| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-25页 |
| 1.1 桑花叶型萎缩病概述及研究进展 | 第15-17页 |
| 1.1.1 桑树萎缩病 | 第15页 |
| 1.1.2 桑萎缩病病原的研究 | 第15-16页 |
| 1.1.3 花叶型萎缩病病原研究进展 | 第16-17页 |
| 1.2 双生病毒的概述及研究进展 | 第17-20页 |
| 1.2.1 双生病毒的分类及基因组结构 | 第17-19页 |
| 1.2.2 双生病毒的命名 | 第19-20页 |
| 1.2.3 双生病毒寄主范围的扩大 | 第20页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第20-23页 |
| 1.3.1 高通量测序 | 第20-21页 |
| 1.3.2 高通量测序技术在病毒检测领域的应用 | 第21-22页 |
| 1.3.3 Small RNA测序 | 第22-23页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第23-24页 |
| 1.5 技术路线 | 第24-25页 |
| 第二章花叶型萎缩病桑树样品中病原物的检测及验证 | 第25-36页 |
| 2.1 材料 | 第25页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第25页 |
| 2.1.2 试剂及溶液配制 | 第25页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-29页 |
| 2.2.1 改良的CTAB法提取总DNA | 第25-26页 |
| 2.2.2 改良TRIzol法提取桑树植物组织总RNA | 第26页 |
| 2.2.3 Small RNA测序 | 第26页 |
| 2.2.4 原始数据处理 | 第26-27页 |
| 2.2.5 Small RNA比对、拼接和注释 | 第27页 |
| 2.2.6（RT）-PCR检测、克隆及测序 | 第27-29页 |
| 2.3 结果 | 第29-34页 |
| 2.3.1 提取的总RNA的质量 | 第29-30页 |
| 2.3.2 Small RNA测序数据 | 第30页 |
| 2.3.3 Contigs的比对结果 | 第30-32页 |
| 2.3.4 候选病原物的确定及PCR验证 | 第32-34页 |
| 2.4 讨论 | 第34-36页 |
| 第三章候选病原物与花叶型萎缩病发生的相关关系研究 | 第36-46页 |
| 3.1 实验材料 | 第36-37页 |
| 3.1.1 样品采集 | 第36页 |
| 3.1.2 试剂及溶液配制 | 第36-37页 |
| 3.2 实验方法 | 第37-41页 |
| 3.2.1 小分子环状RNA检测探针的制备 | 第37-38页 |
| 3.2.2 桑树双生病毒检测探针制备-PCR法 | 第38-39页 |
| 3.2.3 Northern杂交操作步骤 | 第39-40页 |
| 3.2.4 Southern杂交操作步骤 | 第40-41页 |
| 3.3 结果 | 第41-45页 |
| 3.3.1 小分子环状RNA的检出率 | 第41页 |
| 3.3.2 线虫传多面体病毒的检出率 | 第41-42页 |
| 3.3.3 双生病毒的检出率 | 第42-43页 |
| 3.3.4 三种病原物与花叶型萎缩病害发生的相关关系 | 第43-45页 |
| 3.4 讨论 | 第45-46页 |
| 第四章双生病毒全长序列克隆及基因组结构分析 | 第46-62页 |
| 4.1 材料 | 第46页 |
| 4.1.1 样品准备 | 第46页 |
| 4.1.2 试剂及溶液配制 | 第46页 |
| 4.1.3 主要仪器 | 第46页 |
| 4.2 实验方法 | 第46-48页 |
| 4.2.1 桑树植物组织总DNA的提取 | 第46页 |
| 4.2.2 PCR扩增、克隆MMDaV基因组全长序列和测序 | 第46-47页 |
| 4.2.3 滚环扩增（Rolling circle amplification, RCA）： | 第47页 |
| 4.2.4 Southern blot杂交 | 第47页 |
| 4.2.5 RT-PCR鉴定内含子的序列 | 第47-48页 |
| 4.3 结果 | 第48-61页 |
| 4.3.1 双生病毒基因组全长的克隆 | 第48-51页 |
| 4.3.2 基因组结构分析及编码蛋白质的预测 | 第51-55页 |
| 4.3.3 内含子的预测及RT-PCR验证 | 第55-57页 |
| 4.3.4 系统发育分析 | 第57-61页 |
| 4.4 讨论 | 第61-62页 |
| 第五章双生病毒致病性的鉴定 | 第62-67页 |
| 5.1 材料 | 第62页 |
| 5.1.1 接种植物 | 第62页 |
| 5.1.2 菌株和载体 | 第62页 |
| 5.1.3 主要仪器 | 第62页 |
| 5.2 实验方法 | 第62-64页 |
| 5.2.1 桑树双生病毒侵染性克隆的构建 | 第62-63页 |
| 5.2.2 酶切鉴定 | 第63页 |
| 5.2.3 载体的去磷酸化 | 第63-64页 |
| 5.2.4 农杆菌感受态的制备 | 第64页 |
| 5.2.5 重组质粒电击转化农杆菌 | 第64页 |
| 5.3 结果 | 第64-67页 |
| 5.3.1 两端含有SacI和Hind III酶切位点的全长序列扩增 | 第64-65页 |
| 5.3.2 一个单位全长（SacI & Hind III）克隆至中间载体 | 第65页 |
| 5.3.3 一个单位全长（SacI & Hind III）克隆至植物表达载体pCAMBIA1305.1 | 第65-66页 |
| 5.3.4 另一个单位全长（Sac I & Sac I）克隆至植物表达载体 p CAMBIA-1.0 U | 第66页 |
| 5.3.5 农杆菌介导接种 | 第66-67页 |
| 第六章全文结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-74页 |
| 附录 | 第74-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 作者简历 | 第83页 |
