| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 第一章 前言 | 第14-28页 |
| 1.1 小RNA的研究进展 | 第14-22页 |
| 1.1.1 小RNA的简介 | 第14-15页 |
| 1.1.2 小RNA的种类 | 第15页 |
| 1.1.3 小RNA的结构 | 第15-16页 |
| 1.1.4 小RNA的调控机制 | 第16-20页 |
| 1.1.5 参与小RNA调控的重要因子 | 第20-22页 |
| 1.2 小RNA的靶标鉴定 | 第22-26页 |
| 1.2.1 小RNA靶标鉴定的方法 | 第22-23页 |
| 1.2.2 小RNA靶标预测模型 | 第23-26页 |
| 1.3 黄单胞菌sRNA靶标研究进展 | 第26-27页 |
| 1.4 研究的目的与意义 | 第27-28页 |
| 第二章 材料与方法 | 第28-49页 |
| 2.1 本研究所用的供试菌株和质粒 | 第28-29页 |
| 2.2 本研究所用的引物 | 第29-31页 |
| 2.3 常用的抗生素 | 第31-32页 |
| 2.4 培养基、培养条件和菌种保存 | 第32-34页 |
| 2.4.1 培养基 | 第32-33页 |
| 2.4.2 细菌培养 | 第33-34页 |
| 2.4.3 菌种保存 | 第34页 |
| 2.5 常用的试剂和溶液的配制 | 第34-36页 |
| 2.6 细菌中总DNA的提取 | 第36页 |
| 2.7 质粒DNA的提取 | 第36-37页 |
| 2.7.1 快速碱裂解法 | 第36-37页 |
| 2.7.2 试剂盒提取法 | 第37页 |
| 2.8 常规PCR | 第37-39页 |
| 2.8.1 热稳定的模板依赖的DNA聚合酶 | 第37-38页 |
| 2.8.2 引物设计 | 第38页 |
| 2.8.3 模板的制备 | 第38页 |
| 2.8.4 PCR反应体系 | 第38-39页 |
| 2.8.5 反应条件 | 第39页 |
| 2.9 琼脂糖凝胶电泳 | 第39页 |
| 2.10 核酸片段的纯化和回收 | 第39页 |
| 2.11 DNA的酶切 | 第39-40页 |
| 2.12 DNA片段的连接 | 第40-41页 |
| 2.13 转化实验 | 第41-42页 |
| 2.13.1 化转感受态细胞的制备 | 第41页 |
| 2.13.2 化学转化法 | 第41-42页 |
| 2.14 转化子的验证 | 第42页 |
| 2.15 三亲本结合实验 | 第42-43页 |
| 2.16 三亲接合子的验证 | 第43页 |
| 2.17 过量表达菌株的构建 | 第43-44页 |
| 2.17.1 过量表达菌株的构建 | 第43页 |
| 2.17.1 过量表达菌株的验证 | 第43-44页 |
| 2.18 总RNA的提取 | 第44页 |
| 2.19 5'RACE实验 | 第44页 |
| 2.20 RT-PCR | 第44-45页 |
| 2.21 RNA的体外转录 | 第45页 |
| 2.21.1 体外转录模板的制备 | 第45页 |
| 2.21.2 体外转录 | 第45页 |
| 2.22 RNA的胶回收 | 第45页 |
| 2.23 RNA的体外结合 | 第45-47页 |
| 2.24 转录融合GUS报告系统的构建 | 第47页 |
| 2.25 翻译融合GUS报告系统的构建 | 第47页 |
| 2.26 GUS活性的测定 | 第47-49页 |
| 第三章 结果与分析 | 第49-75页 |
| 3.1 目标小RNA的基本信息 | 第49-50页 |
| 3.2 小RNA直接靶标的鉴定 | 第50-58页 |
| 3.2.1 小RNA直接靶标预测 | 第50-53页 |
| 3.2.2 5'RACE测定候选靶标基因的转录起始位点 | 第53-57页 |
| 3.2.3 EMSA验证小RNA的直接靶标 | 第57-58页 |
| 3.3 检测sRNA-Xcc2和sRNA-Xcc3对候选基因的影响 | 第58-71页 |
| 3.3.1 小RNA过量表达菌株的构建 | 第58-64页 |
| 3.3.2 候选靶标基因的半定量RT-PCR | 第64-65页 |
| 3.3.3 转录融合报告菌株的构建和GUS的检测 | 第65-68页 |
| 3.3.4 翻译融合报告菌株的构建和GUS的检测 | 第68-71页 |
| 3.4 总结与讨论 | 第71-75页 |
| 3.4.1 总结 | 第71-72页 |
| 3.4.2 讨论 | 第72-74页 |
| 3.4.3 后续工作 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-85页 |
| 附录A 目前已经确定其调控靶标的小RNA | 第85-88页 |
| 附录B CopraRNA对Xcc 8004四个小RNA预测的结果 | 第88-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文的情况 | 第113页 |
