| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第11-22页 |
| 1.1 苹果腐烂病发生现状 | 第11-12页 |
| 1.2 苹果腐烂病致病机制的研究进展 | 第12-14页 |
| 1.2.1 苹果腐烂病菌致病相关物质的研究进展 | 第12-13页 |
| 1.2.2 苹果腐烂病菌致病相关基因的研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2.3 苹果腐烂病菌效应蛋白研究进展 | 第14页 |
| 1.3 Som1基因的研究进展 | 第14-17页 |
| 1.4 热不对称交错PCR技术的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.5 转录组测序技术在丝状真菌基因功能研究中的应用 | 第19-20页 |
| 1.6 本研究的目的、意义和技术路线 | 第20-22页 |
| 1.6.1 本研究的目的意义 | 第20-21页 |
| 1.6.2 技术路线 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-37页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-24页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第22页 |
| 2.1.2 细菌及质粒 | 第22页 |
| 2.1.3 试剂和生化试剂 | 第22页 |
| 2.1.4 培养基及溶液配制 | 第22-24页 |
| 2.1.5 实验仪器 | 第24页 |
| 2.2 突变体筛选 | 第24-25页 |
| 2.2.1 菌株活化及培养 | 第24页 |
| 2.2.2 转化子生长速率测定 | 第24-25页 |
| 2.2.3 转化子菌落形态观察 | 第25页 |
| 2.2.4 转化子致病性测定 | 第25页 |
| 2.3 突变基因的获取 | 第25-30页 |
| 2.3.1 突变体基因组DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.3.2 改良hiTAIL-PCR法克隆突变体侧翼序列 | 第26-27页 |
| 2.3.3 PCR特异性产物回收 | 第27-28页 |
| 2.3.4 PCR特异性产物连接 | 第28页 |
| 2.3.5 连接产物转化大肠杆菌DH5α感受态 | 第28页 |
| 2.3.6 单菌落PCR验证阳性克隆 | 第28-29页 |
| 2.3.7 侧翼序列对比分析 | 第29页 |
| 2.3.8 突变基因的克隆及分析 | 第29-30页 |
| 2.4 突变体G23的转录组测序分析 | 第30-37页 |
| 2.4.1 菌株的培养 | 第31页 |
| 2.4.2 总RNA的提取 | 第31页 |
| 2.4.3 RNA样品检测 | 第31-32页 |
| 2.4.4 RNA文库构建 | 第32页 |
| 2.4.5 文库质控和上机测序 | 第32页 |
| 2.4.6 测序数据及其质量控制 | 第32页 |
| 2.4.7 转录组测序数据组装及Unigene功能注释 | 第32-34页 |
| 2.4.8 实时荧光定量PCR（qRT-PCR）验证 | 第34-36页 |
| 2.4.9 差异表达分析 | 第36-37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-57页 |
| 3.1 苹果腐烂病菌致病缺陷突变体表型分析 | 第37-39页 |
| 3.2 致病缺陷突变体突变基因的克隆 | 第39-45页 |
| 3.2.1 改良hiTAIL-PCR体系的建立 | 第39-40页 |
| 3.2.2 突变基因的克隆和序列分析 | 第40-45页 |
| 3.3 Valsa mali sdau11-175 和突变体G23转录组测序分析 | 第45-57页 |
| 3.3.1 总RNA提取及质量检测 | 第45-46页 |
| 3.3.2 测序数据及质量分析 | 第46-49页 |
| 3.3.3 Unigene功能注释和基因表达量分析 | 第49-50页 |
| 3.3.4 基因表达量的实时荧光定量PCR验证 | 第50-51页 |
| 3.3.5 差异表达基因分析 | 第51-52页 |
| 3.3.6 差异表达基因GO功能富集分析 | 第52-54页 |
| 3.3.7 差异表达基因KOG分类 | 第54-55页 |
| 3.3.8 差异表达基因KEGG注释和KEGG通路富集分析 | 第55-56页 |
| 3.3.9 已知V. mali致病相关基因分析 | 第56-57页 |
| 3.3.10 V. mali转录因子分析 | 第57页 |
| 4 讨论 | 第57-59页 |
| 5 结论 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第68页 |
