| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第一章 绪论 | 第9-14页 |
| 1.1 论文背景和意义 | 第9页 |
| 1.2 国内外相关研究 | 第9-12页 |
| 1.2.1 基于规则的方法 | 第10页 |
| 1.2.2 基于词典的方法 | 第10-11页 |
| 1.2.3 基于机器学习的方法 | 第11-12页 |
| 1.3 本文研究内容及构成 | 第12-14页 |
| 第二章 基于CRFs识别基因/蛋白质 | 第14-32页 |
| 2.1 系统流程 | 第14-15页 |
| 2.2 条件随机域(CRFs)算法 | 第15-17页 |
| 2.2.1 无向图结构 | 第15页 |
| 2.2.2 线性链式条件随机域模型 | 第15-16页 |
| 2.2.3 参数估计 | 第16-17页 |
| 2.3 CRFs算法特征集的构建 | 第17-32页 |
| 2.3.1 单词特征 | 第17-18页 |
| 2.3.2 词性特征 | 第18-19页 |
| 2.3.3 停用词特征 | 第19-20页 |
| 2.3.4 关键词特征 | 第20-22页 |
| 2.3.5 一元词特征 | 第22页 |
| 2.3.6 嵌套词特征 | 第22-23页 |
| 2.3.7 词缀特征 | 第23-26页 |
| 2.3.8 词形特征 | 第26-28页 |
| 2.3.9 边界词特征 | 第28-30页 |
| 2.3.10 通用词特征 | 第30-32页 |
| 第三章 基于词典和CRFs相结合方法识别基因/蛋白质 | 第32-40页 |
| 3.1 系统流程 | 第32-33页 |
| 3.2 词典和词典特征的构建 | 第33-36页 |
| 3.2.1 词典的构建 | 第34-35页 |
| 3.2.2 词典特征的构建 | 第35-36页 |
| 3.3 基因/蛋白质标记方法 | 第36-37页 |
| 3.4 CRFs算法特征模板的构建 | 第37-38页 |
| 3.5 CRFs算法实现 | 第38-40页 |
| 第四章 构建基因/蛋白质相互作用数据库 | 第40-44页 |
| 4.1 系统流程 | 第40-41页 |
| 4.2 实验语料 | 第41-42页 |
| 4.3 基因/蛋白质相互作用关系 | 第42页 |
| 4.4 数据预处理 | 第42-44页 |
| 第五章 实验结果和分析 | 第44-51页 |
| 5.1 实验数据 | 第44-45页 |
| 5.2 测评标准 | 第45-46页 |
| 5.3 实验设计与实验结果分析 | 第46-51页 |
| 5.3.1 各特征对基因/蛋白质识别结果的影响 | 第46-47页 |
| 5.3.2 基于CRFs的基因/蛋白质名称的识别 | 第47-48页 |
| 5.3.3 基于词典和CRFs的基因/蛋白质名称的识别 | 第48页 |
| 5.3.4 与相关研究结果的比较 | 第48-49页 |
| 5.3.5 基因/蛋白质相互作用数据库 | 第49-51页 |
| 第六章 总结与展望 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-55页 |
| 附录A Penn Treebank词性标记集 | 第55-56页 |
| 附录B 特征模板 | 第56-61页 |
| 在学期间的研究成果 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62页 |