| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略语表 | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1 壮体长春鳊简介 | 第13页 |
| 2 团头鲂简介 | 第13-14页 |
| 3 鱼类线粒体基因组研究概况 | 第14-16页 |
| 3.1 mtDNA在鱼类系统学中的应用 | 第15-16页 |
| 3.2 mtDNA在鱼类分子群体遗传学中的应用 | 第16页 |
| 4 鱼类转录组学研究概况 | 第16-19页 |
| 4.1 高通量测序技术 | 第17页 |
| 4.2 转录组学在鱼类研究中的应用 | 第17-19页 |
| 5 密码子使用偏好性研究概况 | 第19-23页 |
| 5.1 密码子偏性的影响因素 | 第20-21页 |
| 5.2 密码子使用偏好性指标 | 第21-22页 |
| 5.3 密码子使用偏好性研究意义 | 第22-23页 |
| 6 本研究的目的意义 | 第23-24页 |
| 第二章 壮体长春鳊线粒体基因组全长测定及分析 | 第24-33页 |
| 1 材料与方法 | 第24-28页 |
| 1.1 样品采集 | 第24页 |
| 1.2 总DNA提取 | 第24-25页 |
| 1.3 样品DNA的琼脂糖检测 | 第25页 |
| 1.4 引物设计与优化 | 第25-27页 |
| 1.5 目的产物测序与序列分析 | 第27页 |
| 1.6 系统发育分析 | 第27-28页 |
| 2 结果与分析 | 第28-32页 |
| 2.1 基因组结构分析 | 第28-31页 |
| 2.2 系统发育分析 | 第31-32页 |
| 3 讨论 | 第32-33页 |
| 3.1 线粒体基因组全序列分析 | 第32页 |
| 3.2 鲌亚科系统发育分析 | 第32-33页 |
| 第三章 基于团头鲂线粒体基因组的密码子偏好分析 | 第33-43页 |
| 1 材料与方法 | 第33-34页 |
| 1.1 序列数据 | 第33页 |
| 1.2 密码子使用指标 | 第33-34页 |
| 1.3 聚类分析与主成分分析 | 第34页 |
| 2 结果与分析 | 第34-42页 |
| 2.1 团头鲂线粒体基因的密码子使用分析 | 第34-35页 |
| 2.2 团头鲂与其它鲌亚科鱼类线粒体基因的密码子使用比较分析 | 第35-36页 |
| 2.3 鲌亚科鱼类密码子偏好性聚类分析与主成分分析 | 第36-42页 |
| 3 讨论 | 第42-43页 |
| 3.1 鲌亚科鱼类密码子偏好性 | 第42页 |
| 3.2 鲌亚科鱼类进化 | 第42-43页 |
| 第四章 基于团头鲂转录组数据的密码子偏好模型分析 | 第43-65页 |
| 1 材料与方法 | 第43-47页 |
| 1.1 序列数据筛选 | 第43-44页 |
| 1.2 密码子使用指标 | 第44-45页 |
| 1.3 零模型假设 | 第45页 |
| 1.4 识别高频密码子、偏好使用和避免使用密码子 | 第45页 |
| 1.5 识别高频密码子对、偏好使用和避免使用密码子对 | 第45-46页 |
| 1.6 相邻密码子对使用残值 | 第46页 |
| 1.7 KLD值 | 第46页 |
| 1.8 相对频率的计算 | 第46页 |
| 1.9 基因本体学分析 | 第46-47页 |
| 1.10 聚类及主成分分析 | 第47页 |
| 2 结果与分析 | 第47-62页 |
| 2.1 团头鲂密码子的使用分析 | 第47-50页 |
| 2.2 团头鲂密码子对的使用分析 | 第50-51页 |
| 2.3 基于团头鲂基因不同位置的密码子分析 | 第51-55页 |
| 2.4 基于团头鲂不同基因间的密码子分析 | 第55-57页 |
| 2.5 脊柱动物密码子使用模型的比较分析 | 第57-62页 |
| 3 讨论 | 第62-65页 |
| 3.1 团头鲂密码子使用偏好 | 第62页 |
| 3.2 团头鲂密码子对使用偏好 | 第62-63页 |
| 3.3 基因不同位置密码子偏好性 | 第63页 |
| 3.4 不同基因密码子偏好性 | 第63-64页 |
| 3.5 脊椎动物进化估计 | 第64-65页 |
| 总结 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-73页 |
| 附录1攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
