| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第19-35页 |
| 1.1 跨膜蛋白 | 第19-21页 |
| 1.1.1 跨膜区自组装 | 第19-20页 |
| 1.1.2 膜表面蛋白相互作用 | 第20-21页 |
| 1.2 自组装性生物活性肽 | 第21-22页 |
| 1.3 细胞膜微环境 | 第22-24页 |
| 1.3.1 脂筏 | 第23页 |
| 1.3.2 磷脂酰肌醇富集区 | 第23-24页 |
| 1.4 膜蛋白构象转变及横向转运 | 第24-26页 |
| 1.4.1 跨膜蛋白构象转变 | 第24-25页 |
| 1.4.2 跨膜蛋白横向转运 | 第25-26页 |
| 1.5 分子动力学模拟 | 第26-31页 |
| 1.5.1 Martini粗粒化模型 | 第27-28页 |
| 1.5.2 作用力条件 | 第28-29页 |
| 1.5.3 Martini模型的应用 | 第29-31页 |
| 1.5.3.1 细胞膜的组织结构 | 第29页 |
| 1.5.3.2 跨膜蛋白相互作用 | 第29-30页 |
| 1.5.3.3 蛋白-膜分子互作 | 第30页 |
| 1.5.3.4 活性多肽自组装 | 第30-31页 |
| 1.5.3.5 蛋白体结构变化 | 第31页 |
| 1.5.3.6 聚合物及纳米颗粒研究 | 第31页 |
| 1.5.3.7 其他应用 | 第31页 |
| 1.6 本论文研究内容 | 第31-33页 |
| 1.7 本论文研究意义 | 第33-35页 |
| 第二章 跨膜蛋白跨膜区二聚的分子机制研究 | 第35-59页 |
| 2.1 引言 | 第35-36页 |
| 2.2 方法部分 | 第36-50页 |
| 2.2.1 模拟体系 | 第36-41页 |
| 2.2.1.1 模拟平台GROMACS | 第36页 |
| 2.2.1.2 周期性边界条件 | 第36-38页 |
| 2.2.1.3 组划分 | 第38页 |
| 2.2.1.4 对列表生成 | 第38页 |
| 2.2.1.5 力的计算 | 第38-39页 |
| 2.2.1.6 模拟操作过程 | 第39-41页 |
| 2.2.2 Martini粗粒化力场 | 第41-49页 |
| 2.2.2.1 共价键作用力 | 第41-42页 |
| 2.2.2.2 非共价键作用力 | 第42页 |
| 2.2.2.3 Martini膜力场及其发展 | 第42-45页 |
| 2.2.2.4 Martini蛋白质力场及优化 | 第45-48页 |
| 2.2.2.5 水及盐离子 | 第48-49页 |
| 2.2.3 体系构建 | 第49页 |
| 2.2.4 参数设置 | 第49-50页 |
| 2.2.4.1 Martini粗粒化模拟 | 第49-50页 |
| 2.2.4.2 全原子模拟 | 第50页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第50-57页 |
| 2.3.1 EphA2跨膜区二聚 | 第50-51页 |
| 2.3.2 构象转变机制 | 第51-56页 |
| 2.3.2.1 跨膜区二聚构象 | 第51-52页 |
| 2.3.2.2 FF557调控机制 | 第52-54页 |
| 2.3.2.3 H559调节机制 | 第54-56页 |
| 2.3.3 全原子模拟 | 第56-57页 |
| 2.4 小结 | 第57-59页 |
| 第三章 脂筏调控膜蛋白自组装与生物表达的分子机制研究 | 第59-83页 |
| 3.1 引言 | 第59-60页 |
| 3.2 方法部分 | 第60-71页 |
| 3.2.1 体系构建 | 第60-61页 |
| 3.2.1.1 粗粒化模型 | 第61页 |
| 3.2.1.2 全原子模型 | 第61页 |
| 3.2.2 参数设置 | 第61-62页 |
| 3.2.2.1 Martini粗粒化模拟 | 第61-62页 |
| 3.2.2.2 全原子模拟 | 第62页 |
| 3.2.3 脂筏及其表征 | 第62-68页 |
| 3.2.3.1 脂筏组织结构 | 第62-64页 |
