| 中文摘要 | 第1-4页 |
| 英文摘要 | 第4-9页 |
| 第一章 综述部分:蛋白质组学与癌症 | 第9-30页 |
| 摘要 | 第9页 |
| 关键词 | 第9页 |
| ·癌症的特性 | 第9-10页 |
| ·蛋白质组学与癌症 | 第10页 |
| ·癌症蛋白质组学的研究技术 | 第10-24页 |
| ·蛋白质组学分离技术 | 第11-14页 |
| ·双向凝胶电泳 | 第11-13页 |
| ·色谱和多维液相色谱 | 第13-14页 |
| ·蛋白质组学鉴定技术 | 第14-17页 |
| ·电喷雾电离质谱 | 第15页 |
| ·基质辅助激光解析电离质谱 | 第15-16页 |
| ·串联质谱 | 第16页 |
| ·质谱技术新进展 | 第16-17页 |
| ·蛋白质组学定量技术 | 第17-23页 |
| ·基于双向凝胶电泳及其染色的蛋白质组学定量技术 | 第17页 |
| ·基于质谱的蛋白质组学定量技术 | 第17-23页 |
| ·基于质谱的标记定量技术 | 第18-22页 |
| ·基于质谱的非标记定量技术 | 第22-23页 |
| ·蛋白质组生物信息学 | 第23-24页 |
| ·原发性肝癌 | 第24-28页 |
| ·肝癌研究的动物模型 | 第25-26页 |
| ·肝癌现有的临床肿瘤标志物 | 第26-28页 |
| ·甲胎蛋白（alpha fetoprotein，AFP） | 第27页 |
| ·甲胎蛋白亚型（variants of AFP） | 第27-28页 |
| ·小结 | 第28页 |
| ·展望 | 第28-30页 |
| 第二章 转基因小鼠肝组织样品的非标记定量分析 | 第30-61页 |
| 摘要 | 第30页 |
| 关键词 | 第30页 |
| ·引言 | 第30-32页 |
| ·材料和方法 | 第32-36页 |
| ·试剂和仪器 | 第32-33页 |
| ·实验样本 | 第33页 |
| ·WHV/c-myc 转基因小鼠和正常 C57 小鼠肝组织样品制备 | 第33页 |
| ·小鼠肝组织样品的验证 | 第33-34页 |
| ·免疫印迹 | 第34页 |
| ·溶液内酶解 | 第34-35页 |
| ·二维液相色谱串联质谱分析 | 第35页 |
| ·数据库搜索和数据处理 | 第35页 |
| ·数据分析 | 第35-36页 |
| ·实验流程图 | 第36页 |
| ·结果 | 第36-50页 |
| ·小鼠肝组织样品验证 | 第36-40页 |
| ·同一样品不同实验的相关性分析 | 第40-41页 |
| ·用基于二维液相色谱串联质谱的非标记定量技术分析转基因小鼠和正常对照小鼠肝组织蛋白质组 | 第41-44页 |
| ·对323 种有统计学意义的差异蛋白质组数据集的系统聚类分析 | 第44-45页 |
| ·对进一步筛选得到的281 种差异蛋白质分子功能归类分析 | 第45-47页 |
| ·对139 种肽段数5 以上或不同肽段数2 以上的差异蛋白质的主成分分析 | 第47-48页 |
| ·对两组实验中鉴定到的蛋白质的pathway 分析并绘制自组织图 | 第48-50页 |
| ·讨论 | 第50-60页 |
| ·WHV/c-myc 转基因肝癌小鼠模型是研究肝癌发生早期分子事件和筛选潜在肝癌早期检测标志物的良好动物模型 | 第50-51页 |
| ·基于二维液相色谱串联质谱的非标记定量技术和统计学分析相结合是一种十分有效的定量蛋白质组学分析手段 | 第51-52页 |
| ·应用系统聚类分析、主成分分析、自组织图等生物信息学分析手段可以有效实现对蛋白质组学数据进行整体性分析 | 第52-54页 |
| ·差异表达蛋白质与小鼠肝癌发生早期分子事件关系密切 | 第54-60页 |
| ·小结 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-73页 |
| 附表1. 37 种有统计学差异且仅在三次转基因小鼠肝组织实验中鉴定到的蛋白质信息 | 第73-75页 |
| 附表2. 99 种有统计学差异且在转基因小鼠肝组织中高表达1.5 倍以上的蛋白质信息 | 第75-79页 |
| 附表3. 24 种有统计学差异且仅在三次正常对照小鼠组织实验中鉴定到的蛋白质信息 | 第79-80页 |
| 附表4. 121 种有统计学差异且在正常对照小鼠肝组织中高表达1.5 倍以上的蛋白质信息 | 第80-84页 |
| 附表5. 42 种有统计学差异且在转基因和正常对照小鼠肝组织之间表达变化1.5倍以内的蛋白质信息 | 第84-86页 |
| 附表6. 进一步筛选得到的281 种差异表达蛋白质的分子功能注释分布 | 第86-87页 |
| 附表7. 在转基因小鼠和正常对照小鼠中富集的PATHWAY | 第87-89页 |
| 附录：论文缩写 | 第89-94页 |
| 已申请专利和已撰写及发表的文章目录 | 第94-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
