| 中文摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 英文缩略词 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-26页 |
| ·前言 | 第13页 |
| ·低氧适应的生理特征 | 第13-14页 |
| ·低氧适应的遗传学机制 | 第14-15页 |
| ·低氧适应基因表达调控和低氧适应相关信号通路 | 第15-17页 |
| ·DNA甲基化在低氧适应中的作用 | 第17-19页 |
| ·获得基因组甲基化图谱的方法 | 第19-23页 |
| ·基于富集的方法 | 第20-21页 |
| ·基于亚硫酸氢盐测序的方法 | 第21-22页 |
| ·基于限制性酶切的方法 | 第22页 |
| ·不同获得DNA甲基化图谱方法的比较 | 第22-23页 |
| ·表观修饰相关酶 | 第23-25页 |
| ·本研究思路 | 第25-26页 |
| 第二章 MeDIP-Seq方法筛选藏猪高原适应性相关甲基化区域 | 第26-50页 |
| ·引言 | 第26页 |
| ·材料与方法 | 第26-29页 |
| ·实验动物 | 第26页 |
| ·基因组DNA抽提与质检 | 第26-27页 |
| ·MeDIP-Seq测序文库的构建与质检 | 第27页 |
| ·上机测序 | 第27页 |
| ·数据分析 | 第27-29页 |
| ·结果与分析 | 第29-47页 |
| ·DNA质量 | 第29-30页 |
| ·文库质检 | 第30-31页 |
| ·数据量和数据质量 | 第31-32页 |
| ·有效Reads统计 | 第32-33页 |
| ·基因组mapping结果 | 第33-34页 |
| ·Peak统计 | 第34-35页 |
| ·甲基化水平的聚类及分布分析 | 第35-37页 |
| ·DMRs分析 | 第37-47页 |
| ·讨论与结论 | 第47-50页 |
| ·猪基因组注释及已报道低氧适应相关基因 | 第47-48页 |
| ·低氧适应相关功能分类与信号通路 | 第48-50页 |
| 第三章 MeDIP-Seq准确性验证 | 第50-72页 |
| ·引言 | 第50页 |
| ·材料与方法 | 第50-58页 |
| ·试验动物及基因、DMR和DEG基因的选择 | 第50页 |
| ·主要仪器设备 | 第50-51页 |
| ·主要试剂及溶液 | 第51页 |
| ·基因组DNA提取 | 第51-52页 |
| ·DNA亚硫酸氢盐转换PCR | 第52-55页 |
| ·RNA提取及反转录成cDNA | 第55页 |
| ·检测cDNA有效性 | 第55页 |
| ·引物设计 | 第55-56页 |
| ·mRNA荧光定量PCR | 第56-58页 |
| ·结果与分析 | 第58-70页 |
| ·差异甲基化验证 | 第58-65页 |
| ·mRNA表达量验证 | 第65-70页 |
| ·讨论与结论 | 第70-72页 |
| ·验证结果讨论 | 第70-71页 |
| ·候选基因功能讨论 | 第71-72页 |
| 第四章 基因组DNA甲基化检测及表观修饰酶表达分析 | 第72-93页 |
| ·引言 | 第72页 |
| ·材料与方法 | 第72-77页 |
| ·实验个体的选择 | 第72页 |
| ·主要仪器设备 | 第72-73页 |
| ·主要试剂及溶液 | 第73页 |
| ·基因组DNA提取 | 第73页 |
| ·总体5-mC水平定量 | 第73-75页 |
| ·RNA提取 | 第75页 |
| ·RNA反转录成cDNA | 第75-76页 |
| ·检测cDNA有效性 | 第76页 |
| ·引物设计 | 第76页 |
| ·mRNA半定量方法 | 第76-77页 |
| ·mRNA荧光定量PCR | 第77页 |
| ·结果与分析 | 第77-91页 |
| ·心脏DNA总体甲基化水平定量结果 | 第77-79页 |
| ·半定量结果 | 第79-81页 |
| ·荧光定量结果 | 第81-91页 |
| ·讨论与结论 | 第91-93页 |
| ·表观修饰酶表达的组织特异性 | 第91-92页 |
| ·表观修饰酶表达之间的关系 | 第92-93页 |
| 第五章 结论 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-105页 |
| 致谢 | 第105-107页 |
| 附录 | 第107-125页 |
| 作者简历 | 第125页 |