| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 縮略语表 | 第8-9页 |
| 1 引言 | 第9-16页 |
| ·3C技术：三维基因组的研究起点 | 第11-12页 |
| ·3C技术的早期衍生版本：4C技术、5C技术等 | 第12-13页 |
| ·HiC技术及其衍生技术：高通量时代 | 第13-14页 |
| ·ChIA-PET：3C技术与ChIP-seq技术的融合 | 第14-15页 |
| ·研究目标和意义 | 第15-16页 |
| 2 HiC及其衍生技术的数据分析和噪声评估 | 第16-28页 |
| ·数据来源和计算方法 | 第16-19页 |
| ·原始测序数据的处理方法 | 第17页 |
| ·序列比对信息的筛选流程 | 第17-18页 |
| ·HiC衍生技术系统偏好的评估方法 | 第18-19页 |
| ·4C-seq数据筛选结果统计 | 第19-21页 |
| ·4C-seq技术的实验可重复性 | 第21-22页 |
| ·4C-seq技术的噪声分析 | 第22-28页 |
| ·4C-seq技术系统偏好的因素 | 第22-24页 |
| ·4C-seq技术系统偏好的评估 | 第24-28页 |
| 3 改进的基因组三维结构建模方法 | 第28-36页 |
| ·基于约束数学优化的基因组三维结构建模 | 第28-30页 |
| ·数据来源和计算方法 | 第30-32页 |
| ·基因组的数学表示 | 第30-31页 |
| ·全基因组交互频率信息的归一化 | 第31页 |
| ·基于约束的数学优化策略的实现 | 第31-32页 |
| ·改进的基因组三维结构建模方法 | 第32-34页 |
| ·改进的基因组三维结构建模方法的评价 | 第34-36页 |
| 4 基于HiC及其衍生技术的基因调控研究 | 第36-42页 |
| ·数据来源和计算方法 | 第36-38页 |
| ·基因共表达能力的表征 | 第37页 |
| ·代谢通路中各基因间平均交互频率的计算方法 | 第37-38页 |
| ·基因共表达能力与染色质交互间的关系 | 第38-39页 |
| ·基因的功能相关性与染色质交互间的关系 | 第39-42页 |
| ·各代谢通路中基因间的平均交互频率 | 第39-41页 |
| ·基因参与的代谢通路的数量与基因交互频率的关系 | 第41-42页 |
| 5 总结论 | 第42-43页 |
| 6 展望 | 第43-45页 |
| 参考文献 | 第45-53页 |
| 发表论文 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54页 |