基于K-mer相似性算法的DNA探针设计系统
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 课题来源 | 第9页 |
| 1.2 课题研究的目的和意义 | 第9页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第9-14页 |
| 1.3.1 DNA探针设计系统研究现状 | 第10-11页 |
| 1.3.2 DNA序列比对算法研究现状 | 第11-14页 |
| 1.4 本文研究内容及组织结构 | 第14-16页 |
| 第2章 系统需求分析与核心算法设计 | 第16-33页 |
| 2.1 DNA探针设计基础理论 | 第16-17页 |
| 2.1.1 DNA探针设计基本概念 | 第16页 |
| 2.1.2 DNA探针三大质量指标 | 第16-17页 |
| 2.2 DNA探针设计中的序列比对 | 第17-22页 |
| 2.2.1 DNA探针设计中序列比对特性 | 第17-19页 |
| 2.2.2 DNA探针设计中序列比对算法 | 第19-22页 |
| 2.3 系统需求分析 | 第22-24页 |
| 2.3.1 快速准确的全局序列比对算法 | 第22页 |
| 2.3.2 系统功能需求 | 第22-24页 |
| 2.3.3 系统非功能需求 | 第24页 |
| 2.4 K-mer相似性算法 | 第24-32页 |
| 2.4.1 K-mer相似性算法 | 第24-26页 |
| 2.4.2 K-mer相似性算法参数估计 | 第26-28页 |
| 2.4.3 K-mer相似性算法测试 | 第28-32页 |
| 2.5 本章小结 | 第32-33页 |
| 第3章 DNA探针系统设计 | 第33-50页 |
| 3.1 系统设计目标 | 第33页 |
| 3.2 系统总体设计 | 第33-38页 |
| 3.2.1 系统功能结构设计 | 第33页 |
| 3.2.2 系统架构设计 | 第33-35页 |
| 3.2.3 系统数据库设计 | 第35-38页 |
| 3.3 系统详细设计 | 第38-49页 |
| 3.3.1 数据预处理模块设计 | 第38-42页 |
| 3.3.2 序列比对模块设计 | 第42-45页 |
| 3.3.3 最终探针设计模块设计 | 第45-49页 |
| 3.4 本章小结 | 第49-50页 |
| 第4章 DNA探针设计系统实现 | 第50-66页 |
| 4.1 数据预处理模块实现 | 第50-53页 |
| 4.1.1 序列重新编号子模块实现 | 第50页 |
| 4.1.2 低复杂度区域过滤子模块实现 | 第50-53页 |
| 4.2 序列比对模块实现 | 第53-61页 |
| 4.2.1 特异探针序列比对子模块实现 | 第53-60页 |
| 4.2.2 组探针序列比对子模块实现 | 第60-61页 |
| 4.3 最终探针生成模块实现 | 第61-65页 |
| 4.3.1 GC含量过滤子模块实现 | 第61-62页 |
| 4.3.2 Tm值过滤子模块实现 | 第62-63页 |
| 4.3.3 自由能过滤子模块实现 | 第63-65页 |
| 4.4 本章小结 | 第65-66页 |
| 第5章 DNA探针设计系统测试 | 第66-75页 |
| 5.1 系统测试环境 | 第66页 |
| 5.1.1 系统测试环境 | 第66页 |
| 5.1.2 系统测试数据来源 | 第66页 |
| 5.2 系统功能测试 | 第66-72页 |
| 5.2.1 数据预处理模块功能测试 | 第66-69页 |
| 5.2.2 序列比对模块功能测试 | 第69-70页 |
| 5.2.3 最终探针生成模块功能测试 | 第70-72页 |
| 5.3 系统性能测试 | 第72-73页 |
| 5.4 系统测试结论 | 第73-74页 |
| 5.5 本章小结 | 第74-75页 |
| 结论 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-80页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及其他成果 | 第80-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
