| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略语及术语表 | 第9-10页 |
| 目次 | 第10-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-37页 |
| 1.1 mRNA的结构及生命周期 | 第13-15页 |
| 1.2 多聚腺苷酸化 | 第15-16页 |
| 1.3 选择性多聚腺苷酸化 | 第16-18页 |
| 1.4 3’UTR上的调控元件 | 第18-23页 |
| 1.4.1 3’UTR与亚细胞定位 | 第18-20页 |
| 1.4.2 3’UTR与稳定性 | 第20-21页 |
| 1.4.3 3’UTR与翻译 | 第21-22页 |
| 1.4.4 3’UTR上顺式调控元件的发现 | 第22-23页 |
| 1.5 RNA结合蛋白 | 第23-30页 |
| 1.5.1 RBP的功能 | 第24-26页 |
| 1.5.2 RBP与其它分子的协调作用 | 第26-30页 |
| 1.6 RBP与RNA的互作 | 第30-35页 |
| 1.6.1 RBP靶点鉴定的实验方法 | 第30-33页 |
| 1.6.2 RBP结合位点的生物信息学分析方法 | 第33-35页 |
| 1.7 小结与讨论 | 第35-37页 |
| 第二章 人脑GBM组织中选择性多聚腺苷酸化位点的鉴定 | 第37-57页 |
| 摘要 | 第37页 |
| 2.1 引言 | 第37-38页 |
| 2.2 数据与方法 | 第38-42页 |
| 2.2.1 数据 | 第38-39页 |
| 2.2.2 虚拟polyA数据库的构建 | 第39-41页 |
| 2.2.3 APA异构体的鉴定及其表达量的确定 | 第41-42页 |
| 2.2.4 差异表达分析 | 第42页 |
| 2.3 结果 | 第42-54页 |
| 2.3.1 Dpnll酶切位点与polyA位点在人类转录组的位置关系 | 第42-45页 |
| 2.3.2 虚拟MPSS标签序列与虚拟polyA数据库 | 第45-48页 |
| 2.3.3 正常脑组织和GBM脑组织中APA异构体的鉴定及其表达量 | 第48-51页 |
| 2.3.4 长短APA异构体的表达模式 | 第51-53页 |
| 2.3.5 长APA异构体与短APA异构体表达模式不同的基因 | 第53-54页 |
| 2.4 讨论 | 第54-57页 |
| 第三章 选择性多聚腺苷酸化位点的验证 | 第57-69页 |
| 摘要 | 第57页 |
| 3.1 引言 | 第57-58页 |
| 3.2 材料与方法 | 第58-64页 |
| 3.2.1 主要试剂与设备 | 第58-60页 |
| 3.2.2 细胞系及临床样本 | 第60页 |
| 3.2.3 细胞培养 | 第60页 |
| 3.2.4 RNA提取 | 第60-61页 |
| 3.2.5 逆转录PCR | 第61页 |
| 3.2.6 3’cDNA巢式PCR | 第61-63页 |
| 3.2.7 PCR产物测序验证 | 第63-64页 |
| 3.3 结果 | 第64-67页 |
| 3.3.1 NCBI RefSeq数据库检索 | 第64页 |
| 3.3.2 PCR扩增 | 第64-66页 |
| 3.3.3 测序结果 | 第66-67页 |
| 3.4 讨论 | 第67-69页 |
| 第四章 RNA结合蛋白结合位点的识别 | 第69-84页 |
| 摘要 | 第69页 |
| 4.1 引言 | 第69-70页 |
| 4.2 数据与方法 | 第70-77页 |
| 4.2.1 数据准备 | 第70-72页 |
| 4.2.2 算法实现 | 第72-76页 |
| 4.2.2.1 共变模型 | 第73页 |
| 4.2.2.2 随机序列数 | 第73-74页 |
| 4.2.2.3 UTR长度 | 第74-75页 |
| 4.2.2.4 RBP结合位点模体初始化 | 第75-76页 |
| 4.2.2.5 RBP结合位点模体精化 | 第76页 |
| 4.2.3 RBP结合位点模体可视化 | 第76-77页 |
| 4.3 结果 | 第77-81页 |
| 4.3.3 RBP结合位点模体 | 第77-78页 |
| 4.3.4 RNAelements的准确性 | 第78-81页 |
| 4.3.5 RNAelements网站在线预测 | 第81页 |
| 4.4 讨论 | 第81-84页 |
| 第五章 APA对RBP结合位点的影响 | 第84-93页 |
| 摘要 | 第84页 |
| 5.1 引言 | 第84-85页 |
| 5.2 方法 | 第85-86页 |
| 5.3 结果 | 第86-91页 |
| 5.3.1 RNAelements预测结果 | 第86-89页 |
| 5.3.2 doRiNA数据库搜索结果 | 第89-90页 |
| 5.3.3 AREsite数据库检索结果 | 第90-91页 |
| 5.4 讨论 | 第91-93页 |
| 第六章 序列多态性对APA及RBP结合位点的影响 | 第93-98页 |
| 摘要 | 第93页 |
| 6.1 引言 | 第93页 |
| 6.2 数据与方法 | 第93-94页 |
| 6.3 结果 | 第94-96页 |
| 6.3.1 序列多态性与PAS | 第94-95页 |
| 6.3.2 序列多态性与RBP结合 | 第95-96页 |
| 6.3.3 癌症组织重测序得到的多态性位点对PAS及RBP结合的影响 | 第96页 |
| 6.4 讨论 | 第96-98页 |
| 第七章 结论与展望 | 第98-103页 |
| 参考文献 | 第103-114页 |
| 附录1：程序virtual_APA_tag.pl | 第114-122页 |
| 附录2：程序map_tag_exp.pl | 第122-126页 |
| 附录3：程序randomseq.c | 第126-130页 |
| 附录4：RBP结合位点模体的Stockholm格式结果 | 第130-135页 |
| 附录5：在GBM脑组织和正常脑组织中差异表达的APA异构体 | 第135-143页 |
| 附录6：部分彩图 | 第143-150页 |
| 作者简历 | 第150页 |
| 在读期间发表的文章 | 第150页 |
