| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 文献综述 | 第12-23页 |
| 1.对虾基因组学和转录组学的研究概况 | 第12-16页 |
| 1.1 对虾基因组学研究概况 | 第12页 |
| 1.2 对虾转录组学研究概况 | 第12-16页 |
| 1.2.1 转录组与转录组学定义 | 第13页 |
| 1.2.2 转录组的研究方法 | 第13-14页 |
| 1.2.3 转录组研究的意义 | 第14页 |
| 1.2.4 对虾转录组学研究进展 | 第14-16页 |
| 2 高通量测序技术简介 | 第16-20页 |
| 2.1 第一代测序技术 | 第16-17页 |
| 2.2 新一代测序技术 | 第17-19页 |
| 2.2.1 Illumina/Solexa 测序技术 | 第17-18页 |
| 2.2.2 Roche 454 焦磷酸测序技术 | 第18-19页 |
| 2.2.3 ABI SOLiD 测序技术 | 第19页 |
| 2.3 转录组测序技术简介 | 第19-20页 |
| 3 无脊椎动物 POU 基因家族的研究概况 | 第20-22页 |
| 3.1 POU 基因家族的定义 | 第20页 |
| 3.2 POU 基因家族的分类及其功能 | 第20-21页 |
| 3.3 无脊椎动物 POU 基因家族的研究状况 | 第21-22页 |
| 4 论文立题依据、研究内容和意义 | 第22-23页 |
| 第一章 日本囊对虾早期胚胎转录组的测序与分析 | 第23-46页 |
| 1 材料与方法 | 第24-29页 |
| 1.1 实验材料 | 第24-25页 |
| 1.1.1 实验动物 | 第24页 |
| 1.1.2 实验仪器 | 第24页 |
| 1.1.3 实验试剂 | 第24-25页 |
| 1.2 实验方法 | 第25-29页 |
| 1.2.0 试剂配制 | 第25页 |
| 1.2.1 总 RNA 的提取和检测 | 第25-26页 |
| 1.2.2 转录组文库的构建、库检及测序 | 第26-27页 |
| 1.2.3 Illumina 序列结果的生物信息学分析 | 第27页 |
| 1.2.4 原始数据处理 | 第27-28页 |
| 1.2.5 转录本拼接 | 第28页 |
| 1.2.6 Unigene 的功能注释 | 第28页 |
| 1.2.7 Unigene 的功能分类 | 第28-29页 |
| 2 结果 | 第29-44页 |
| 2.1 RNA 的提取与质量检测结果 | 第29-30页 |
| 2.2 原始测序数据的质量检测和评估结果 | 第30-32页 |
| 2.3 Illumina 测序结果 | 第32页 |
| 2.4 Trinity 拼接结果 | 第32-33页 |
| 2.5 Unigene 的功能注释 | 第33-34页 |
| 2.6 Unigene 的 GO 分类结果 | 第34-36页 |
| 2.7 Unigene 的 KOG 分类 | 第36-38页 |
| 2.8 Unigene 的 KEGG 分类 | 第38-40页 |
| 2.9 生长相关的功能基因 | 第40-44页 |
| 3 讨论 | 第44-46页 |
| 3.1 日本囊对虾早期胚胎转录组与其它虾类转录组的比较 | 第44-46页 |
| 第三章 日本囊对虾 POU3 基因的克隆与表达分析 | 第46-77页 |
| 1 材料与方法 | 第46-63页 |
| 1.1 实验材料 | 第46-47页 |
| 1.1.1 实验用虾 | 第46-47页 |
| 1.1.2 质粒 | 第47页 |
| 1.2 实验试剂及配制 | 第47-50页 |
| 1.2.1 实验仪器 | 第47页 |
| 1.2.2 实验试剂 | 第47-48页 |
| 1.2.3 实验试剂及其配制方法 | 第48-49页 |
| 1.2.4 引物序列 | 第49-50页 |
| 1.3 实验方法 | 第50-63页 |
| 1.3.1 Mj-POU3 基因的克隆 | 第50-56页 |
| 1.3.2 基因组 DNA 提取和 Mj-POU3 基因的克隆 | 第56-57页 |
| 1.3.3 对虾 POU3 基因的组织特异性表达分析 | 第57-59页 |
| 1.3.4 Mj-POU3 基因真核表达载体的构建 | 第59-63页 |
| 2 实验结果 | 第63-75页 |
| 2.1 日本囊对虾早期胚胎总 RNA 的提取结果 | 第63页 |
| 2.2 对虾 Mj-POU3 基因完整 ORF 的克隆结果及分析 | 第63-65页 |
| 2.3 对虾 Mj-POU3 基因编码蛋白的生物信息学分析 | 第65-72页 |
| 2.3.1 氨基酸序列分析 | 第65页 |
| 2.3.2 Mj-POU3 蛋白的信号肽预测 | 第65-66页 |
| 2.3.3 Mj-POU3 蛋白的跨膜区域预测 | 第66-67页 |
| 2.3.4 Mj-POU3 蛋白的疏水性分析 | 第67-68页 |
| 2.3.5 Mj-POU3 蛋白的功能域分析 | 第68页 |
| 2.3.6 Mj-POU3 蛋白的二级、三级结构预测 | 第68-69页 |
| 2.3.7 POU3 蛋白与其他物种的氨基酸序列比对及系统进化树分析 | 第69-72页 |
| 2.4 Mj-POU3 基因在基因组 DNA 中的扩增 | 第72-73页 |
| 2.5 Mj-POU3 基因在胚胎、肌肉和生殖腺中的差异表达 | 第73-74页 |
| 2.6 构建真核表达载体 pcDNA3.1-Ptctp-POU3 | 第74-75页 |
| 3. 讨论 | 第75-77页 |
| 3.1 Mj-POU3 基因及氨基酸序列特征 | 第75-76页 |
| 3.2 对虾 Mj-POU3 基因在不同组织的差异表达分析及功能探讨 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 个人简介 | 第86-87页 |
| 硕士期间文章 | 第87-88页 |