| 3.2.3.2 脂筏研究手段 | 第64-68页 |
| 3.2.4 本章脂筏体系 | 第68-71页 |
| 3.2.4.1 侧向分布 | 第69页 |
| 3.2.4.2 厚度差异 | 第69页 |
| 3.2.4.3 密度分布 | 第69页 |
| 3.2.4.4 流动性分析 | 第69-70页 |
| 3.2.4.5 混乱度分析 | 第70-71页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第71-80页 |
| 3.3.1 C99位置及形态偏好性 | 第71-72页 |
| 3.3.2 脂筏影响C99二聚 | 第72-74页 |
| 3.3.3 脂筏调控机制 | 第74-77页 |
| 3.3.3.1 胆固醇调控 | 第74-76页 |
| 3.3.3.2 DPPC调控 | 第76-77页 |
| 3.3.4 脂筏与Ap分泌 | 第77-80页 |
| 3.4 小结 | 第80-83页 |
| 第四章 PIP2调控跨膜蛋白与其胞内受体蛋白作用的机制研究 | 第83-99页 |
| 4.1 引言 | 第83-85页 |
| 4.2 方法部分 | 第85-88页 |
| 4.2.1 体系构建 | 第85-86页 |
| 4.2.1.1 蛋白质体系创建 | 第85-86页 |
| 4.2.1.2 膜体系建立 | 第86页 |
| 4.2.2 参数设置 | 第86页 |
| 4.2.3 PMF计算自由能 | 第86-87页 |
| 4.2.4 PMF计算流程 | 第87-88页 |
| 4.2.4.1 结构及拓扑准备 | 第87页 |
| 4.2.4.2 构象窗口生成 | 第87-88页 |
| 4.2.4.3 平衡及模拟 | 第88页 |
| 4.2.4.4 数据分析 | 第88页 |
| 4.3 实验和讨论 | 第88-96页 |
| 4.3.1 PIP2调控CLS构象 | 第89-90页 |
| 4.3.2 FERM膜粘附能力 | 第90-92页 |
| 4.3.3 PIP2促进膜蛋白相互作用 | 第92-94页 |
| 4.3.4 分子调控机制 | 第94-96页 |
| 4.4 小结 | 第96-99页 |
| 第五章 自组装性裂解肽与膜作用的机制与模式研究 | 第99-119页 |
| 5.1 引言 | 第99-100页 |
| 5.2 方法部分 | 第100-103页 |
| 5.2.1 模拟部分 | 第100-101页 |
| 5.2.1.1 体系构建 | 第100页 |
| 5.2.1.2 参数设置 | 第100-101页 |
| 5.2.1.3 PMF计算 | 第101页 |
| 5.2.2 实验部分 | 第101-103页 |
| 5.2.2.1 多肽储液制备 | 第101页 |
| 5.2.2.2 原子力显微镜观察 | 第101页 |
| 5.2.2.3 荧光共聚焦显微观察 | 第101-102页 |
| 5.2.2.4 细胞毒性检测 | 第102页 |
| 5.2.2.5 多肽稳定性测试 | 第102页 |
| 5.2.2.6 多肽跨膜电位测量 | 第102-103页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第103-116页 |
| 5.3.1 多肽自组装表征 | 第103页 |
| 5.3.2 有效自组装条件 | 第103-106页 |
| 5.3.3 自组装浓度依赖性 | 第106-108页 |
| 5.3.4 分子作用机制 | 第108-114页 |
| 5.3.4.1 初期作用方式 | 第108-109页 |
| 5.3.4.2 PTP-7b自组装机制 | 第109-114页 |
| 5.3.5 PTP-7b裂解膜模型 | 第114-116页 |
| 5.4 小结 | 第116-119页 |
| 第六章 全文总结与展望 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-131页 |
| 致谢 | 第131-132页 |
| 发表的文章与成果 | 第132-133页 |
| 作者和导师简介 | 第133-135页 |
| 附件 | 第135-136页 |