| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略表 | 第18-19页 |
| 第一章 引言 | 第19-30页 |
| 1.1 鸭疫里默氏杆菌的研究进展 | 第19-23页 |
| 1.1.1 病原学及流行病学 | 第19-21页 |
| 1.1.2 基因组全序列的发表 | 第21-22页 |
| 1.1.3 毒力基因研究 | 第22-23页 |
| 1.2 细菌毒力基因鉴定方法研究进展 | 第23-27页 |
| 1.2.1 同源重组 | 第23-24页 |
| 1.2.2 差异表达基因分离技术 | 第24-26页 |
| 1.2.3 细菌毒力体内表达检测技术 | 第26-27页 |
| 1.3 转座子诱变技术的应用 | 第27-30页 |
| 1.3.1 特征分类 | 第27页 |
| 1.3.2 转座途径 | 第27-28页 |
| 1.3.3 转座子诱变技术的应用 | 第28-30页 |
| 第二章 鸭疫里默氏杆菌Yb2全基因组序列的测定 | 第30-45页 |
| 2.1 材料和方法 | 第30-34页 |
| 2.1.1 材料 | 第30-31页 |
| 2.1.1.1 菌株 | 第30页 |
| 2.1.1.2 培养基和缓冲液配制 | 第30页 |
| 2.1.1.3 试剂及仪器 | 第30-31页 |
| 2.1.2 细菌复苏及培养 | 第31页 |
| 2.1.3 细菌基因组DNA提取 | 第31页 |
| 2.1.4 DNA样品质量检测 | 第31-32页 |
| 2.1.4.1 浓度检测 | 第31页 |
| 2.1.4.2 片段大小及分布 | 第31页 |
| 2.1.4.3 16S rDNA检测 | 第31-32页 |
| 2.1.5 构建文库 | 第32页 |
| 2.1.6 基因组序列拼装与分析 | 第32页 |
| 2.1.7 功能元件分析 | 第32页 |
| 2.1.8 蛋白编码基因功能注释 | 第32-33页 |
| 2.1.9 基因组圈图绘制 | 第33页 |
| 2.1.10基因组测序个性化分析 | 第33-34页 |
| 2.1.10.1 脂多糖合成途径分析 | 第33页 |
| 2.1.10.2 基因岛预测 | 第33页 |
| 2.1.10.3 单核苷酸多态性分析 | 第33页 |
| 2.1.10.4 基于 16S rDNA进化分析 | 第33页 |
| 2.1.10.5 同源性分析 | 第33-34页 |
| 2.1.10.6 共线性分析 | 第34页 |
| 2.2 结果 | 第34-43页 |
| 2.2.1 基因组DNA质量分析 | 第34-35页 |
| 2.2.2 基因组序列拼装与分析 | 第35-36页 |
| 2.2.3 基因功能注释 | 第36-38页 |
| 2.2.4 基因注释和GC分析 | 第38-39页 |
| 2.2.5 脂多糖合成途径分析 | 第39-40页 |
| 2.2.6 基因岛预测 | 第40-41页 |
| 2.2.7 单核苷酸多态性分析 | 第41-42页 |
| 2.2.8 共线性分析 | 第42-43页 |
| 2.2.9 系统发育树构建 | 第43页 |
| 2.3 讨论 | 第43-45页 |
| 第三章 血清2型鸭疫里默氏杆菌随机突变株文库的构建 | 第45-51页 |
| 3.1 材料和方法 | 第45-48页 |
| 3.1.1 材料 | 第45-46页 |
| 3.1.1.1 菌株和质粒 | 第45-46页 |
| 3.1.1.2 培养基及缓冲液配制 | 第46页 |
| 3.1.1.3 抗生素及使用浓度 | 第46页 |
| 3.1.1.4 主要试剂及仪器 | 第46页 |
| 3.1.2 细菌复苏与培养 | 第46页 |
| 3.1.3 抗生素最佳使用浓度的筛选 | 第46-47页 |
| 3.1.4 接合转导 | 第47页 |
| 3.1.5 随机突变株的鉴定 | 第47-48页 |
| 3.1.6 随机突变库的保存 | 第48页 |
| 3.2 结果 | 第48-49页 |
| 3.2.1 最佳抗生素浓度的确定 | 第48页 |
| 3.2.2 接合转导及随机突变株的鉴定 | 第48-49页 |
| 3.2.3 突变株保存 | 第49页 |
| 3.3 讨论 | 第49-51页 |
| 第四章 鸭疫里默氏杆菌毒力基因的鉴定 | 第51-68页 |
| 4.1 材料与方法 | 第51-58页 |
| 4.1.1 材料 | 第51-53页 |
| 4.1.1.1 菌株及实验动物 | 第51页 |
| 4.1.1.2 培养基和缓冲液 | 第51-52页 |
| 4.1.1.3 试剂 | 第52页 |
| 4.1.1.4 主要器材和仪器 | 第52页 |
