| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-20页 |
| 1.1 基因组文库 | 第12-15页 |
| 1.1.1 基因组文库的发展 | 第12-14页 |
| 1.1.2 BAC文库的应用 | 第14-15页 |
| 1.2 物理图谱 | 第15-20页 |
| 1.2.1 物理图谱的构建 | 第15-17页 |
| 1.2.2 物理图谱的编辑 | 第17-18页 |
| 1.2.3 物理图谱的应用 | 第18-20页 |
| 2 明恢63和珍汕97物理图谱的构建和比较分析 | 第20-76页 |
| 2.1 前言 | 第20-22页 |
| 2.2 材料与方法 | 第22-29页 |
| 2.2.1 BAC文库构建,末端测序和指纹分析 | 第22-23页 |
| 2.2.2 物理图谱的组装 | 第23-24页 |
| 2.2.3 末端序列中细胞器DNA分析 | 第24页 |
| 2.2.4 末端序列中简单重复序列(SSR)分析 | 第24-25页 |
| 2.2.5 末端序列中重复序列分析 | 第25-26页 |
| 2.2.6 末端序列中替换、插入和缺失的检测 | 第26-27页 |
| 2.2.7 BAC-size结构变异的检测 | 第27页 |
| 2.2.8 比较物理图谱的构建和分析 | 第27-28页 |
| 2.2.9 资源的整合及利用 | 第28-29页 |
| 2.3 结果与分析 | 第29-70页 |
| 2.3.1 BAC文库构建,末端测序和指纹图谱 | 第29-30页 |
| 2.3.2 物理图谱组装 | 第30-32页 |
| 2.3.3 细胞器DNA分析 | 第32-33页 |
| 2.3.4 末端序列中的SSR分析 | 第33-39页 |
| 2.3.5 重复序列分析 | 第39-44页 |
| 2.3.6 替换、插入和缺失的检测 | 第44-49页 |
| 2.3.7 BAC-size结构变异检测 | 第49-56页 |
| 2.3.8 物理图谱的比较分析 | 第56-66页 |
| 2.3.9 禾本科内部共线性分析 | 第66-67页 |
| 2.3.10 物理图谱资源的整合及展示 | 第67-70页 |
| 2.4 讨论 | 第70-76页 |
| 2.4.1 MH63和ZS97与参考序列间的比较物理图谱 | 第70-71页 |
| 2.4.2 基因组序列间的差异 | 第71-74页 |
| 2.4.3 资源的整合和利用 | 第74-76页 |
| 3 稻曲病菌基因组资源的构建及分析 | 第76-101页 |
| 3.1 前言 | 第76-78页 |
| 3.2 材料和方法 | 第78-81页 |
| 3.2.1 BAC质粒抽提和末端测序 | 第78页 |
| 3.2.2 指纹分析、物理图谱组装和验证 | 第78-79页 |
| 3.2.3 末端序列中重复序列和SSR分析 | 第79-80页 |
| 3.2.4 末端序列的基因注释 | 第80页 |
| 3.2.5 比较分析 | 第80-81页 |
| 3.3 结果与分析 | 第81-98页 |
| 3.3.1 BAC末端测序 | 第81-82页 |
| 3.3.2 指纹分析和物理图谱的组装 | 第82-84页 |
| 3.3.3 物理图谱质量检测 | 第84-87页 |
| 3.3.4 末端序列中重复序列分析 | 第87-88页 |
| 3.3.5 末端序列中SSR分析 | 第88-90页 |
| 3.3.6 基因注释 | 第90-93页 |
| 3.3.7 比较基因组分析 | 第93-98页 |
| 3.4 讨论 | 第98-101页 |
| 4 稻瘟病菌BAC文库和物理图谱的构建 | 第101-110页 |
| 4.1 前言 | 第101-102页 |
| 4.2 材料和方法 | 第102-105页 |
| 4.2.1 高分子量基因组DNA的制备 | 第102-103页 |
| 4.2.2 部分酶切和大片段DNA的第一次筛选 | 第103-104页 |
| 4.2.3 大片段DNA的第二次筛选和洗脱回收 | 第104页 |
| 4.2.4 克隆载体的制备 | 第104页 |
| 4.2.5 BAC文库构建和插入片段检测 | 第104-105页 |
| 4.2.6 末端测序、指纹分析和物理图谱组装 | 第105页 |
| 4.2.7 全基因组序列的重新组装 | 第105页 |
| 4.3 结果与分析 | 第105-109页 |
| 4.3.1 BAC文库构建 | 第105-107页 |
| 4.3.2 BAC末端测序和物理图谱 | 第107-108页 |
| 4.3.3 稻瘟病菌序列的重新组装 | 第108-109页 |
| 4.4 讨论 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-119页 |
| 附录 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120页 |