| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 朊蛋白错误折叠与聚集的分子动力学模拟研究进展 | 第13-35页 |
| 1.1 蛋白质的错误折叠和淀粉样沉淀 | 第13-15页 |
| 1.2 朊蛋白和朊病 | 第15-21页 |
| 1.2.1 朊病研究的历史 | 第15-16页 |
| 1.2.2 “Protein Only”假说 | 第16-17页 |
| 1.2.3 PrP~C的结构特征 | 第17-18页 |
| 1.2.4 PrP~(Sc)的结构 | 第18页 |
| 1.2.5 朊蛋白的构象转变模型 | 第18-19页 |
| 1.2.6 影响朊蛋白错误折叠和聚集的关键序列 | 第19-21页 |
| 1.3 分子模拟方法在朊蛋白研究中的应用 | 第21-26页 |
| 1.3.1 关键氨基酸突变对朊蛋白球状域的影响 | 第21-23页 |
| 1.3.2 朊蛋白球状域的聚集机制研究 | 第23-24页 |
| 1.3.3 朊蛋白关键序列的分子动力学模拟研究 | 第24页 |
| 1.3.4 多肽折叠和聚集研究中常用的模拟方法 | 第24-26页 |
| 1.4 分子动力学模拟 | 第26-33页 |
| 1.4.1 分子动力学模拟的发展历史 | 第26-27页 |
| 1.4.2 力场 | 第27-28页 |
| 1.4.3 溶剂模型 | 第28-29页 |
| 1.4.4 分子动力学 | 第29-30页 |
| 1.4.5 分子动力学模拟的一般步骤 | 第30-31页 |
| 1.4.6 副本交换动力学模拟 | 第31-33页 |
| 1.5 本论文的选题思路和研究内容 | 第33-35页 |
| 第二章 基于分子动力学模拟研究Cys179-Cys214二硫键对朊蛋白结构和稳定性的影响 | 第35-47页 |
| 2.1 研究背景 | 第35页 |
| 2.2 研究体系和方法 | 第35-38页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第38-45页 |
| 2.3.1 朊蛋白的野生型、还原型和丙氨酸突变型的整体稳定性 | 第38-40页 |
| 2.3.2 二硫键的断裂对朊蛋白二级结构的影响 | 第40-42页 |
| 2.3.3 二硫键的断裂对朊蛋白局部结构的影响 | 第42-45页 |
| 2.4 结论 | 第45-47页 |
| 第三章 基于常规分子动力学模拟和副本交换分子动力学模拟研究PrP106-126的结构多样性和聚集机制 | 第47-62页 |
| 3.1 研究背景 | 第47-48页 |
| 3.2 研究的体系和方法 | 第48-49页 |
| 3.2.1 体系设置 | 第48页 |
| 3.2.2 模拟设置 | 第48-49页 |
| 3.2.3 分析方法 | 第49页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第49-61页 |
| 3.3.1 PrP106-126单体的REMD模拟 | 第49-53页 |
| 3.3.2 二聚体形成的副本交换的分子动力学模拟 | 第53-56页 |
| 3.3.3 基于常规分子动力学模拟研究低聚体的形成过程 | 第56-61页 |
| 3.4 结论 | 第61-62页 |
| 第四章 基于副本交换的分子动力学模拟研究致病性突变A117V和保护性突变H111S对PrP106-126折叠和聚集的影响 | 第62-75页 |
| 4.1 研究背景 | 第62页 |
| 4.2 研究体系和方法 | 第62-63页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第63-74页 |
| 4.3.1 REMD模拟的收敛 | 第63-65页 |
| 4.3.2 二级结构的变化 | 第65-67页 |
| 4.3.3 PrP106-126及其突变体的自由能面 | 第67页 |
| 4.3.4 PrP106-126及其突变体的构象空间 | 第67-70页 |
| 4.3.5 PrP106-126及其突变体中的链内相互作用 | 第70-74页 |
| 4.4 结论 | 第74-75页 |
| 第五章 基于副本交换的分子动力学模拟研究A117V突变对朊蛋白回文序列折叠和聚集的影响 | 第75-87页 |
| 5.1 研究背景 | 第75-76页 |
| 5.2 研究的体系和方法 | 第76-77页 |
| 5.2.1 模拟设置 | 第76页 |
| 5.2.2 分析方法 | 第76-77页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第77-86页 |
| 5.3.1 PrP113-120的野生型和A117V突变型单体的结构特征 | 第77-79页 |
| 5.3.2 PrP113-120的野生型和A117V突变型的构象空间特征 | 第79-81页 |
| 5.3.3 两条多肽体系中PrP113-120及其突变体的二级结构 | 第81页 |
| 5.3.4 两条多肽体系中PrP113-120及其突变体的链间相互作用 | 第81-83页 |
| 5.3.5 四条多肽体系中PrP113-120及其突变体的聚集行为 | 第83-84页 |
| 5.3.6 四条多肽体系中PrP113-120及其突变体的二级结构 | 第84-85页 |
| 5.3.7 四条多肽体系中PrP113-120及其突变体的链间相互作用 | 第85-86页 |
| 5.4 结论 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-106页 |
| 在学期间发表的论文目录 | 第106-107页 |
| 致谢 | 第107-108页 |
