| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-45页 |
| 0 引言 | 第17页 |
| 1 高通量测序技术的研究进展 | 第17-29页 |
| 1.1 454 焦磷酸测序技术 | 第18-20页 |
| 1.1.1 454 测序的技术原理与工作流程 | 第18-19页 |
| 1.1.2 454 测序的优缺点 | 第19-20页 |
| 1.2 Illumina 测序技术 | 第20-23页 |
| 1.2.1 Illumina 测序的技术原理与工作流程 | 第20-22页 |
| 1.2.2 Illumina 测序的优缺点 | 第22-23页 |
| 1.3 SOLiD 测序技术 | 第23-25页 |
| 1.3.1 SOLiD 测序的技术原理与工作流程 | 第23-25页 |
| 1.3.2 SOLiD 测序的优缺点 | 第25页 |
| 1.4 其它的测序技术 | 第25-29页 |
| 1.4.1 PacBio 公司的单分子测序 | 第25-26页 |
| 1.4.2 全基因组学公司连接测序法 | 第26-28页 |
| 1.4.3 Ion Torrent 测序法 | 第28-29页 |
| 2 高通量测序在转录组学研究中的应用 | 第29-33页 |
| 2.1 蛋白编码基因注释 | 第30页 |
| 2.2 基因表达谱 | 第30-31页 |
| 2.3 分子标记开发 | 第31页 |
| 2.4 非编码 RNA 检测 | 第31-32页 |
| 2.5 降解组测序 | 第32页 |
| 2.6 转录本重排 | 第32页 |
| 2.7 单细胞测序 | 第32-33页 |
| 3 从头开始（de novo）的转录组分析流程与常用方法 | 第33-40页 |
| 3.1 质量控制与预处理 | 第33-34页 |
| 3.2 序列组装 | 第34-36页 |
| 3.2.1 基于基因组参考序列的转录组组装 | 第34-35页 |
| 3.2.2 从头开始（de Novo）的转录组组装策略 | 第35-36页 |
| 3.3 基因注释 | 第36-39页 |
| 3.3.1 Blastx 注释 | 第36-37页 |
| 3.3.2 GO 分析 | 第37-38页 |
| 3.3.3 KEGG 通路分析 | 第38-39页 |
| 3.4 分子标记检测 | 第39-40页 |
| 3.5 基因表达水平估计 | 第40页 |
| 4 硬骨鱼类基因组学研究进展 | 第40-45页 |
| 4.1 硬骨鱼类的全基因组测序研究进展 | 第41-43页 |
| 4.2 硬骨鱼类的转录组研究 | 第43-44页 |
| 4.3 本研究的目的和意义 | 第44-45页 |
| 第二章 半滑舌鳎转录组的测序 | 第45-56页 |
| 0 引言 | 第45页 |
| 1 材料与方法 | 第45-50页 |
| 1.1 实验材料 | 第45-46页 |
| 1.1.1 实验动物 | 第45页 |
| 1.1.2 实验试剂与试剂盒 | 第45-46页 |
| 1.1.3 仪器 | 第46页 |
| 1.2 实验方法 | 第46-50页 |
| 1.2.1 RNA 提取 | 第46页 |
| 1.2.2 RNA 纯化 | 第46-47页 |
| 1.2.3 RNA 检测 | 第47页 |
| 1.2.4 cDNA 第一链的合成 | 第47-48页 |
| 1.2.5 cDNA 第二链的合成 | 第48页 |
| 1.2.6 cDNA 纯化 | 第48-49页 |
| 1.2.7 琼脂糖凝胶电泳回收 | 第49页 |
| 1.2.8 均一化 | 第49-50页 |
| 1.2.9 超声打断 | 第50页 |
| 1.2.10 连接接头 | 第50页 |
| 1.2.11 测序 | 第50页 |
| 2 结果 | 第50-53页 |
| 2.1 RNA 提取 | 第50-51页 |
| 2.2 文库制备 | 第51-53页 |
| 2.3 测序结果 | 第53页 |
| 3 分析与讨论 | 第53-56页 |
| 3.1 文库构建 | 第53-54页 |
| 3.2 测序方法 | 第54页 |
| 3.3 测序质量 | 第54-56页 |
| 第三章 半滑舌鳎转录组的生物信息学分析 | 第56-72页 |
| 0 引言 | 第56页 |
| 1 材料与方法 | 第56-59页 |
| 1.1 软件 | 第56页 |
| 1.2 网址 | 第56页 |
| 1.3 方法与软件参数 | 第56-59页 |
| 1.3.1 数据预处理 | 第56-57页 |
| 1.3.2 序列拼接 | 第57页 |
| 1.3.3 聚类 | 第57页 |
