| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 1 引言 | 第11-29页 |
| 1.1 微生物基因组学 | 第11-12页 |
| 1.2 乳酸菌基因组学 | 第12-13页 |
| 1.3 乳酸菌基因组基本特征 | 第13-14页 |
| 1.4 乳酸菌泛基因组和核心基因组 | 第14-15页 |
| 1.5 乳酸菌基因组进化 | 第15-20页 |
| 1.5.1 基因丢失 | 第15-16页 |
| 1.5.2 水平基因转移 | 第16-19页 |
| 1.5.3 单核苷酸多态性 | 第19-20页 |
| 1.6 乳酸菌质粒的生理学 | 第20-22页 |
| 1.6.1 环形质粒 | 第20-22页 |
| 1.6.2 线性质粒 | 第22页 |
| 1.7 乳酸菌对特异性生存环境的适应 | 第22-27页 |
| 1.7.1 乳酸菌对肠道环境的适应 | 第22-26页 |
| 1.7.2 乳酸菌对乳环境的适应 | 第26-27页 |
| 1.8 L.plantarum P-8研究背景 | 第27-29页 |
| 1.8.1 L.plantarum P-8的益生特性研究 | 第27-28页 |
| 1.8.2 L.plantarum P-8的基因组学研究 | 第28-29页 |
| 2 材料与方法 | 第29-39页 |
| 2.1 试验材料 | 第29页 |
| 2.1.1 菌株 | 第29页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第29页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第29页 |
| 2.2 试验方法 | 第29-39页 |
| 2.2.1 试验样品信息和采集方法 | 第29-30页 |
| 2.2.2 试验设计 | 第30-32页 |
| 2.2.3 粪便样品总DNA的提取 | 第32页 |
| 2.2.4 实时荧光定量PCR | 第32-33页 |
| 2.2.5 L.plantarum P-8的重新分离和全基因组测序 | 第33-34页 |
| 2.2.6 生物信息学分析 | 第34-36页 |
| 2.2.7 核酸序列登录号 | 第36页 |
| 2.2.8 L.plantarum P-8分离株质粒携带基因缺失验证 | 第36-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-71页 |
| 3.1 实时荧光定量PCR结果分析 | 第39-41页 |
| 3.2 L.plantarum P-8重新分离株全基因组测序结果分析 | 第41-71页 |
| 3.2.1 L.plantarum P-8重新分离结果分析 | 第41-47页 |
| 3.2.2 单核苷酸多态性分析 | 第47-48页 |
| 3.2.3 基因组变化分析 | 第48-51页 |
| 3.2.4 基因缺失分析 | 第51-69页 |
| 3.2.5 L.plantarum P-8分离株质粒携带基因缺失验证 | 第69-71页 |
| 4 讨论 | 第71-75页 |
| 5 结论 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-91页 |
| 作者简介 | 第91-92页 |
