| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1部分 文昌鱼肽聚糖识别蛋白BbtPGRP3的结构与功能研究 | 第12-108页 |
| 第1章 研究背景 | 第12-38页 |
| 1.1 引言 | 第12页 |
| 1.2 肽聚糖概述 | 第12-13页 |
| 1.3 肽聚糖识别蛋白 | 第13-22页 |
| 1.3.1 肽聚糖识别蛋白概述 | 第13-14页 |
| 1.3.2 无脊椎动物的肽聚糖识别蛋白 | 第14-18页 |
| 1.3.3 脊椎动物的肽聚糖识别蛋白 | 第18-19页 |
| 1.3.4 肽聚糖识别蛋白的进化起源 | 第19-20页 |
| 1.3.5 文昌鱼概述 | 第20-21页 |
| 1.3.6 文昌鱼肽聚糖识别蛋白 | 第21-22页 |
| 1.4 N-乙酰胞壁酸-L-丙氨酸酰胺酶 | 第22-32页 |
| 1.4.1 N-乙酰胞壁酸-L-丙氨酸酰胺酶概述 | 第22-23页 |
| 1.4.2 原核生物与噬菌体的酰胺酶的底物识别特异性与催化机制 | 第23-30页 |
| 1.4.3 真核生物肽聚糖识别蛋白的底物识别特异性与催化机制 | 第30-32页 |
| 1.5 几丁质结合蛋白 | 第32-37页 |
| 1.5.1 几丁质简介 | 第32-33页 |
| 1.5.2 糖结合模块与几丁质结合结构域 | 第33-35页 |
| 1.5.3 植物和无脊椎动物几丁质结合结构域的趋同进化 | 第35-37页 |
| 1.6 有待回答的科学问题 | 第37-38页 |
| 第2章 实验材料、设备与方法 | 第38-58页 |
| 2.1 实验材料与仪器设备 | 第38-39页 |
| 2.1.1 质粒、菌株 | 第38页 |
| 2.1.2 酶类及其它试剂 | 第38-39页 |
| 2.1.3 仪器设备 | 第39页 |
| 2.2 实验方法 | 第39-58页 |
| 2.2.1 大肠杆菌表达系统2BT重组质粒的构建 | 第39-41页 |
| 2.2.2 大肠杆菌表达系统中蛋白的超量表达与变复性纯化 | 第41-42页 |
| 2.2.3 圆二色光谱鉴定复性效果 | 第42-43页 |
| 2.2.4 蛋白质结晶、晶体优化及X射线衍射数据收集 | 第43-45页 |
| 2.2.4.1 晶体的优化与初筛 | 第43页 |
| 2.2.4.2 变复性PGRP3_2BT版本蛋白的结构解析及精修 | 第43-45页 |
| 2.2.5昆虫表达系统pAcGP67、pVL1393重组质粒的构建 | 第45-48页 |
| 2.2.6 昆虫表达系统中病毒的扩增 | 第48-49页 |
| 2.2.7 通过病毒空斑实验测定病毒滴度 | 第49页 |
| 2.2.8 昆虫表达系统中蛋白表达及纯化 | 第49-50页 |
| 2.2.9 蛋白质结晶、晶体优化及X射线衍射数据收集 | 第50-52页 |
| 2.2.9.1 晶体的优化与初筛 | 第50-51页 |
| 2.2.9.2 昆虫细胞表达的BbtPGRP3_linker版本的结构解析及精修 | 第51-52页 |
| 2.2.10 金属离子鉴定 | 第52页 |
| 2.2.11 用HADDOCK做分子对接模型 | 第52-53页 |
| 2.2.12 几丁质结合实验 | 第53页 |
| 2.2.13 酰胺酶活性实验 | 第53-56页 |
| 2.2.13.1 革兰氏阳性菌和阴性菌的不可溶肽聚糖的纯化 | 第53-54页 |
| 2.2.13.2 革兰氏阳性菌和阴性菌的不可溶肽聚糖的活性艳蓝染色标记 | 第54-55页 |
| 2.2.13.3 RBB染色法为基础的酰胺酶的肽聚糖水解活性实验 | 第55页 |
| 2.2.13.4 用HPLC测量BbtPGRP3对MPP的酰胺酶活性 | 第55-56页 |
| 2.2.14 肽聚糖结合实验 | 第56页 |
| 2.2.15 菌结合实验 | 第56-58页 |
| 第3章 结果与讨论 | 第58-94页 |
