药物分子对接优化模型与算法研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 1 绪论 | 第11-25页 |
| ·药物研发概况 | 第11-12页 |
| ·药物发现与药物分子设计 | 第12-16页 |
| ·计算机辅助药物分子设计 | 第16-22页 |
| ·定量构效关系 | 第17-18页 |
| ·药效团模型方法 | 第18页 |
| ·分子对接方法 | 第18-22页 |
| ·本文主要研究内容和工作 | 第22-23页 |
| ·小结 | 第23-25页 |
| 2 分子对接方法 | 第25-48页 |
| ·概述 | 第25页 |
| ·分子对接的基本原理 | 第25-30页 |
| ·受体—配体结合的热力学过程 | 第25-27页 |
| ·理论基础 | 第27-30页 |
| ·分子对接优化模型 | 第30-44页 |
| ·分子柔性 | 第30-39页 |
| ·评价函数 | 第39-44页 |
| ·分子对接构象搜索方法 | 第44-47页 |
| ·系统方法 | 第45页 |
| ·随机方法 | 第45-46页 |
| ·模拟方法 | 第46-47页 |
| ·小结 | 第47-48页 |
| 3 基于演化设计的分子对接优化算法 | 第48-69页 |
| ·遗传算法概述 | 第49-53页 |
| ·编码方案 | 第50页 |
| ·初始种群的确定 | 第50-51页 |
| ·适应值度量 | 第51页 |
| ·遗传算子设计 | 第51-52页 |
| ·算法终止条件设定 | 第52-53页 |
| ·基于信息熵的多种群遗传算法 | 第53-56页 |
| ·信息熵 | 第53-54页 |
| ·空间收缩因子 | 第54-55页 |
| ·算法描述 | 第55-56页 |
| ·基于信息熵的实数自适应遗传算法 | 第56-57页 |
| ·实数编码 | 第56页 |
| ·参数自适应策略 | 第56-57页 |
| ·基于物种动态模型的加速进化遗传算法 | 第57-62页 |
| ·物种动态模型 | 第57-59页 |
| ·基于物种动态模型的加速进化遗传算法 | 第59-60页 |
| ·主要策略 | 第60-61页 |
| ·算法流程 | 第61-62页 |
| ·算法测试 | 第62-68页 |
| ·数值算例 | 第62-66页 |
| ·分子对接实例 | 第66-68页 |
| ·小结 | 第68-69页 |
| 4 柔性—刚性分子对接优化设计及程序实现 | 第69-88页 |
| ·柔性—刚性分子对接优化模型 | 第69-72页 |
| ·基本模型 | 第69-70页 |
| ·优化模型转化 | 第70-72页 |
| ·柔性—刚性分子对接程序设计及实现 | 第72-87页 |
| ·优化算法 | 第72-74页 |
| ·程序流程 | 第74-75页 |
| ·结果与讨论 | 第75-87页 |
| ·小结 | 第87-88页 |
| 5 柔性—柔性分子对接优化设计及程序实现 | 第88-111页 |
| ·受体分子柔性的模拟 | 第88-89页 |
| ·基于残基基团的柔性—柔性对接优化设计 | 第89-103页 |
| ·残基基团与聚类分析 | 第89-90页 |
| ·基于残基基团的柔性—柔性对接优化模型 | 第90-91页 |
| ·基于残基基团的柔性—柔性对接程序的设计与实现 | 第91-94页 |
| ·结果与讨论 | 第94-103页 |
| ·基于关键残基的柔性—柔性对接优化设计 | 第103-110页 |
| ·氨基酸结构及关键残基的确定 | 第104页 |
| ·基于关键残基的柔性—柔性对接优化模型 | 第104-105页 |
| ·基于关键残基的柔性—柔性对接程序设计与实现 | 第105-106页 |
| ·结果与讨论 | 第106-110页 |
| ·小结 | 第110-111页 |
| 6 分级分子对接优化设计及程序实现 | 第111-123页 |
| ·分级对接优化模型 | 第111-113页 |
| ·刚性—柔性级 | 第111-112页 |
| ·柔性—刚性级 | 第112-113页 |
| ·分级对接程序设计与实现 | 第113-114页 |
| ·结果与讨论 | 第114-122页 |
| ·晶体复合物结构复原 | 第114-116页 |
| ·测试集结果及讨论 | 第116-122页 |
| ·小结 | 第122-123页 |
| 结论 | 第123-125页 |
| 参考文献 | 第125-140页 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文情况 | 第140-141页 |
| 创新点摘要 | 第141-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