| 4.1.1.5 PCR引物 | 第52-53页 |
| 4.1.2 突变株复苏与培养 | 第53页 |
| 4.1.3 毒力减弱突变株的筛选 | 第53页 |
| 4.1.4 毒力减弱突变株转座子插入次数检测 | 第53-55页 |
| 4.1.4.1 探针的制备 | 第53-54页 |
| 4.1.4.2 最佳探针稀释度的测定 | 第54页 |
| 4.1.4.3 细菌DNA的提取和酶切 | 第54页 |
| 4.1.4.4 琼脂糖凝胶电泳 | 第54页 |
| 4.1.4.5 凝胶的变性与中和 | 第54页 |
| 4.1.4.6 转印 | 第54-55页 |
| 4.1.4.7 固定DNA | 第55页 |
| 4.1.4.8 杂交 | 第55页 |
| 4.1.4.9 免疫检测 | 第55页 |
| 4.1.5 减毒株插入失活基因的鉴定 | 第55-57页 |
| 4.1.5.1 反向PCR法 | 第55-57页 |
| 4.1.5.2 染色体步移法 | 第57页 |
| 4.1.6 插入失活基因的功能分析 | 第57页 |
| 4.1.7 部分减毒突变株半数致死量测定 | 第57-58页 |
| 4.2 结果 | 第58-66页 |
| 4.2.1 减毒突变株的筛选 | 第58页 |
| 4.2.2 减毒突变株插入次数鉴定 | 第58-59页 |
| 4.2.2.1 DNA探针最佳稀释度的确定 | 第58页 |
| 4.2.2.2 Southern blot结果与分析 | 第58-59页 |
| 4.2.3 减毒突变株的失活基因鉴定 | 第59-60页 |
| 4.2.4 减毒突变株的失活基因序列及功能分析 | 第60-65页 |
| 4.2.5 LD50测定 | 第65-66页 |
| 4.3 讨论 | 第66-68页 |
| 第五章 鸭疫里默氏杆菌AS87_04050基因功能研究 | 第68-86页 |
| 5.1 材料与方法 | 第68-75页 |
| 5.1.1 材料 | 第68-70页 |
| 5.1.1.1 菌株、质粒、细胞及实验动物 | 第68页 |
| 5.1.1.2 培养基与缓冲液配制 | 第68-69页 |
| 5.1.1.3 抗生素及使用浓度 | 第69页 |
| 5.1.1.4 主要试剂 | 第69页 |
| 5.1.1.5 器材与仪器 | 第69页 |
| 5.1.1.6 引物 | 第69-70页 |
| 5.1.2 血清凝集阴性突变株的筛选 | 第70页 |
| 5.1.3 转座子插入位点鉴定 | 第70页 |
| 5.1.3.1 转座子插入次数检测 | 第70页 |
| 5.1.3.2 插入位点基因鉴定 | 第70页 |
| 5.1.4 转座子插入位点上下游基因转录水平检测 | 第70-72页 |
| 5.1.4.1 Trizol法提取总RNA | 第70-71页 |
| 5.1.4.2 反转录成cDNA | 第71页 |
| 5.1.4.3 实时荧光定量PCR | 第71-72页 |
| 5.1.5 回复株构建 | 第72页 |
| 5.1.5.1 感受态细胞的制备 | 第72页 |
| 5.1.5.2 回复质粒的构建 | 第72页 |
| 5.1.5.3 构建回复株 | 第72页 |
| 5.1.6 生长曲线测定 | 第72页 |
| 5.1.7 细菌表型特征鉴定 | 第72-73页 |
| 5.1.7.1 自凝能力测定 | 第72-73页 |
| 5.1.7.2 结晶紫染色 | 第73页 |
| 5.1.8 LPS的提取纯化及鉴定 | 第73页 |
| 5.1.8.1 LPS的提取纯化 | 第73页 |
| 5.1.8.2 SDS-PAGE | 第73页 |
| 5.1.8.3 银染 | 第73页 |
| 5.1.9 抵抗力测定 | 第73-74页 |
| 5.1.10黏附入侵实验 | 第74页 |
| 5.1.11 LD50测定 | 第74页 |
| 5.1.12血液载菌量测定 | 第74-75页 |
| 5.2 结果 | 第75-83页 |
| 5.2.1 突变株的筛选鉴定 | 第75-76页 |
| 5.2.2 转座子插入位点上下游基因转录水平 | 第76页 |
| 5.2.3 回复株的构建 | 第76-77页 |
| 5.2.4 突变株生长曲线及表型特征 | 第77-78页 |
| 5.2.5 LPS的特性 | 第78-79页 |
| 5.2.6 突变株的抵抗力测定 | 第79-81页 |
| 5.2.7 细菌黏附入侵结果 | 第81-82页 |
| 5.2.8 致病性测定 | 第82-83页 |
| 5.3 讨论 | 第83-86页 |
| 第六章 全文结论 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 作者简历 | 第99页 |
