| 内容提要 | 第1-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-14页 |
| ·计算机辅助药物设计的概念 | 第7-8页 |
| ·计算机辅助设计在分子模拟中的应用 | 第8-11页 |
| ·研究受体与配体相互作用的主要方法 | 第11-13页 |
| ·分子对接 | 第11-12页 |
| ·分子动力学 | 第12-13页 |
| ·MMP抑制剂研究的意义 | 第13页 |
| ·论文主要研究内容 | 第13-14页 |
| 第二章 分子对接方法 | 第14-27页 |
| ·分子对接的理论基础与机制 | 第14-19页 |
| ·配体－受体识别过程的相互作用力 | 第15-17页 |
| ·配体－受体相互作用的热力学过程 | 第17-18页 |
| ·配体－受体识别作用中的立体化学因素 | 第18-19页 |
| ·分子对接中的算法 | 第19-27页 |
| ·构象搜索算法 | 第19-22页 |
| ·构象打分函数 | 第22-23页 |
| ·分子对接方法的分类 | 第23-27页 |
| 第三章 分子动力学模拟 | 第27-43页 |
| ·分子力场 | 第27-32页 |
| ·分子力场的组成和定义 | 第27-29页 |
| ·能量表示 | 第29页 |
| ·力场参数化 | 第29-32页 |
| ·分子力学 | 第32-35页 |
| ·优化的概念 | 第33页 |
| ·优化算法 | 第33-34页 |
| ·优化中要注意的几点 | 第34-35页 |
| ·分子动力学 | 第35-43页 |
| ·基本原理 | 第35-37页 |
| ·分子动力学模拟的优点和局限性 | 第37页 |
| ·分子动力学软件GROMACS的介绍 | 第37-39页 |
| ·初始化 | 第39-43页 |
| 第四章 基质金属蛋白酶及其抑制剂的研究进展 | 第43-57页 |
| ·基质金属蛋白酶(MMPs)的概述 | 第43-46页 |
| ·基质金属蛋白酶的生物学功能 | 第43-46页 |
| ·基质金属蛋白酶的生理功能 | 第43页 |
| ·基质金属蛋白酶的病理功能 | 第43-46页 |
| ·基质金属蛋白酶的结构和分类 | 第46-50页 |
| ·基质金属蛋白酶的分类 | 第46-48页 |
| ·基质金属蛋白酶的结构特征 | 第48-50页 |
| ·基质金属蛋白酶的调控 | 第50-54页 |
| ·基质金属蛋白酶的生理调控 | 第51-52页 |
| ·基质金属蛋白酶的激活 | 第52-54页 |
| ·基质金属蛋白酶抑制剂(MMPIs)的研究进展 | 第54-57页 |
| 第五章 分子模拟方法研究MMPs与抑制剂的相互作用 | 第57-85页 |
| ·概述 | 第57-58页 |
| ·模型与计算方法 | 第58-60页 |
| ·模型搭建与优化 | 第58页 |
| ·分子对接 | 第58-59页 |
| ·分子动力学模拟 | 第59-60页 |
| ·轨迹分析 | 第60页 |
| ·结果与讨论 | 第60-85页 |
| 参考文献 | 第85-97页 |
| 摘要 | 第97-99页 |
| Abstract | 第99-101页 |
| 致谢 | 第101页 |