| 3.1 基于大肠杆菌表达系统进行的PGRP3_2BT的晶体学研究 | 第58-67页 |
| 3.1.1 PGRP3_2BT的序列分析 | 第58-59页 |
| 3.1.2 PGRP3_2BT的表达纯化 | 第59-61页 |
| 3.1.3 PGRP3_2BT的出晶条件及晶体优化 | 第61-63页 |
| 3.1.4 PGRP3_2BT晶体结构解析 | 第63-66页 |
| 3.1.5 PGRP3_2BT晶体结构分析 | 第66-67页 |
| 3.2 基于昆虫杆状病毒表达系统进行的BbtPGRP3的晶体学研究 | 第67-78页 |
| 3.2.1 BbtPGRP3_pAcGP67和BbtPGRP3-pVL1393的序列分析 | 第67-68页 |
| 3.2.2 BbtPGRP3_pAcGP67和BbtPGRP3_pVL1393的表达纯化 | 第68-71页 |
| 3.2.3 BbtPGRP3_pAcGP67和BbtPGRP3_pVL1393的稳定性检测 | 第71-72页 |
| 3.2.4 BbtPGRP3_pAcGP67的出晶条件及晶体优化 | 第72-73页 |
| 3.2.5 linker区域截短版本BbtPGRP3-linker_pAcGP67的构建及表达纯化 | 第73-74页 |
| 3.2.6 BbtPGRP3-linker_pAcGP67的出晶条件及优化 | 第74-76页 |
| 3.2.7 BbtPGRP3-linker_pAcGP67的晶体结构解析 | 第76-78页 |
| 3.3 BbtPGRP3的结构与功能 | 第78-92页 |
| 3.3.1 BbtPGRP3的整体结构 | 第78-79页 |
| 3.3.2 BbtPGRP3的N端几丁质结合结构域的结构与功能 | 第79-84页 |
| 3.3.3 BbtPGRP3的C端肽聚糖识别结构域的结构与功能 | 第84-90页 |
| 3.3.4 BbtPGRP3的N端与C端结构域之间的协同效应 | 第90-91页 |
| 3.3.5 BbtPGRP3演化过程的推测 | 第91-92页 |
| 3.4 本章小结 | 第92页 |
| 3.5 下一步研究计划 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-108页 |
| 第2部分 参与的其他工作 | 第108-114页 |
| 第4章 硫氧还蛋白相互作用蛋白Txnip的结构研究 | 第108-112页 |
| 4.1 简单背景介绍 | 第108-109页 |
| 4.2 实验进展 | 第109-110页 |
| 4.3 文献报道的Trx-Txnip复合物结构 | 第110页 |
| 4.4 主要经验教训 | 第110-112页 |
| 参考文献 | 第112-114页 |
| 附录 | 第114-134页 |
| A：2BT、pAcGP67、pVL1393、pET28a载体图谱 | 第114-117页 |
| B：常规试剂和实验仪器 | 第117-118页 |
| C：引物设计原则 | 第118-119页 |
| D：PCR反应及产物回收 | 第119-121页 |
| E：酶切、连接及转化 | 第121-122页 |
| F：质粒抽提 | 第122页 |
| G：琼脂糖凝胶电泳 | 第122-123页 |
| H：培养基配置 | 第123-124页 |
| I：大肠杆菌感受态制备 | 第124页 |
| J：聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE) | 第124-125页 |
| K：蛋白质纯化原理 | 第125-127页 |
| L：蛋白酶介绍 | 第127页 |
| M：蛋白质结晶原理 | 第127-128页 |
| N：HKL2000处理数据步骤 | 第128-131页 |
| O：昆虫Sf9细胞的复苏、传代、驯化、冻存和计数 | 第131-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
| 攻读学位期间已发表的学术论文与参加的学术会议 | 第136页 |
