| 缩略词表 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-11页 |
| Abstract | 第11-16页 |
| 前言 | 第16-17页 |
| 第一章 采用高通量测序技术分析病毒基因组末端序列特点 | 第17-52页 |
| ·前言 | 第17-22页 |
| ·病毒和噬菌体简介 | 第17页 |
| ·病毒和噬菌体的组装 | 第17-19页 |
| ·病毒和噬菌体基因组末端类型 | 第19页 |
| ·病毒和噬菌体基因组 DNA 与蛋白组装 | 第19-20页 |
| ·本研究内容 | 第20-22页 |
| ·材料与方法 | 第22-29页 |
| ·实验材料 | 第22-24页 |
| ·实验方法 | 第24-29页 |
| ·结果 | 第29-48页 |
| ·高通量测序中的高频序列即是病毒基因组的末端序列 | 第29-31页 |
| ·噬菌体 T3 基因组重测序 | 第31-32页 |
| ·N4 类噬菌体具有独特的基因组末端 | 第32-34页 |
| ·T4 类噬菌体末端酶以序列倾向性的方式对基因组进行切割 | 第34-40页 |
| ·利用 NGS 获得的噬菌体基因组末端特征 | 第40-48页 |
| ·讨论 | 第48-52页 |
| 第二章 虹彩病毒 AMIV 的分离、鉴定及全基因组测序 | 第52-66页 |
| ·引言 | 第52-53页 |
| ·材料和方法 | 第53-55页 |
| ·微小按蚊的收集、分类和冻存 | 第53页 |
| ·病毒 AMIV 分离 | 第53页 |
| ·病毒 AMIV 扩大培养、病理过程观察 | 第53-54页 |
| ·透射电子显微镜观察 AMIV 病毒颗粒形态 | 第54页 |
| ·病毒 AMIV 核酸提取 | 第54-55页 |
| ·高通量测序和生物信息学分析 | 第55页 |
| ·结果 | 第55-65页 |
| ·病毒 AMIV 的 shotgun 测序与 matepair 测序 | 第55-56页 |
| ·AMIV 的全基因组组装 | 第56页 |
| ·病毒 AMIV 同源性分析 | 第56-57页 |
| ·病毒 AMIV 全基因组图谱与比较基因组分析 | 第57-58页 |
| ·病毒 AMIV 形态的电镜观察 | 第58-59页 |
| ·病毒 AMIV 进化分析 | 第59-60页 |
| ·病毒 AMIV 致细胞病变 | 第60-61页 |
| ·病毒 AMIV 存在末端冗余序列（TR） | 第61-62页 |
| ·病毒 AMIV 基因组重复序列分析 | 第62-63页 |
| ·病毒 AMIV 快速复制机制假设 | 第63-65页 |
| ·讨论 | 第65-66页 |
| 第三章 通过全基因组分析及基于序列的 MLVA 分型对炭疽疫情进行溯源 | 第66-78页 |
| ·引言 | 第66-67页 |
| ·材料和方法 | 第67-70页 |
| ·菌株来源和培养 | 第67页 |
| ·炭疽杆菌基因组提取 | 第67-69页 |
| ·炭疽杆菌全基因组 Ion Torrent 测序 | 第69页 |
| ·炭疽杆菌全基因组组装和基因功能注释 | 第69页 |
| ·炭疽杆菌比较基因组分析、SNPs 和 indels 探测及进化分析 | 第69-70页 |
| ·结果 | 第70-77页 |
| ·辽宁江苏 2012 年爆发炭疽的基本情况 | 第70页 |
| ·毒株 Han 和疫苗株 Vaccine 的全基因组测序，组装和功能注释 | 第70-72页 |
| ·Canonical SNP 分析 | 第72-73页 |
| ·利用传统的 MLVA 和基于序列的 MLVA 对炭疽杆菌进行溯源 | 第73-77页 |
| ·讨论 | 第77-78页 |
| 第四章 利用Mate-pair测序对摩氏摩根菌中国分离株进行De novo组装及其病原相关基因分析 | 第78-92页 |
| ·引言 | 第78页 |
| ·材料和方法 | 第78-80页 |
| ·摩氏摩根菌来源及其基因组提取 | 第78-79页 |
| ·摩氏摩根菌全基因组 shotgun 测序与 mate-pair 测序 | 第79页 |
| ·摩氏摩根菌全基因组 De novo 组装及其病原相关基因注释 | 第79-80页 |
| ·结果 | 第80-91页 |
| ·摩氏摩根菌 shotgun 测序 | 第80-81页 |
| ·摩氏摩根菌 mate-pair 测序 | 第81-82页 |
| ·摩氏摩根菌全基因组 DE Novo 组装 | 第82-83页 |
| ·摩氏摩根菌全基因组信息 | 第83-87页 |
| ·摩氏摩根菌 Mm 功能注释 | 第87-88页 |
| ·摩氏摩根菌全基因组病原相关基因预测 | 第88-91页 |
| ·讨论 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-96页 |
| 附录 | 第96-100页 |
| 文献综述 | 第100-105页 |
| 参考文献 | 第103-105页 |
| 个人简介 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106页 |
