| 中文摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-18页 |
| 第一章 综述 | 第18-28页 |
| ·引言 | 第18页 |
| ·分子动力学模拟和药物发现 | 第18-21页 |
| ·分子动力学模拟确定配体的结合位点 | 第21页 |
| ·RCS:提高预测配体正确结合的概率的柔性对接方法 | 第21-22页 |
| ·分子动力学模拟计算结合自由能 | 第22-24页 |
| ·分子动力学的缺陷 | 第24页 |
| ·本文结构 | 第24-26页 |
| 参考文献 | 第26-28页 |
| 第二章 理论基础 | 第28-50页 |
| ·分子力场 | 第28-36页 |
| ·溶剂化效应 | 第36-45页 |
| ·Poisson-Boltzmann(PB)模型 | 第38-40页 |
| ·Generalized-Born(GB)模型 | 第40-45页 |
| 参考文献 | 第45-50页 |
| 第三章 dRESP极化电荷的发展 | 第50-75页 |
| ·分子碎片共轭帽法(MFCC) | 第50-53页 |
| ·dRESP的理论基础 | 第53-57页 |
| ·电荷的极化效应 | 第57-61页 |
| ·计算Ace-LKGET-Nme多肽的RESP/dRESP极化电荷 | 第61-69页 |
| ·计算方法 | 第63页 |
| ·计算结果 | 第63-69页 |
| ·总结和结果讨论 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-75页 |
| 第四章 MM/PBSA方法结合dRESP极化电荷预测streptavidin/biotin(BTN)体系的结合自由能 | 第75-105页 |
| ·引言 | 第76-77页 |
| ·结合自由能的计算方法 | 第77-85页 |
| ·自由能微扰法 | 第77-79页 |
| ·热力学循环法 | 第79-80页 |
| ·线性相互作用能方法 | 第80-81页 |
| ·MM/PBSA计算自由能方法 | 第81-85页 |
| ·MM/PBSA方法结合dRESP极化电荷预测BTN与streptavidin及其突变体之间的结合自由能 | 第85-101页 |
| ·体系的选择 | 第85-86页 |
| ·Streptavidin/BTN体系的介绍 | 第86-88页 |
| ·Streptavidin/BTN之间氢键网络的研究 | 第88-89页 |
| ·体系的计算和计算参数的选择 | 第89-90页 |
| ·计算结果和讨论 | 第90-100页 |
| ·总结 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-105页 |
| 第五章 计算机模拟在Cytochrome P450(CYP)2J2抑制剂发现过程中的应用 | 第105-131页 |
| ·引言 | 第105-106页 |
| ·分子对接 | 第106-115页 |
| ·分子对接的理论基础 | 第107-109页 |
| ·分子对接软件 | 第109-115页 |
| ·实验和理论计算方法结合筛选CYP2J2体系的抑制剂 | 第115-126页 |
| ·CYP2J2代谢底物的选取 | 第115-116页 |
| ·Telmisartan和Flunarizine选择性地抑制CYP2J2的催化反应 | 第116-118页 |
| ·Telmisartan和Flunarizine不是CYP2J2的底物 | 第118页 |
| ·CYP2J2抑制剂telmisartan和flunarizine采用不同的作用模型 | 第118-120页 |
| ·分子动力学模拟揭示telmisartan和flunarizine的抑制机理 | 第120-126页 |
| ·总结和讨论 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-131页 |
| 第六章 总结与展望 | 第131-133页 |
| ·本文的创新点 | 第131页 |
| ·未来和展望 | 第131-133页 |
| 博士期间发表文献 | 第133-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
