| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-32页 |
| 1 大型底栖无脊椎动物在河流健康评价中的应用 | 第14-19页 |
| 1.1 大型底栖无脊椎动物指示物种和耐污值研究 | 第14-15页 |
| 1.2 河流大型底栖无脊椎动物群落结构及完整性健康评价 | 第15-19页 |
| 2 大型底栖无脊椎动物线粒体基因组及分子系统发育研究 | 第19-25页 |
| 2.1 大型底栖无脊椎动物线粒体基因组研究 | 第19-22页 |
| 2.2 大型底栖无脊椎动物线分子系统发育研究 | 第22-25页 |
| 3 大型底栖无脊椎动物转录组学研究 | 第25-29页 |
| 4 海河流域大型底栖无脊椎动物研究现状 | 第29-30页 |
| 5 本研究的主要内容、目的和意义 | 第30-32页 |
| 第二章 海河流域大型底栖动物群落结构 | 第32-54页 |
| 1 材料和方法 | 第33-37页 |
| 1.1 研究范围和样点设置 | 第33-35页 |
| 1.2 样品采集和处理 | 第35页 |
| 1.3 数据处理 | 第35-37页 |
| 2 结果与分析 | 第37-49页 |
| 2.1 种类组成 | 第37-40页 |
| 2.2 功能摄食类群组成 | 第40-42页 |
| 2.3 生活型类群组成 | 第42-44页 |
| 2.4 海河流域底栖动物群落多样性 | 第44-46页 |
| 2.5 海河流域底栖动物耐污值 | 第46-49页 |
| 3 讨论 | 第49-54页 |
| 3.1 底栖动物种类组成 | 第49-50页 |
| 3.2 功能摄食类群与生活型特征 | 第50-51页 |
| 3.3 耐污值及指示种 | 第51-54页 |
| 第三章 基于底栖动物完整性(B-IBI)的海河流域河流生态健康评价 | 第54-69页 |
| 1 材料和方法 | 第54-55页 |
| 1.1 研究范围和样点设置 | 第54-55页 |
| 1.2 样品采集和处理 | 第55页 |
| 1.3 数据处理 | 第55页 |
| 2 结果与分析 | 第55-65页 |
| 2.1 海河流域山区B-IBI和河流健康评价 | 第56-61页 |
| 2.1.1 参照样点和受损点选择 | 第56页 |
| 2.1.2 候选指标筛选 | 第56-60页 |
| 2.1.4 山区河流健康评价 | 第60-61页 |
| 2.2 海河流域平原B-IBI和河流健康评价 | 第61-64页 |
| 2.2.1 参照样点和受损点选择 | 第61页 |
| 2.2.2 候选指标筛选 | 第61-62页 |
| 2.2.3 各指标参数的B-IBI分值 | 第62-63页 |
| 2.2.4 平原河流健康评价 | 第63-64页 |
| 2.3 海河流域河流健康整体评价 | 第64-65页 |
| 3 讨论 | 第65-69页 |
| 3.1 B-IBI参照点和指标参数的选取 | 第65-66页 |
| 3.2 海河流域河流健康 | 第66-69页 |
| 第四章 九种田螺分子系统发育研究 | 第69-102页 |
| 1 材料和方法 | 第70-76页 |
| 1.1 样品采集和DNA提取 | 第70-72页 |
| 1.2 PCR扩增和测序 | 第72页 |
| 1.3 线粒体基因组分析 | 第72-73页 |
| 1.4 系统发育分析 | 第73-76页 |
| 2 结果与分析 | 第76-97页 |
| 2.1 田螺科螺类线粒体基因组基本特征 | 第76-92页 |
| 2.1.1 线粒体基因组结构 | 第76-81页 |
| 2.1.2 线粒体碱基组成 | 第81-83页 |
| 2.1.3 氨基酸组成及密码子使用统计 | 第83-85页 |
| 2.1.4 转运RNA识别和二级结构 | 第85-89页 |
| 2.1.5 核糖体RNA基因 | 第89-92页 |
| 2.2 新进腹足总目分子系统发育 | 第92-97页 |
| 3 讨论 | 第97-102页 |
| 3.1 田螺科种类线粒体基因组特征与新进腹足总目其他物种比较 | 第97-99页 |
| 3.2 基因重排 | 第99-100页 |
| 3.3 分子系统发育和分类 | 第100-102页 |
| 第五章 五种田螺转录组的比较及适应性进化 | 第102-120页 |
| 1 材料与方法 | 第103-108页 |
| 1.1 样本采集和RNA提取 | 第103-104页 |
| 1.2 CDNA文库构建及测序 | 第104-105页 |
| 1.3 生物信息分析 | 第105-108页 |
| 1.3.1 测序数据质量评估和denovo组装 | 第105-106页 |
| 1.3.2 基因功能注释 | 第106-107页 |
| 1.3.3 CDS(coding sequence,编码序列)预测 | 第107页 |
| 1.3.4 直系同源基因筛选 | 第107页 |
| 1.3.5 自然选择分析 | 第107-108页 |
| 2 结果与分析 | 第108-115页 |
| 2.1 测序质量评估和拼接结果 | 第108-109页 |
| 2.2 基因功能注释 | 第109-113页 |
| 2.2.1 七种数据库注释结果统计 | 第109-111页 |
| 2.2.2 三个数据库注释结果比较 | 第111-113页 |
| 2.3 直系同源基因筛选结果和系统发育关系 | 第113-114页 |
| 2.3.1 直系同源基因筛选结果 | 第113页 |
| 2.3.2 基于直系同源基因构建的系统发育关系 | 第113-114页 |
| 2.4 鉴定正向选择基因 | 第114-115页 |
| 3 讨论 | 第115-120页 |
| 3.1 基于直系同源基因的系统发育分析 | 第115-116页 |
| 3.2 螺蛳对云南高原重碳酸盐湖泊的适应性进化 | 第116-118页 |
| 3.3 东北田螺对北温带低温环境的适应性进化 | 第118-120页 |
| 参考文献 | 第120-145页 |
| 附录 | 第145-222页 |
| 附录1 海河流域底栖动物种类名录 | 第145-174页 |
| 附录2 山区候选生物参数(M3)在参照点和受损点的箱线图 | 第174-175页 |
| 附录3 山区河流样点B-IBI分值 | 第175-176页 |
| 附录4 平原候选生物参数在参照点和受损点的箱线图 | 第176-177页 |
| 附录5 平原河流样点B-IBI分值 | 第177-178页 |
| 附录6 线粒体基因组扩增和测序使用引物 | 第178-179页 |
| 附录7 八种田螺的线粒体基因组基因排布 | 第179-190页 |
| 附录8 八种田螺的线粒体基因组碱基组成和碱基偏移 | 第190-198页 |
| 附录9 九种螺类线粒体基因组编码蛋白的密码子偏好性分析 | 第198-207页 |
| 附录10 九种螺类线粒体保守非编码区遗传距离 | 第207-208页 |
| 附录11 碱基替代饱和度分析 | 第208-210页 |
| 附录12 四种螺类GO和KEEG注释结果 | 第210-214页 |
| 附录13 五种螺类GO、KOG和KEEG注释UNIGENE百分比 | 第214-219页 |
| 附录14 博士研究生期间已发表论文和专利 | 第219-220页 |
| 致谢 | 第220-222页 |
