| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 引言 | 第11-15页 |
| 1 CA24v 病毒的全基因测序 | 第15-28页 |
| 1.1 材料 | 第15-17页 |
| 1.1.1 细胞来源与毒株收集 | 第15-16页 |
| 1.1.2 试剂 | 第16页 |
| 1.1.3 仪器 | 第16-17页 |
| 1.2 方法 | 第17-23页 |
| 1.2.1 培养 Hep-2 细胞 | 第18-19页 |
| 1.2.2 病毒培养及增值 | 第19-20页 |
| 1.2.3 提取病毒 RNA | 第20页 |
| 1.2.4 设计 CA24v 病毒全序列扩增及测序引物 | 第20-21页 |
| 1.2.5 Real-time 荧光定量 RT-PCR 鉴定 | 第21-22页 |
| 1.2.6 CA24v 病毒全序列扩增 | 第22页 |
| 1.2.7 琼脂糖凝胶电泳 | 第22-23页 |
| 1.2.8 基因序列测定 | 第23页 |
| 1.3 结果 | 第23-26页 |
| 1.3.1 病毒增殖与 Real-time 荧光定量 RT-PCR 鉴定 | 第23-24页 |
| 1.3.2 RT-PCR 扩增与琼脂糖凝胶电泳 | 第24-25页 |
| 1.3.3 测序结果 | 第25-26页 |
| 1.3.4 基因序列拼接 | 第26页 |
| 1.4 讨论 | 第26-28页 |
| 2 CA24v 病毒的全序列分析 | 第28-51页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.1.1 Bioedit 软件 | 第28页 |
| 2.1.2 DNAstar 软件 | 第28页 |
| 2.1.3 Mega Version5.04 软件 | 第28-29页 |
| 2.1.4 PAML 软件 | 第29页 |
| 2.1.5 RDP3 软件 | 第29页 |
| 2.1.6 SimPlot3.5.1 软件 | 第29页 |
| 2.2 方法 | 第29-30页 |
| 2.2.1 基因序列来源 | 第29-30页 |
| 2.2.2 选择压力分析 | 第30页 |
| 2.2.3 其他分析 | 第30页 |
| 2.3 结果 | 第30-48页 |
| 2.3.1 全基因核苷酸及氨基酸序列的比较 | 第30-31页 |
| 2.3.2 VP4 基因 | 第31-32页 |
| 2.3.3 VP2 基因 | 第32页 |
| 2.3.4 VP3 基因 | 第32页 |
| 2.3.5 VP1 基因 | 第32-33页 |
| 2.3.6 2A 基因 | 第33页 |
| 2.3.7 2B 基因 | 第33-34页 |
| 2.3.8 2C 基因 | 第34页 |
| 2.3.9 3A 基因与 3B 基因 | 第34-35页 |
| 2.3.10 3C 基因 | 第35页 |
| 2.3.11 3D 基因 | 第35-40页 |
| 2.3.12 糖基化位点分析 | 第40-41页 |
| 2.3.13 分析各氨基酸位点熵值及其进化压力 | 第41-42页 |
| 2.3.14 遗传距离分析 | 第42-44页 |
| 2.3.15 重组分析 | 第44-45页 |
| 2.3.16 基因进化分析 | 第45-48页 |
| 2.4 讨论 | 第48-51页 |
| 3 CA24v 病毒的分子进化分析 | 第51-60页 |
| 3.1 引言 | 第51-52页 |
| 3.1.1 PAUP v4.0 生物软件 | 第51页 |
| 3.1.2 Modeltest v3.7 软件 | 第51页 |
| 3.1.3 Beast v1.6.2 软件 | 第51-52页 |
| 3.1.4 Mega v5.04 软件 | 第52页 |
| 3.2 方法 | 第52-54页 |
| 3.2.1 序列收集及整理 | 第52页 |
| 3.2.2 构建 MP 树 | 第52-53页 |
| 3.2.3 选择核苷酸替换模型 | 第53页 |
| 3.2.4 进化速率及分化时间的计算 | 第53-54页 |
| 3.3 结果 | 第54-58页 |
| 3.3.1 系统进化树的分析 | 第54-55页 |
| 3.3.2 选择 Modeltest3.7 生物软件核苷酸替换 | 第55页 |
| 3.3.3 计算 CA24 病毒的进化率及共同祖先 | 第55-58页 |
| 3.4 讨论 | 第58-60页 |
| 4 全文小结 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 附录A 综述 | 第65-74页 |
| 参考文献 | 第71-74页 |
| 在学研究成果 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
