| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 1 前言 | 第12-26页 |
| ·南太平洋环流区的特点 | 第12-13页 |
| ·综合大洋钻探计划 | 第13-15页 |
| ·南太平洋环流表层水微生物群落多样性的研究意义 | 第15页 |
| ·海洋微生物难以进行传统培养 | 第15-16页 |
| ·分子生物学技术研究海洋微生物多样性 | 第16-21页 |
| ·基于 16S rRNA 基因的克隆文库 | 第16-19页 |
| ·荧光原位杂交技术 | 第19-20页 |
| ·扩增性 rDNA 限制酶切片段分析（ARDRA） | 第20页 |
| ·末端限制性片段长度多态性（T-RFLP） | 第20页 |
| ·扩增酶切片段长度多态性（AFLP） | 第20-21页 |
| ·基于 PCR 的单链构象多态性（PCR-SSCP） | 第21页 |
| ·变性梯度凝胶电泳（DGGE） | 第21页 |
| ·荧光定量 PCR | 第21-23页 |
| ·微生物多样性的系统发育和统计学分析 | 第23-25页 |
| ·可操作分类单元 | 第23-24页 |
| ·系统发育树 | 第24页 |
| ·UNIFRAC | 第24-25页 |
| ·本论文研究的目的与意义 | 第25-26页 |
| 2 材料与方法 | 第26-39页 |
| ·培养基 | 第26页 |
| ·主要仪器 | 第26-27页 |
| ·样品采集 | 第27页 |
| ·样品处理 | 第27-28页 |
| ·海水抽滤 | 第28页 |
| ·海水涂布 | 第28页 |
| ·细菌、古菌 16S rRNA 基因克隆文库的建立 | 第28-32页 |
| ·海水样品总环境 DNA 的提取 | 第28-29页 |
| ·16S rRNA 基因片段的扩增 | 第29-30页 |
| ·扩增产物的检测及纯化 | 第30页 |
| ·PCR 产物的连接与转化 | 第30-32页 |
| ·荧光定量 PCR 检测各个主要类群 | 第32-34页 |
| ·可培养新菌的分离纯化 | 第34-36页 |
| ·菌种的活化 | 第34页 |
| ·菌种的纯化 | 第34页 |
| ·接斜面 | 第34页 |
| ·菌种保藏 | 第34页 |
| ·细菌染色体 DNA 的提取 | 第34-36页 |
| ·PCR 扩增 16S rDNA 片段 | 第36页 |
| ·电泳检测 PCR 产物 | 第36页 |
| ·疑似新菌进行克隆 | 第36页 |
| ·微生物多样性的统计学和生物信息学分析 | 第36-39页 |
| ·测序结果分析 | 第36-37页 |
| ·可操作分类单元 | 第37页 |
| ·建立系统发育树 | 第37-38页 |
| ·16S rRNA 基因克隆文库的聚类分析 | 第38页 |
| ·荧光定量 PCR 的数据分析[41] | 第38-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-59页 |
| ·环境样品总 DNA 扩增产物电泳结果 | 第39页 |
| ·细菌 16S rRNA 基因克隆文库 | 第39-50页 |
| ·16S rRNA 基因克隆文库 OTUs 总分析 | 第39-41页 |
| ·变形菌门多样性分析 | 第41-42页 |
| ·蓝细菌门多样性分析 | 第42页 |
| ·拟杆菌门的多样性 | 第42页 |
| ·放线菌门、疣微菌门和未分类的细菌 | 第42-43页 |
| ·四个站位的细菌克隆文库小结 | 第43-47页 |
| ·细菌克隆文库系统发育树的构建 | 第47-50页 |
| ·古菌 16S rRNA 基因克隆文库 | 第50-52页 |
| ·古菌 16S rRNA 基因克隆文库分析 | 第50页 |
| ·古菌系统发育树的构建 | 第50-52页 |
| ·qPCR | 第52-53页 |
| ·可培养细菌的多样性 | 第53-58页 |
| ·16S rRNA 基因克隆文库的聚类分析 | 第58-59页 |
| 4 讨论 | 第59-64页 |
| ·非培养微生物群落的研究方法 | 第60页 |
| ·SPG 的低生物量 | 第60-61页 |
| ·从中央环流到南部边缘 SPG 的变化 | 第61-62页 |
| ·SPG 独特的微生物群落结构 | 第62-64页 |
| 结论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 个人简历 | 第74页 |
| 发表和参与的学术论文 | 第74页 |
