| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 1 绪论 | 第9-23页 |
| ·分子模拟与粗粒化模型 | 第9-11页 |
| ·分子模拟的概况 | 第9-10页 |
| ·粗粒化模型 | 第10-11页 |
| ·分子力学与分子力场 | 第11-16页 |
| ·分子力学 | 第12页 |
| ·分子力场简述 | 第12-15页 |
| ·分子力场参数化 | 第15-16页 |
| ·分子动力学模拟 | 第16-23页 |
| ·分子动力学模拟的基本原理 | 第17-18页 |
| ·周期性边界条件 | 第18页 |
| ·截断半径与最近镜像 | 第18-19页 |
| ·积分步长的选取 | 第19页 |
| ·分子动力学模拟的计算流程 | 第19-21页 |
| ·分子动力学模拟的初始设定和平衡态 | 第21页 |
| ·系综 | 第21-23页 |
| 2 基于Gay-Berne 势和电多极展开势的粗粒化模型 | 第23-35页 |
| ·描述非球形分子的Gay-Berne 势 | 第23-30页 |
| ·分子相互作用的高斯模型势 | 第23-25页 |
| ·修正重叠势模拟位点-位点势 | 第25-28页 |
| ·Gay-Berne 势 | 第28-30页 |
| ·电多极展开势 | 第30-35页 |
| ·中心多极展开法 | 第30-32页 |
| ·电多极展开势 | 第32-35页 |
| 3 粗粒化模型力场参数的确定 | 第35-40页 |
| ·Gay-Berne 参数的拟合 | 第35-38页 |
| ·力场的选取 | 第35页 |
| ·基于蒙特卡罗计算方法对构象的选取 | 第35-38页 |
| ·遗传算法 | 第38页 |
| ·EMP 的参数拟合 | 第38-40页 |
| 4 应用粗粒化模型于有机小分子的分子动力学模拟 | 第40-48页 |
| ·模拟体系与分子动力学模拟方法 | 第40页 |
| ·结果与讨论 | 第40-48页 |
| ·对范德华相互作用的分析 | 第40-44页 |
| ·对径向分布函数的比较分析 | 第44-48页 |
| 结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-53页 |
| 附录 | 第53-56页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第56-57页 |
| 致谢 | 第57页 |