| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-26页 |
| ·第二代测序技术的原理及流程 | 第14-20页 |
| ·Illumina/Solexa 测序技术 | 第14-16页 |
| ·Roche/454 测序技术 | 第16-18页 |
| ·ABI/Solid 测序技术 | 第18-20页 |
| ·第三代 DNA 测序技术 | 第20-23页 |
| ·HeliScope 单分子测序 | 第20-21页 |
| ·单分子实时合成测序 | 第21页 |
| ·荧光共振能量转移测序法 | 第21-22页 |
| ·纳米孔测序法 | 第22页 |
| ·离子激流测序法 | 第22-23页 |
| ·本论文研究的背景及意义 | 第23-26页 |
| ·研究的背景 | 第23-24页 |
| ·本文研究的内容 | 第24-26页 |
| 第二章 Klebsiella pneumoniae 的质粒去除 | 第26-34页 |
| 引言 | 第26页 |
| ·实验材料 | 第26-27页 |
| ·实验方法 | 第27页 |
| ·质粒抽提 | 第27页 |
| ·质粒消除实验方法 | 第27页 |
| ·菌种遗传特性的鉴定 | 第27页 |
| ·结果与分析 | 第27-32页 |
| ·菌种的生理特性 | 第27-30页 |
| ·高温以及添加 SDS 对质粒消除的影响 | 第30-31页 |
| ·荚膜基因敲除等内源条件对质粒消除的影响 | 第31-32页 |
| ·本章小结 | 第32-34页 |
| 第三章 基于 illinuma 测序数据的从头拼接研究 | 第34-51页 |
| 引言 | 第34-35页 |
| ·实验材料 | 第35-40页 |
| ·实验数据 | 第35-37页 |
| ·测序数据的基本处理流程 | 第37-38页 |
| ·实验拼接软件 | 第38-40页 |
| ·实验方法 | 第40-43页 |
| ·原始测序数据的预处理 | 第40页 |
| ·从头拼接 | 第40-43页 |
| ·拼接结果验证 | 第43页 |
| ·结果与分析 | 第43-50页 |
| ·数据 Reads 统计结果 | 第43页 |
| ·Velvet 拼接结果 | 第43-45页 |
| ·ABySS 拼接结果 | 第45-46页 |
| ·SOAPdenovo 拼接结果 | 第46-47页 |
| ·Velvet,ABySS,SOAPdenov 拼接结果的比较 | 第47-49页 |
| ·Velvet ,ABySS,SOAPdenov 拼接准确度比较 | 第49-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第四章 基于参考基因的指导拼接研究 | 第51-57页 |
| 引言 | 第51页 |
| ·实验材料 | 第51-52页 |
| ·实验数据 | 第51页 |
| ·实验软件 | 第51-52页 |
| ·实验方法 | 第52-53页 |
| ·由 contigs 形成 scaffolds | 第52页 |
| ·链接重叠断点 | 第52页 |
| ·PCR 连接断点 | 第52-53页 |
| ·结果与分析 | 第53-56页 |
| ·constigs 形成 scaffolds 结果 | 第53-54页 |
| ·断点 PCR 结果 | 第54-56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第五章 筛选最佳参考基因 | 第57-62页 |
| 引言 | 第57页 |
| ·实验材料 | 第57页 |
| ·实验数据 | 第57页 |
| ·实验软件 | 第57页 |
| ·实验方法 | 第57-58页 |
| ·BLAST 同源比对 | 第57-58页 |
| ·16SrDNA 进化树分析 | 第58页 |
| ·原始数据覆盖分布比较 | 第58页 |
| ·结果与分析 | 第58-61页 |
| ·BLAST 比对结果 | 第58页 |
| ·16SrDNA 进化树分析 | 第58-59页 |
| ·原始测序深度分布结果 | 第59-61页 |
| ·本章小结 | 第61-62页 |
| 第六章 总结与展望 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 附录 | 第70-73页 |
| 致谢 | 第73页 |