| 1.3.4 Blastx 注释 | 第57-58页 |
| 1.3.5 GO 注释 | 第58页 |
| 1.3.6 KEGG 注释 | 第58页 |
| 1.3.7 微卫星筛选 | 第58页 |
| 1.3.8 SNP 筛选 | 第58页 |
| 1.3.9 转座元件筛选 | 第58页 |
| 1.3.10 组织特异序列筛选 | 第58-59页 |
| 2 结果 | 第59-65页 |
| 2.1 数据预处理 | 第59-60页 |
| 2.2 序列拼接 | 第60-62页 |
| 2.3 功能注释 | 第62页 |
| 2.4 分子标记筛选 | 第62-63页 |
| 2.5 转座元件分析 | 第63-64页 |
| 2.6 组织特异序列筛选 | 第64-65页 |
| 3 分析与讨论 | 第65-72页 |
| 3.1 序列拼接 | 第65页 |
| 3.2 功能注释 | 第65-68页 |
| 3.2.1 Blastx 注释 | 第66-68页 |
| 3.2.2 GO 注释 | 第68页 |
| 3.2.3 KEGG 通路分析 | 第68页 |
| 3.3 分子标记筛选 | 第68-69页 |
| 3.4 转座元件分析 | 第69-70页 |
| 3.5 组织特异序列 | 第70-72页 |
| 第四章 牙鲆转录组的测序 | 第72-76页 |
| 0 引言 | 第72页 |
| 1 材料与方法 | 第72-74页 |
| 1.1 实验材料 | 第72-73页 |
| 1.1.1 实验动物 | 第72页 |
| 1.1.2 实验试剂 | 第72-73页 |
| 1.1.3 仪器 | 第73页 |
| 1.2 实验方法 | 第73-74页 |
| 1.2.1 RNA 提取 | 第73页 |
| 1.2.2 RNA 纯化 | 第73页 |
| 1.2.3 RNA 检测 | 第73页 |
| 1.2.4 测序文库构建 | 第73页 |
| 1.2.5 Solexa 测序 | 第73-74页 |
| 2 结果 | 第74页 |
| 2.1 RNA 提取 | 第74页 |
| 2.2 测序结果 | 第74页 |
| 3 分析与讨论 | 第74-76页 |
| 3.1 454 焦磷酸测序与 Illumina 测序文库构建方法的比较 | 第74-75页 |
| 3.2 454 焦磷酸测序与 Illumina 测序产出比较 | 第75-76页 |
| 第五章 牙鲆转录组的信息学分析 | 第76-93页 |
| 0 引言 | 第76页 |
| 1 材料与方法 | 第76-80页 |
| 1.1 实验材料 | 第76页 |
| 1.2 实验仪器 | 第76-77页 |
| 1.3 实验方法 | 第77-78页 |
| 1.3.1 cDNA 合成 | 第77-78页 |
| 1.3.2 PCR | 第78页 |
| 1.3.3 PCR 产物回收 | 第78页 |
| 1.3.4 连接、转化与测序 | 第78页 |
| 1.4 软件与网址 | 第78页 |
| 1.5 网址 | 第78-79页 |
| 1.6 方法与软件参数 | 第79-80页 |
| 1.6.1 数据预处理 | 第79页 |
| 1.6.2 序列拼接 | 第79页 |
| 1.6.3 Blastx 注释 | 第79页 |
| 1.6.4 GO 注释 | 第79页 |
| 1.6.5 KEGG 通路分析 | 第79页 |
| 1.6.6 蛋白编码框预测 | 第79页 |
| 1.6.7 转座元件分析 | 第79页 |
| 1.6.8 可变剪切预测 | 第79-80页 |
| 1.6.9 基因复制预测 | 第80页 |
| 2 结果 | 第80-89页 |
| 2.1 数据预处理 | 第80页 |
| 2.2 序列拼接 | 第80-83页 |
| 2.3 基因注释 | 第83-86页 |
| 2.4 编码区预测 | 第86页 |
| 2.5 转座元件分析 | 第86-87页 |
| 2.6 可变剪切分析 | 第87-89页 |
| 2.7 基因加倍分析 | 第89页 |
| 3 分析与讨论 | 第89-93页 |
| 3.1 454 焦磷酸测序与 Illumina 测序的选择 | 第89-90页 |
| 3.2 可变剪切 | 第90-91页 |
| 3.3 基因加倍 | 第91-93页 |
| 第六章 总结与展望 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-105页 |
| 附录 | 第105-107页 |
| 附录1 半滑舌鳎 454 焦磷酸测序文库构建所有接头序列 | 第105-107页 |
| 致谢 | 第107-108页 |
| 个人简历 | 第108-109页 |
| 发表的学术论文 | 第109-110页 |
