| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-28页 |
| ·遗传多样性 | 第12-17页 |
| ·遗传多样性定义、产生、研究简史及研究意义 | 第12-13页 |
| ·遗传标记 | 第13-15页 |
| ·石首鱼类遗传多样性研究概况 | 第15-17页 |
| ·分子系统学 | 第17-28页 |
| ·分子系统学主要理论及研究方法 | 第17-21页 |
| ·分子系统学在系统发育关系与进化研究中的应用 | 第21-22页 |
| ·石首鱼科内系统发育关系研究概况 | 第22-27页 |
| ·中国石首鱼类起源演化研究概况 | 第27-28页 |
| 第二章 基于线粒体控制区序列变异的东海鮸鱼群体遗传多样性分析 | 第28-41页 |
| 引言 | 第28页 |
| ·实验材料与方法 | 第28-31页 |
| ·实验材料采集 | 第28-29页 |
| ·基因组 DNA 抽提与检测 | 第29-30页 |
| ·线粒体 DNA 控制区扩增 | 第30页 |
| ·扩增产物纯化与测序 | 第30页 |
| ·数据处理与分析 | 第30-31页 |
| ·实验结果 | 第31-38页 |
| ·序列特征与遗传变异 | 第31-34页 |
| ·群体遗传结构特征 | 第34-36页 |
| ·中性检验与种群历史动态 | 第36-38页 |
| ·讨论 | 第38-41页 |
| ·东海鮸鱼群体遗传结构与遗传多样性 | 第38-39页 |
| ·东海鮸鱼种群历史动态 | 第39-41页 |
| 第三章 10 种石首鱼类线粒体基因组结构与特征 | 第41-80页 |
| 引言 | 第41页 |
| ·实验材料与方法 | 第41-43页 |
| ·线粒体全基因组扩增与测序 | 第41-42页 |
| ·线粒体全基因组序列拼装、注释与提交 | 第42页 |
| ·轻链复制起始区与控制区结构特征解析 | 第42-43页 |
| ·实验结果 | 第43-77页 |
| ·小黄鱼(Larimichthys polyactis)线粒体基因组基本特征 | 第43-47页 |
| ·鮸鱼(Miichthys miiuy)线粒体基因组结果特征 | 第47-51页 |
| ·棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)线粒体基因组结构与特征 | 第51-54页 |
| ·黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)线粒体基因组结构与特征 | 第54-58页 |
| ·银彭纳石首鱼(Pennahia argentata)线粒体基因组结构与特征 | 第58-62页 |
| ·黄姑鱼(Nibea albiflora)线粒体基因组结构与特征 | 第62-65页 |
| ·日本白姑鱼(Argyrosomus japonicus)线粒体基因组结构与特征 | 第65-68页 |
| ·尖头黄鳍牙 (Chrysochir aureus)线粒体基因组结构与特征 | 第68-71页 |
| ·红拟石首鱼(Sciaenops ocellatus)线粒体基因组结构与特征 | 第71-74页 |
| ·勒氏枝鳔石首鱼(Dendrophysa russelli)线粒体基因组结构与特征 | 第74-77页 |
| ·讨论 | 第77-80页 |
| ·石首鱼线粒体基因组结构与组成保守性 | 第77-78页 |
| ·石首鱼类非编码区结构变异与进化 | 第78-80页 |
| 第四章 基于贝叶斯联合模型的 11 种石首鱼系统发育关系分析及物种分歧时间估计 | 第80-92页 |
| 引言 | 第80-81页 |
| ·分析方法 | 第81-82页 |
| ·基于线粒体基因组全部蛋白质编码基因序列的 11 种石首鱼类分子系统学分析和物种分歧时间估计 | 第81-82页 |
| ·分析结果 | 第82-88页 |
| ·序列碱基替换饱和度与最适核苷酸替换模型 | 第82-83页 |
| ·基于贝叶斯联合模型分析的 11 种石首鱼类系统发育关系 | 第83-86页 |
| ·11 种石首鱼类物种分歧时间 | 第86-88页 |
| ·讨论 | 第88-92页 |
| ·贝叶斯联合模型分析性能和数据分区策略选择 | 第88-89页 |
| ·11 种石首鱼系统发育关系 | 第89-90页 |
| ·石首鱼类起源与分化 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-102页 |
| 致谢 | 第102-103页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第103-105页 |
| 附表 | 第105-112页 |
