| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 引言 | 第9-19页 |
| 1.1 DNA测序技术研究发展 | 第9-14页 |
| 1.2 基因组学发展 | 第14-15页 |
| 1.3 基因组组装算法 | 第15-18页 |
| 1.4 组装软件介绍 | 第18-19页 |
| 第二章 材料与方法 | 第19-28页 |
| 2.1 实验材料 | 第19页 |
| 2.2 实验方法 | 第19-23页 |
| 2.2.1 DNA提取 | 第19-20页 |
| 2.2.2 Illumina测序平台文库构建及测序 | 第20-21页 |
| 2.2.3 PacBio测序平台文库构建及测序 | 第21-23页 |
| 2.3 数据过滤处理方法 | 第23-24页 |
| 2.4 测序数据组装方法 | 第24-27页 |
| 2.4.1 Illumina数据组装方法 | 第24页 |
| 2.4.2 PacBio数据组装方法 | 第24-25页 |
| 2.4.3 Illumina和Pac Bio两种数据混合组装方法 | 第25-27页 |
| 2.5 组装结果评估方法 | 第27-28页 |
| 第三章 结果与分析 | 第28-42页 |
| 3.1 实验结果 | 第28-30页 |
| 3.1.1 DNA提取结果 | 第28-29页 |
| 3.1.2 Illumina文库构建结果 | 第29-30页 |
| 3.1.3 PacBio文库构建结果 | 第30页 |
| 3.2 数据质控结果 | 第30-31页 |
| 3.2.1 Illumina数据质控结果 | 第30-31页 |
| 3.2.2 PacBio数据结果 | 第31页 |
| 3.3 数据信息分析结果 | 第31-42页 |
| 3.3.1 三种策略使用不同软件组装结果分析 | 第31-36页 |
| 3.3.1.1 Illumina数据使用不同软件组装结果 | 第31-32页 |
| 3.3.1.2 PacBio数据使用不同软件组装结果 | 第32-34页 |
| 3.3.1.3 Illumina和Pac Bio数据使用不同软件混合组装结果 | 第34页 |
| 3.3.1.4 三种策略组装后覆盖度和相似度比较 | 第34-35页 |
| 3.3.1.5 三种策略组装后共线性比较 | 第35-36页 |
| 3.3.2 不同乘数的Illumina和PacBio数据混合组装结果分析 | 第36-42页 |
| 3.3.2.1 不同乘数的Illumina和PacBio数据混合组装结果比较 | 第36-39页 |
| 3.3.2.2 不同乘数的Illumina和PacBio数据混合组装后覆盖度和相似度比较 | 第39-40页 |
| 3.3.2.3 不同乘数的Illumina和PacBio数据混合组装后共线性比较 | 第40-42页 |
| 第四章 结论与讨论 | 第42-44页 |
| 参考文献 | 第44-47页 |
| 附录A 补充图表 | 第47-52页 |
| 致谢 | 第52-53页 |
| 附件 | 第53页 |
