| 高频词对照表 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-26页 |
| 1 研究背景及目的意义 | 第13-14页 |
| ·研究背景 | 第13-14页 |
| ·研究的目的意义 | 第14页 |
| 2 肌肉及其相关基因的研究进展 | 第14-18页 |
| ·骨骼肌的研究现状 | 第14-15页 |
| ·肌纤维的类型 | 第15页 |
| ·影响肉质的重要基因 | 第15-16页 |
| ·影响肌肉表达的遗传学因素 | 第16-17页 |
| ·骨骼肌与免疫 | 第17-18页 |
| 3 芯片技术及其在骨骼肌上的研究进展 | 第18-22页 |
| ·芯片技术简介 | 第18-19页 |
| ·芯片技术在骨骼肌上的研究进展 | 第19-22页 |
| 参考文献 | 第22-26页 |
| 第二章 长白猪和荣昌猪背最长肌和腰大肌中MyHC基因的差异表达及其与肉质性状的相关性研究 | 第26-49页 |
| 1 前言 | 第26页 |
| 2 材料与方法 | 第26-35页 |
| ·试验群体 | 第26页 |
| ·样本采集 | 第26-27页 |
| ·仪器设备 | 第27-28页 |
| ·试验所需试剂 | 第28页 |
| ·常用试剂的配制 | 第28-29页 |
| ·方法 | 第29-35页 |
| ·数据处理 | 第35页 |
| 3 结果与分析 | 第35-46页 |
| ·荧光定量PCR结果 | 第35-39页 |
| ·性状指标的结果分析 | 第39-44页 |
| ·荣昌猪与长白猪之间肉质的相互比较 | 第44-45页 |
| ·MyHC各亚型mRNA表达量与肉质间的相关性分析 | 第45页 |
| ·MyHCⅠ型和Ⅱ型肌纤维蛋白质水平表达量与肉质间的相关性分析 | 第45页 |
| ·MyHC各亚型mRNA表达与MyHCⅠ,Ⅱ型肌纤维蛋白水平间的相关性分析 | 第45-46页 |
| 4 讨论 | 第46-47页 |
| ·MyHC各亚型mRNA表达量的品种特性及其与肉质的关系 | 第46-47页 |
| ·免疫荧光肌纤维分型的品种特性与MyHC mRNA表达量及其肉质之间的相关性分析 | 第47页 |
| 参考文献 | 第47-49页 |
| 第三章 利用猪全基因组功能芯片研究猪背最长肌和腰大肌中相关基因的表达谱 | 第49-61页 |
| 1 前言 | 第49页 |
| 2 材料与方法 | 第49-57页 |
| ·试验材料 | 第49页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第49-51页 |
| ·方法 | 第51-57页 |
| 3 结果与分析 | 第57-59页 |
| ·Total RNA的甲醛变性胶电泳 | 第57-58页 |
| ·RNA Pool的毛细管电泳 | 第58页 |
| ·芯片扫描结果 | 第58-59页 |
| ·片内标准化结果 | 第59页 |
| 4 讨论 | 第59-60页 |
| ·芯片的选择 | 第59-60页 |
| ·试验设计 | 第60页 |
| 参考文献 | 第60-61页 |
| 第四章 普通数据分析—差异表达分析、表达模式识别和数据降维 | 第61-78页 |
| 1 前言 | 第61页 |
| 2 基因的差异表达分析、表达模式识别和数据降维 | 第61-63页 |
| ·猪基因组芯片探针注释文件的重注解 | 第61-62页 |
| ·基因差异表达分析——T检验、单因素和两因素方差分析 | 第62页 |
| ·表达模式识别—基因的K-Means聚类以及组织的CAST聚类 | 第62-63页 |
| ·聚类基因的生物学过程(GO)和生物学通路(Pathway)分析 | 第63页 |
| ·主成分分析(PCA) | 第63页 |
| 3 结果与分析 | 第63-76页 |
| ·基因差异表达分析——T检验和ANOVA | 第63-66页 |
| ·单因素方差分析得到的差异基因的表达模式识别—聚类和主成份分析 | 第66-74页 |
| ·单因素方差分析差异基因的Gene ontology(GO)和Pathway分析 | 第74-76页 |
| 4 讨论 | 第76页 |
| ·差异表达基因的讨论 | 第76页 |
| ·聚类分析和主成份分析的讨论 | 第76页 |
| 参考文献 | 第76-78页 |
| 第五章 表达谱基因芯片数据的GO,GSEA和染色体富集分析 | 第78-106页 |
| 1 前言 | 第78-79页 |
| 2 Gene Ontology(GO)分析和生物学通路富集分析方法 | 第79-80页 |
| ·Gene Ontology(GO)分析 | 第79页 |
| ·基因集合富集分析 | 第79-80页 |
| ·染色体富集分析 | 第80页 |
| 3 结果与分析 | 第80-99页 |
| ·差异表达基因的Gene Ontology(GO)分析 | 第80-86页 |
| ·基因集合富集分析 | 第86-90页 |
| ·染色体富集分析 | 第90-99页 |
| 4 讨论 | 第99-103页 |
| ·GO TERM的讨论 | 第99-100页 |
| ·GSEA的Pathway讨论 | 第100-101页 |
| ·Leading edge筛选出的差异基因的讨论 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-106页 |
| 第六章 表达谱数据的可靠性验证 | 第106-113页 |
| 1 前言 | 第106页 |
| 2 材料与方法 | 第106-108页 |
| ·芯片实验自身的质控 | 第106页 |
| ·荧光定量PCR验证 | 第106-108页 |
| 3 结果与分析 | 第108-111页 |
| ·芯片实验的变异系数 | 第108页 |
| ·qRT-PCR结果 | 第108页 |
| ·荧光定量PCR结果与芯片检测结果之间的相关性分析 | 第108-111页 |
| 4 讨论 | 第111页 |
| ·芯片质控评价 | 第111页 |
| ·qRT-PCR与芯片结果的相关性分析 | 第111页 |
| 参考文献 | 第111-113页 |
| 第七章 结论与展望 | 第113-116页 |
| 1 本文研究总结 | 第113-115页 |
| ·MyHC家族基因与肉质性状的关联性分析结果 | 第113页 |
| ·差异表达,聚类和主成份分析结果 | 第113页 |
| ·T检验得到差异基因的GO分析结果 | 第113-114页 |
| ·T检验得到差异基因的GSEA分析结果 | 第114页 |
| ·GSEA筛选出的差异基因分析结果 | 第114页 |
| ·染色体富集分析结果 | 第114页 |
| ·芯片数据可靠性验证的结果 | 第114-115页 |
| 2 研究展望 | 第115-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 博士在读期间发表的论文 | 第117页 |
