹参根不同组织差异表达基因的筛选及功能注释 | 第108页 |
| 2.4 迷迭香酸合成相关基因的筛选及差异表达分析 | 第108-109页 |
| 2.5 丹酚酸合成相关基因的筛选及表达分析 | 第109-111页 |
| 3 实验结果 | 第111-126页 |
| 3.1 丹酚酸在丹参根不同组织中的积累 | 第111页 |
| 3.2 丹参根不同组织差异表达基因的筛选及功能注释 | 第111-112页 |
| 3.3 迷迭香酸合成相关基因的筛选及差异表达分析 | 第112-117页 |
| 3.4 迷迭香酸合成相关基因可变剪接分析 | 第117-119页 |
| 3.5 迷迭香酸合成相关CYP450s的筛选及表达分析 | 第119-123页 |
| 3.6 丹酚酸合成相关多铜氧化酶的筛选及表达分析 | 第123-126页 |
| 4 小结与讨论 | 第126-128页 |
| 5 参考文献 | 第128-130页 |
| 第五章 丹参根poly(A)lncRNA的鉴定及表达分析 | 第130-143页 |
| 1 实验材料与方法 | 第130-131页 |
| 1.1 转录组测序拼接 | 第130页 |
| 1.2 丹参lncRNA的筛选 | 第130-131页 |
| 1.3 丹参lncRNAs的差异表达分析 | 第131页 |
| 2 实验结果 | 第131-140页 |
| 2.1 丹参根转录组测序及组装 | 第131-132页 |
| 2.2 丹参lncRNA的筛选与鉴定 | 第132-136页 |
| 2.3 丹参lncRNA保守性分析 | 第136-138页 |
| 2.4 丹参lncRNA差异表达分析 | 第138页 |
| 2.5 预测与丹参活性成分调控相关的lncRNAs | 第138-140页 |
| 3 小结与讨论 | 第140-141页 |
| 4 参考文献 | 第141-143页 |
| 第六章 结论与展望 | 第143-146页 |
| 1 结论 | 第143-144页 |
| 2 展望 | 第144-146页 |
| 致谢 | 第146-148页 |
| 作者简介 | 第148-150页 |
