| 目录 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 1 前言 分子模拟的理论基础 | 第9-19页 |
| ·分子力场的理论基础 | 第9-12页 |
| ·分子动力学计算的基本原理和方法 | 第12-16页 |
| ·模拟中的积分方法 | 第12-13页 |
| ·周期性和非周期性边界条件 | 第13-14页 |
| ·系综条件 | 第14页 |
| ·模拟中体系温度和压力的耦合 | 第14-15页 |
| ·模拟中的水模型 | 第15-16页 |
| ·蛋白-蛋白分子对接的基本原理和方法 | 第16-18页 |
| ·本论文研究内容 | 第18-19页 |
| 2 分子动力学方法对于蛋白化学交联结果的预测和验证 | 第19-47页 |
| ·蛋白质的化学交联反应和计算预测方法概述 | 第19-29页 |
| ·基于生物质谱的化学交联多肽鉴定技术的介绍 | 第19-24页 |
| ·蛋白中可交联残基对的预测方法研究现状 | 第24-29页 |
| ·基于分子动力学计算蛋白交联残基对的方法建立 | 第29-41页 |
| ·研究方法和流程介绍 | 第29-33页 |
| ·用基准训练集对XLMD方法关键参数的优化 | 第33-38页 |
| ·基于分子动力学的XLMD预测方法与现有方法的比较 | 第38-41页 |
| ·基于分子动力学的XLMD预测方法在复杂蛋白中的应用 | 第41-45页 |
| ·BSA和Aldolase蛋白质谱交联结果的分析 | 第41-42页 |
| ·BSA和Aldolase蛋白质XLMD方法预测的结果和分析 | 第42-45页 |
| ·小结 | 第45-47页 |
| 3 PPARγ配体抑制PPARγ磷酸化的作用机理研究 | 第47-81页 |
| ·PPARγ作为糖尿病药物靶标和其配体作用机理的简介 | 第47-59页 |
| ·转录因子PPARγ的生物学功能和小分子药物 | 第47-48页 |
| ·PPARγ的激动剂用于治疗糖尿病的机制 | 第48-50页 |
| ·CDK5介导的PPARγ磷酸化和PPARγ配体的抑制作用 | 第50-57页 |
| ·抑制PPARγ磷酸化在糖尿病治疗中的意义 | 第57-59页 |
| ·研究材料和方法 | 第59-64页 |
| ·理论计算部分的方法 | 第59-62页 |
| ·实验部分的材料与方法 | 第62-64页 |
| ·研究结果及讨论 | 第64-79页 |
| ·PPARγ结合配体前后结构和动力学特点的比较 | 第64-67页 |
| ·PPARγ和CDK5/p25结合方式的计算筛选和分析验证 | 第67-71页 |
| ·基于质谱的PPARγ和CDK5/p25化学交联结果的分析 | 第71-74页 |
| ·PPARγ和CDK5/p25结合能力的实验验证 | 第74-77页 |
| ·XLMD方法对于质谱交联结果的分析和结合模式的验证 | 第77-79页 |
| ·小结 | 第79-81页 |
| 4 结论 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-91页 |
| 附录一 | 第91-92页 |
| 附录二 | 第92-98页 |
| 致谢 | 第98-100页 |
