| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第19-30页 |
| 1.1 引言 | 第19-20页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第19页 |
| 1.1.2 研究目的和意义 | 第19-20页 |
| 1.1.3 项目来源与经费支持 | 第20页 |
| 1.2 杜仲的研究进展 | 第20-24页 |
| 1.2.1 杜仲的形态特征 | 第20-21页 |
| 1.2.2 杜仲的系统发育地位 | 第21页 |
| 1.2.3 杜仲的环境适应性 | 第21-23页 |
| 1.2.4 杜仲的药用成分 | 第23-24页 |
| 1.2.5 杜仲橡胶 | 第24页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第24-27页 |
| 1.3.1 高通量测序技术的类型 | 第24-27页 |
| 1.3.2 高通量测序技术在植物基因组中的应用 | 第27页 |
| 1.4 研究目标和主要研究内容 | 第27-29页 |
| 1.4.1 研究目标 | 第27页 |
| 1.4.2 主要研究内容 | 第27-29页 |
| 1.5 技术路线 | 第29-30页 |
| 第二章 材料与方法 | 第30-42页 |
| 2.1 试验材料 | 第30页 |
| 2.1.1 测序样品 | 第30页 |
| 2.1.2 试验仪器与设备 | 第30页 |
| 2.1.3 试验试剂 | 第30页 |
| 2.2 试验方法 | 第30-42页 |
| 2.2.1 杜仲基因组的测序 | 第30-32页 |
| 2.2.2 杜仲基因组的组装 | 第32-34页 |
| 2.2.3 杜仲基因组的测序评估 | 第34-35页 |
| 2.2.4 杜仲基因组的注释 | 第35-37页 |
| 2.2.5 杜仲叶绿基因组的获得 | 第37-39页 |
| 2.2.6 杜仲基因组的进化 | 第39-40页 |
| 2.2.7 杜仲生物特性相关基因及在其他物种中的鉴定 | 第40-42页 |
| 第三章 结果与分析 | 第42-109页 |
| 3.1 杜仲基因组测序 | 第42-46页 |
| 3.1.1 杜仲测序样品的选择与DNA提取 | 第42页 |
| 3.1.2 杜仲基因组的调查分析 | 第42-43页 |
| 3.1.3 杜仲基因组的测序及质量控制 | 第43-46页 |
| 3.2 杜仲基因组的组装 | 第46-53页 |
| 3.2.1 杜仲基因组的组装 | 第46页 |
| 3.2.2 单分子光学图谱辅助组装杜仲基因组 | 第46-48页 |
| 3.2.3 杜仲基因组组装的质量评估 | 第48-53页 |
| 3.3 杜仲基因组注释 | 第53-62页 |
| 3.3.1 杜仲重复序列注释 | 第53-58页 |
| 3.3.2 杜仲蛋白编码基因的注释 | 第58-59页 |
| 3.3.3 杜仲蛋白编码基因的功能注释 | 第59-61页 |
| 3.3.4 杜仲非编码RNA基因注释 | 第61-62页 |
| 3.3.5 杜仲转录因子和转录调控子的注释 | 第62页 |
| 3.4 杜仲叶绿体基因组的组装、注释及分析 | 第62-76页 |
| 3.4.1 杜仲叶绿体基因组的组装 | 第62-64页 |
| 3.4.2 杜仲叶绿体基因组的基本特征 | 第64-67页 |
| 3.4.3 杜仲叶绿体基因组重复序列分析 | 第67-71页 |
| 3.4.4 杜仲叶绿体基因组的扩张与收缩 | 第71-73页 |
| 3.4.5 杜仲叶绿体基因组序列相似性分析 | 第73页 |
| 3.4.6 杜仲叶绿体基因组的结构比较分析 | 第73-74页 |
| 3.4.7 杜仲叶绿体基因组序列变异变异分析 | 第74-76页 |
| 3.5 杜仲系统进化分析 | 第76-88页 |
| 3.5.1 杜仲特异基因组家族和特异基因的鉴定 | 第76-78页 |
| 3.5.2 菊分支特异基因家族的鉴定 | 第78页 |
| 3.5.3 杜仲基因家族的收缩和扩张 | 第78-80页 |
| 3.5.4 杜仲系统进化分析及分化时间估算 | 第80-86页 |
| 3.5.5 杜仲的全基因组复制事件 | 第86-87页 |
| 3.5.6 基因组的共线性分析 | 第87-88页 |
| 3.6 杜仲适应性的分子基础 | 第88-102页 |
| 3.6.1 杜仲特异基因及扩张基因的GO富集分析 | 第88-89页 |
| 3.6.2 胁迫相关基因的鉴定 | 第89-102页 |
| 3.7 杜仲橡胶的生物合成研究 | 第102-109页 |
| 3.7.1 杜仲橡胶合成相关基因的扩张 | 第102-103页 |
| 3.7.2 杜仲橡胶生物合成的起源研究 | 第103-104页 |
| 3.7.3 杜仲橡胶生物合成的模式 | 第104-109页 |
| 第四章 结论与讨论 | 第109-119页 |
| 4.1 结论 | 第109-110页 |
| 4.2 讨论 | 第110-118页 |
| 4.2.1 杜仲基因组的测序、组装及注释 | 第110-112页 |
| 4.2.2 杜仲系统进化地位的确定 | 第112-113页 |
| 4.2.3 杜仲环境适应性的分子基础 | 第113-114页 |
| 4.2.4 杜仲橡胶与三叶橡胶生物合成的模式 | 第114-118页 |
| 4.3 展望 | 第118页 |
| 4.4 创新点 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-136页 |
| 附录 | 第136-156页 |
| 在读期间的学术研究 | 第156-158页 |
| 致谢 | 第158页 |