| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-23页 |
| 1.1 课题背景及研究意义 | 第10-15页 |
| 1.1.1 表观遗传学 | 第10页 |
| 1.1.2 DNA甲基化 | 第10-13页 |
| 1.1.3 CpG岛以及CpG位点 | 第13-14页 |
| 1.1.4 课题意义 | 第14-15页 |
| 1.2 DNA甲基化数据分析国内外发展现状 | 第15-21页 |
| 1.2.1 DNA甲基化的高通量检测方法 | 第15-18页 |
| 1.2.2 DNA甲基化研究的相关数据库 | 第18页 |
| 1.2.3 DNA甲基化状态的预测研究现状 | 第18-21页 |
| 1.3 本文研究的具体工作内容 | 第21-22页 |
| 1.4 章节安排 | 第22-23页 |
| 第二章 CPG位点甲基化倾向性的预测研究 | 第23-49页 |
| 2.0 研究概述 | 第23-25页 |
| 2.1 实验数据描述 | 第25-26页 |
| 2.2 特征描述 | 第26页 |
| 2.3 主元分析法 | 第26-32页 |
| 2.3.1 主元分析法的基本原理 | 第26-28页 |
| 2.3.2 主元分析法的步骤及效果 | 第28-32页 |
| 2.4 预测算法研究 | 第32-42页 |
| 2.4.1 支持向量回归模型研究 | 第33-36页 |
| 2.4.2 随机森林回归模型研究 | 第36-39页 |
| 2.4.3 logistic回归模型研究 | 第39-42页 |
| 2.5 预测结果及分析 | 第42-47页 |
| 2.5.1 性能指标 | 第42-43页 |
| 2.5.2 预测性能及分析 | 第43-46页 |
| 2.5.3 预测模型在其他组织中的预测性能 | 第46-47页 |
| 2.6 本章小结 | 第47-49页 |
| 第三章 DNA甲基化状态在线预测平台 | 第49-59页 |
| 3.1 在线预测平台相关技术 | 第49-50页 |
| 3.2 在线预测平台的设计 | 第50-51页 |
| 3.3 在线预测平台实现方案 | 第51-53页 |
| 3.4 在线预测平台结果展示 | 第53-55页 |
| 3.5 在线预测平台性能分析 | 第55-57页 |
| 3.6 在线预测平台预测性能与Epi GRAPH的比较 | 第57-58页 |
| 3.7 本章小结 | 第58-59页 |
| 第四章 预测平台在类风湿关节炎基因研究中的应用 | 第59-65页 |
| 4.1 研究概述 | 第59-60页 |
| 4.2 差异甲基化分析 | 第60页 |
| 4.3 类风湿关节炎相关基因研究 | 第60-64页 |
| 4.3.1 类风湿关节炎相关基因GO分析 | 第60-61页 |
| 4.3.2 类风湿关节炎相关基因鉴定 | 第61-64页 |
| 4.4 本章小结 | 第64-65页 |
| 第五章 总结与展望 | 第65-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-73页 |
| 攻读学位期间所发表的学术论文 | 第73-74页 |